Les équipes du GdRE AquaDEB ont pour objectifs communs d’harmoniser leurs méthodes et leurs résultats sur l’étude de la sensibilité de différentes espèces animales aquatiques à la variabilité environnementale d’origine naturelle ou anthropique, afin d’une part de comparer ces espèces et d’autre part d’évaluer les conséquences de cette sensibilité à différentes échelles biologiques (individu, population, écosystème) et temporelles (cycle de vie, dynamique de population, évolution).

Les méthodes utilisées au sein d’AquaDEB reposent sur un outil théorique commun, le modèle des budgets d'énergie dynamique (DEB), qui permet de quantifier les échanges et les transformations d’énergie et de matière entre un être vivant et son environnement (bio-énergétique) et d’analyser la stratégie de répartition de l’énergie entre les différentes fonctions (croissance, reproduction, maintenance).

Le GdRE porte son effort autour de deux embranchements d’animaux aquatiques : mollusques et poissons. Les principales espèces marines étudiées sont :

L’huître creuse Crassostrea gigas,
La moule bleue Mytilus edulis,
La palourde Tapes philippinarum,
La coquille St Jacques Pecten maximus,
L’ormeau Haliotis tuberculata,
La coque Cerastoderma edule,
La crépidule Crepidula fornicata,
La sole Solea solea,
Le merlu Merluccius merluccius,
Le bar Dicentrarchus labrax
Le hareng Clupea harengus,
L’anchois Engraulis encrasicolus,
Des thons tropicaux Thunnus obesus, Thunnus albacares.
Deux espèces d'eau douce viennent compléter cette liste : la Limnée des étangs (Lymnaea stagnalis), un mollusque benthique, et le poisson zebrafish (Brachydanio rerio) .

Ces espèces offrent une palette de réponses physiologiques et comportementales diversifiées et contrastées, tout à fait pertinentes pour tester la validité du modèle DEB utilisé. De par sa structure, le modèle DEB permet une comparaison de la gestion d'énergie et de la physiologie de plusieurs espèces, les différences inter-spécifiques apparaissant dans la valeur des paramètres du modèle.