Les activités des équipes du GdRE sont structurées sur la base de programmes de recherche financés à l’échelle régionale, nationale ou européenne.

Programmes régionaux & nationaux :
* PNEC Baie du Mont Saint Michel : capacité trophique de la Baie.
* PNEC Littoral Atlantique : Modes de fonctionnement des systèmes semi-fermés.
* PRIR MODELMAB : Étude et modélisation du coût énérgétique de la maladie de l'anneau brun chez la palourde Ruditapes philippinarum.
* MACARBI – Approche écophysiologique d’un Bivalve Antarctique, Adamussium colbecki, dans le but d’en faire un proxy environnemental.

Programmes européens :
* PAI Van Gogh intitulé DEBIB « Dynamic energy budgets in bivalves » (2004-2005).
* Collaborations franco-norvégiennes : projet bi-latéral AURORA intitulé MOMA "Modelling mussels in aquaculture" (2008-09) et projet norvégien CANO "Carrying capacity in Norwegian aquaculture" (2006-2010)
* FishACE : phénomènes adaptatifs induits par l’exploitation des ressources marines vivantes (6ième PCRDT).
* CLIOTOP (“CLimate Impacts on Oceanic TOp Predators”, dans GLOBEC).

Des liens sont établis avec le GdR IMOPHYS entre l’IFREMER, le CNRS, des Universités et l’INRA (Intégration de réponses MOléculaires et PHYSiologiques aux contaminants chimiques en milieu côtier, http://www.ifremer.fr/delpc/GDR_imophys.htm), dont l’objectif central est la modélisation de la bio-accumulation de contaminants chimiques et des effets sur la croissance, la reproduction et la capacité d’adaptation.