2024-03-29T01:13:46Zhttps://archimer.ifremer.fr/oai/
oai:archimer.ifremer.fr:12019-05-16LANGUE:FRModélisation écologique des populations de palourdes roses (Paphia rhomboïdes) et d'amandes de mer (Glycymeris glycymeris) en MancheSavina, MarieShellfish fisheriesGrowthEcophysiologyDistribution of benthic invertebratesNumerical ecological space distributed deterministic modellingGlycymeris glycymerisPaphia rhomboïdesGolfe Normand BretonChannel SeaExploitation des bivalves sauvagesCroissanceEcophysiologieRépartition des invertébrés benthiquesModélisation numérique écologique spatialisée déterministeGlycymeris glycymerisPaphia rhomboïdesGolfe Normand BretonMancheDiversity and abundance of the benthic fauna in the Channel Sea have favoured the development of fisheries, particularly those of shellfish (scallop, warty venus, common cockle, dog cockle, banded carpet shell, surf clam...) and also attracted the interest of scientists. Some large scientific programs were carried out in the seventies to study benthos distribution in this area. Among the main listed bivalves, the dog cockle (Glycymeris glycymeris) and the banded carpet shell (Paphia rhomboïdes) are particularly widespread in the Channel Sea and in the "Golfe Normand-Breton", where they are ones of the most abundant species in terms of biomass. In view of their halieutic interest and the existence of an important database describing their distribution, biology and ecology, these species are especially interesting for studying the distribution of invertebrates in the Channel Sea.
The first part of this work consisted of completing and/or updating the available data on both species:
* Stock assessment data from cruises performed during the eighties and nineties, in addition to those realised during this work, allowed the evolution of both species populations to be described over 20 years, and to highlight some demographic features and the effects of harvesting for each species in the "Golfe Normand-Breton".
* Additionally, studies were carried out on the growth in the "Golfe Normand-Breton" in order to compare the two species, and to identify the environmental parameters controlling growth:
- An ecophysiological study to measure the main nutrition and respiration parameters and their variations as a function of environmental parameters (temperature and food concentration);
- A comparative study of both bivalves weight and size in different areas of the site to study the influence of environmental parameters (temperature, food concentration, particulate inorganic matter concentration, bivalve density...) on the growth of individuals.
The modelling part of the work consisted of two components:
* Development of an ecophysiological model for each species to reproduce their growth in the different areas of the "Golfe Normand-Breton" throughout their whole benthic life. The parameters came from the ecophysiological study data, and the results were compared with the data obtained during the comparative growth study.
* Development of a population dynamics model for each species, space-distributed in the Channel Sea, which describes their whole life cycle (both planktonic and benthic stages) with a mechanistic and deterministic approach. The aim was to reproduce the actual average distribution of the populations. From a theoretical initial situation, this model runs until a steady state is reached, using a standard meteorological year repeatedly. For each species, the population dynamics model includes an ecophysiological sub-unit to model mortality and fecundity of benthic animals, and the whole is linked to a hydraulic and primary production box model (Hoch, 1998). The state variables used are: density (individuals.m-2 or individuals.m-3 for larvae) and average soft body dry weight for each age class (only for benthic animals).
In the case of P. rhomboïdes, the model reproduces the main features of the species distribution in the Channel Sea, particularly its abundance in the "Golfe Normand-Breton" and in the south part of eastern Channel, and its scarcity in the western Channel, mainly linked to food deficiency. For G. glycymeris, the model is not efficient in reproducing the observed distribution, mainly because of some problems in defining the ecophysiological component.
La Manche est une mer épicontinentale caractérisée par la richesse et la diversité de sa faune benthique, ce qui a favorisé le développement de pêcheries, de mollusques bivalves en particulier (coquilles Saint-Jacques, praires, coques, amandes de mer, palourdes roses, spisules...). Cette richesse du benthos a également suscité l'intérêt des scientifiques, et différents programmes de grande ampleur étudiant la répartition du benthos ont été menés, principalement durant les années 1970. Parmi les principaux mollusques bivalves recensés, l'amande de mer (Glycymeris glycymeris) et la palourde rose (Paphia rhomboïdes) se distinguent par leur très large répartition à la fois en Manche et dans le Golfe Normand-Breton, et par leur importance dans la biomasse totale d'organismes filtreurs du Golfe Normand-Breton. Outre ces caractéristiques, l'intérêt halieutique de ces deux espèces, ainsi que l'existence d'une base de données conséquente sur leur répartition, leur biologie et leur écologie font de Paphia rhomboïdes et de Glycymeris glycymeris des espèces modèles particulièrement intéressantes pour l'étude de la répartition des invertébrés en Manche.
La première partie de ce travail a consisté à compléter et/ou actualiser les données disponibles sur les deux espèces:
- Les données des campagnes d'évaluation directe réalisées dans le Golfe Normand-Breton dans les années 1980 et 1990, ainsi que celles acquises au cours de deux campagnes menées au cours de ce travail ont permis de reconstituer l'évolution des populations durant une vingtaine d'années, et de dégager les principales caractéristiques démographiques de chacun des deux bivalves ainsi que l'effet de l'exploitation sur les populations du Golfe Normand-Breton.
- D'autre part, une étude a été menée sur la croissance de P. rhomboïdes et de G. glycymeris dans le Golfe Normand-Breton, afin de comparer les deux espèces et d'identifier les paramètres environnementaux influant sur la croissance. Une étude écophysiologique expérimentale a permis de mesurer les principaux paramètres de nutrition et de respiration et leurs variations en fonction des paramètres environnementaux (température et concentration de nourriture). Puis une étude comparée de la croissance des deux bivalves en différents secteurs du Golfe a été réalisée, de manière à étudier l'influence des paramètres environnementaux (température, concentration de nourriture, de matière inorganique particulaire, densité d'individus...) sur la croissance en poids et en taille des individus.
Parallèlement à la partie expérimentale, le travail de modélisation a consisté à :
- Développer un modèle écophysiologique individuel pour chacun des deux bivalves, dans le but de reproduire correctement leur croissance pondérale dans les différents secteurs du Golfe Normand-Breton sur l'ensemble de leur vie benthique. Les paramètres ont été ajustés à partir des résultats des travaux expérimentaux menés, et les résultats obtenus confrontés aux données de poids moyens de chair par âge obtenus au cours de l'étude de croissance comparée.
- Développer un modèle de dynamique de population pour chacune des deux espèces, spatialisé sur l'ensemble de la Manche, et décrivant l'intégralité de leur cycle de vie (planctonique puis benthique), avec une approche mécaniste. Le but est de reproduire la répartition moyenne des populations réellement observée en faisant tourner le modèle en boucle sur une année météorologique type, à partir d'une situation initiale théorique, et ce jusqu'à stabilisation des résultats. Chacun des deux modèles de dynamique de population est couplé au modèle compartimental hydraulique et de production primaire de Hoch (1997), et comprend une sous-unité écophysiologique permettant de simuler la fécondité et la mortalité des individus. Les variables d'état sont : la densité des individus de chaque classe d'âge (ind.m-2 ou ind.m-3 pour les larves) et le poids de chair moyen individuel de chaque classe d'âge (uniquement pour les individus benthiques). Dans le cas de la Paphia rhomboïdes, ce modèle permet de reproduire dans les grandes lignes la répartition observée à l'échelle de la Manche, notamment sa concentration dans le golfe Normand-Breton et le secteur sud de la Manche orientale, et sa quasi-absence de la Manche occidentale. En ce qui concerne Glycymeris glycymeris, ce modèle ne permet pas de reproduire correctement la répartition observée ; principalement du fait des problèmes rencontrés dans la modélisation écophysiologique de cette espèce.
Université d'Aix-Marseille II2004-06-07textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/these-1.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:22010-04-01LANGUE:FRMise en évidence et suivi de l'oxydation des lipides au cours de la conservation et de la transformation du chinchard (Trachurus trachurus) : choix des procédésEymard, SylvieProcessingConservationSurimiPelagic fishLipid oxidationLipidsTransformationConservationSurimiPetits pélagiquesOxydation des lipidesLipidesCritical steps of the process of horse mackerel surimi manufacturing were identified. This led to propose technical and chemical solutions in order to limit development of lipid oxidation reactions. In this way, analytical methods of lipids and lipid oxidation compounds were adapted to the studied products. A method to determine hydroperoxyde concentrations was developed. The front face fluorescence technique was tested to evaluate the degree of surimi alteration. Lipid oxidation kinetics were determined during horse mackerel storage on ice or at 17°C. The formation of lipid oxidation products was followed during manufacturing and horse mackerel surimi frozen storage. The impact of raw material freshness on the development of lipid oxidation during surimi manufacturing and storage was also determinedLes petits pélagiques gras sont des espèces sous exploitées pour lesquelles la fabrication de surimi semble être une bonne voie de valorisation. Mais leur transformation se heurte à des problèmes de qualité des produits finis. Ces difficultés sont en grande partie liées aux réactions de dégradation des lipides qui provoquent l'altération des propriétés fonctionnelles et sensorielles de la chair et des produits issus de sa transformation. L'objectif de cette étude était d'identifier les étapes critiques du procédé de fabrication du surimi de chinchards (Trachurus trachurus), afin de proposer des solutions permettant de limiter le développement des réactions d'oxydation des lipides. Pour ce faire, la formation des composés issus de ces réactions a été suivie au cours de la conservation de la matière première puis au cours de la fabrication du surimi et de sa conservation à l'état congelé, en tenant compte de l'impact de la qualité de la matière première. Dans un premier temps, les méthodes d'analyse des lipides et de leur produits d'oxydation ont été adaptées à la matrice étudiée. Ainsi, une méthode de dosage des hydroperoxydes, ne nécessitant pas d'extraction préalable des lipides, a été mise au point. Le potentiel de la technique de fluorescence frontale à évaluer certaines altérations au sein du surimi a également été montré. Dans le muscle de chinchards, les réactions d'oxydation des lipides démarrent en moins de 6 heures à 17°C tandis qu'elles se développent au-delà de 36 heures de conservation sous glace. Comparé au surimi fabriqué à partir de chinchards conservés 36 heures sous glace, le niveau d'oxydation des lipides est significativement réduit quand le surimi est préparé avec des chinchards conservés 6 heures sous glace. Ainsi, l'état de fraîcheur des poissons est un facteur primordial vis-à-vis de la qualité du surimi. Au cours du procédé de fabrication du surimi, une forte proportion des lipides initialement présents dans le muscle est éliminée tandis que les réactions d'oxydation des lipides se développent, plus particulièrement au cours des étapes de lavage et de tamisage. Bien qu'une fraction importante des composés d'oxydation des lipides soit éliminée dans l'eau issue de la dernière étape d'essorage, les teneurs en ces composés restent élevées dans le surimi. Au cours d'une année de conservation du surimi à -20°C ou -20°C sous vide, les teneurs en produits primaires et secondaires d'oxydation des lipides diminuent, probablement du fait de réactions de dégradation des produits d'oxydation ou d'interactions avec les protéines. D'après les résultats obtenus, la mise sous vide lors de l'emballage du surimi n'apparaît pas nécessaire. En plus des critères de conservation et de qualité de la matière première, les résultats obtenus ont permis de proposer des solutions techniques (réfrigérer la chaîne de transformation, limiter l'incorporation d'oxygène) et chimiques (addition d'antioxydants) afin de limiter le développement des réactions d'oxydation au cours du procédé.Université de Nantes2003-10-10textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2003/these-2.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:32010-04-01LANGUE:FRCaractérisation et déterminisme du développement d'une population de l'annélide tubicole Lanice conchilega (Pallas, 1766) (Polychète Terebellidae) associé à la conchyliculture en Baie des Veys (Baie de Seine Occidentale)Ropert, MichelVeys BaySeine BayCrassostrea gigasLanice conchilegaMussel cultureBaie de SeineBaie des VeysCrassostrea gigasLanice conchilegaConchylicultureSince the mid 80's, a tidal population of the polychaete Lanice conchilega has proliferated along the eastern part of the "Baie des Veys" (Western part of the Bay of Seine). Population density 7 000 individuals per square meter. This proliferation affected significantly the local oyster farming industry, by resulting increased sedimentation rates. This work try to improved understanding the phenomenon by analyzing at various temporal and spatial scales the ecosystem and its relationship with the Lanice conchilega population dynamics. Several field works were carried out (i.e. bottom type mapping, topography, hydrology) to analyse the occurrence and development of this population taking into account the overall changes of the "Baie des Veys" ecosystem. Spatial mapping of Lanice conchilega over time was performed in 1995 and 1998 to assess temporal changes : 200 ha have been colonized by a 3 500 t (wet weight) polychaete population biomass. This demonstrated the temporal population stability The spatial and temporal population dynamic monitoring shows significant abundance changes over five years. The lacking of juvenile recruitments between 1993 and 1996 suggested adult individuals transfers from subtidal areas to regular tidal population. This hypothesis is discussed Moreover, the physiological ecology of both main species, the Pacific cupped oyster Crassostrea gigas and Lanice conchilega was assessed. Trophic competition, as well as oxygen cunsumption, is likely to occur. The main conclusions suggest several research approaches in terms of population dynamics as well as physiological ecology. Hydrodynamic processes involved in regulating population at the adults transfers and larval transports should be assessed. Similarly incorporating the Lanice conchilega as a trophic competitor would improved the ecosystem modeling of the "Baie des Veys".Depuis le milieu des années 1980, une population intertidale de l'annélide tubicole Lanice conchilega (Pallas, 1766) (Polychète Térébellidae) se développe sur le flanc est de la Baie des Veys (Baie de Seine Occidentale) en adoptant un caractère proliférant (densité maximum > 7 000 ind.m-2). Les conséquences, sur l'activité conchylicole locale, se traduisent par des conditions d'exploitation ostréicole rendues plus difficiles. La démarche proposée par ce travail consiste à mieux comprendre le phénomène en l'abordant à différentes échelles spatio-temporelle (écosystème Baie des Veys, population, individu). Une série d'études de terrain (cartographie sédimentaire, étude topographique, hydrologique) replacent l'apparition et le développement de cette population dans le contexte évolutif général de la Baie des Veys. Les réalisations de deux cartographies de répartition spatiale, en 1995 et 1998, ont permis de quantifier le phénomène (200 ha colonisés pour une biomasse estimée à 3 500 t en poids frais) et mettent en évidence la stabilité spatio-temporelle de la population. L'impact sédimentaire des proliférations est également évalué. Le suivi spatio-temporel, sur cinq ans, fait ressortir d'importantes singularités dans les fluctuations d'abondance et la structure de taille de la population. L'absence de recrutement significatif de juvéniles sur plusieurs années consécutives (1993-1996) suggère l'existence d'apports exogènes d'individus adultes permettant la régulation démographique de cette population. Cette hypothèse est largement discutée et de nombreux arguments sont développés pour l'étayer. Le bilan métabolique des deux espèces Crassostrea gigas et Lanice conchilega est également réalisé. Il en ressort des risques potentiels de compétition à la fois sur le plan trophique, mais également sur le plan respiratoire. Les conclusions de ce travail ouvrent des perspectives de recherche multiples, tant en terme de dynamique de population (influence des processus hydrodynamiques dans la régulation de population par transport-charriage d'adultes, suivi à long terme, étude de la dynamique larvaire) que d'écophysiologie (intégration de Lanice conchilega en tant que compétiteur dans le cadre d'une modélisation du système conchylicole de la Baie des Veys.)Muséum National d'Histoire Naturelle1999-08-07textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/1999/these-3.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:52010-04-01LANGUE:FRModélisation biophysique pour la prévision du recrutementAllain, GwenhaelAnchovyUpwellingTurbulenceRetentionFisheries managementPopulation dynamicsStock environment interactionStock recruitment relationScale integrationIndividual based modelsSurvivalGrowthOtolithPhysical biological interactionsPredictionRecruitmentTurbulenceRétentionMéso échelleIntégration des échellesModèle de survieModèle de ponteModèles individu centrésModèles de corrélationModèles stochastiquesJuvénilesLarvesOtolitheModèle de croissanceInteractions physique biologiePrévisionRecrutementExploited fish populations are dependent on recruitment (i.e. size of the new year class) to sustain their abundance. Recruitment variations are related to hydroclimatic variations and may accentuate the detrimental effects of fishing. Recruitment prediction requires accurate fisheries oceanographic tools, which are expected to be more reliable than large-scale correlation analyses between fish abundance and climate variables.
Recruitment is the result of the integration over a season and large oceanic areas of processes affecting larval survival, which are dependent on small-scale mechanisms. Hydrodynamic models are a tool to perform this integration. This thesis aims at exploring and modelling physical-biological interaction mechanisms in order to provide recruitment predictions usable for fisheries management. This thesis integrates into general scientific problematics in ecology, variability analysis and spacetime scale integration. It is applied to the case of Anchovy (Engraulis encrasicolus) in the Bay of Biscay, an important social and economic resource for Spain and France. Due to the short life of the species, the fishery mainly relies on the success of annual recruitment.
The methodology developed proceeds in three stages :
1. Exploration of biophysical interactions and modelling of growth and survival at the individual scale. To tackle larval survival mechanisms, the main data available are past growth (otolith) records of individuals sampled at sea. The drift history of these individuals is reconstructed by a back-tracking procedure using hydrodynamic simulations. Along the individual trajectories obtained, the relationships between real growth variation and variations in physical parameters (estimated by hydrodynamic simulations) are explored. These relationships are then used to build and adjust individual-based growth and survival models.
2. Simulation and integration from individual to population scale, leading to recruitment prediction. Thousands of virtual buoys are released in the hydrodynamic model in order to reproduce the space-time spawning dynamics. Along the buoy trajectories (representative of micro-cohorts), the biophysical model is run to simulate growth and survival as a function of environment encountered. The survival rate after three months of drift is estimated for each micro-cohort. The sum of all these survival rates over the season constitutes an annual recruitment index. This index is successfully validated over a series of recruitment estimations.
3. Biophysical simulation analyses. Space-time survival windows are first localised and analysed, which highlights the main mechanisms responsible for recruitment variability at the different scales: retention of larvae and juveniles in favourable habitats over the shelf margins and turbulence effects. These mechanisms are related to the variations of wind direction and intensity during spring and summer. The biophysical simulator is then used to study the properties of the interaction between the population (influence on spawning) and its environment (influence on survival). The differences between the real spawning distribution (according to field surveys) and the spawning distribution that would maximise survival (according to the biophysical model) reveal the effects of the abundance and spawning behaviour of the different age classes. The simulator shows the influence of spawning strategies (i.e. of the stock demography) on recruitment on a multiannual scale and its theoretical implications on the mid-term dynamics of the population interacting with a variable environment.
Les populations exploitées par la pêche sont dépendantes du recrutement (nombre de jeunes poissons constituant la nouvelle classe d'âge annuelle) pour assurer leur renouvellement. Le recrutement varie en relation avec l'hydroclimat, phénomène à l'origine de fluctuations importantes des stocks, qui
peuvent amplifier les effets de l'exploitation. La prévision du recrutement requiert des outils d'océanographie halieutique plus fiables que les analyses de corrélation à grande échelle entre abondance des stocks et paramètres climatiques.
Le recrutement dans la population est le résultat de l'intégration, sur une saison et sur de vastes zones océaniques, des survies aux stades larvaires sous la dépendance de mécanismes à petite échelle. Les modèles hydrodynamiques constituent un outil pour réaliser cette intégration. L'approche définie consiste à explorer puis modéliser les mécanismes d'interaction physique-biologie pour fournir une prévision du recrutement utilisable de manière opérationnelle en gestion des pêches.
Cette thèse s'inscrit dans une problématique scientifique générale en écologie, l'analyse de la variabilité et l'intégration des échelles spatio-temporelles. Son application concerne l'anchois (Engraulis encrasicolus) dans le golfe de Gascogne, ressource importante pour l'Espagne et la France sur le plan économique et social. Le recrutement annuel constitue, en raison de la courte durée de vie de l'espèce, l'essentiel de la population exploitée par la pêche.
La méthodologie mise en oeuvre procède en trois grandes étapes :
1. Une phase d'exploration des interactions biophysiques et de modélisation de la croissance et de la survie à l'échelle individuelle. Pour approcher les mécanismes de la survie larvaire, on dispose essentiellement de données descriptives de la croissance passée (otolithes) d'individus prélevés en mer. La méthode utilisée consiste à se servir d'un modèle hydrodynamique pour reconstituer l'histoire de dérive de ces individus depuis leur naissance. Le long de ces trajectoires individuelles, on explore les relations entre l'évolution de leur croissance (réelle) et l'évolution des paramètres physiques calculés par le modèle hydrodynamique. Cette approche exploratoire permet de construire un modèle biophysique individu-centré de croissance et de survie.
2. Une phase de simulation et d'intégration de l'échelle individuelle à celle de la population, aboutissant à la prévision du recrutement. Des milliers de bouées virtuelles sont relâchées dans le modèle hydrodynamique de manière à reproduire la dynamique spatio-temporelle de la ponte. Le long de leurs trajectoires, on simule à l'aide du modèle biophysique les processus de croissance et de survie en fonction de l'environnement rencontré. Au bout de trois mois de dérive, on obtient une estimation du taux de survie pour chaque trajectoire. La somme de ces taux de survie sur l'ensemble de la saison constitue un indice de recrutement annuel. Cet indice est validé avec succès sur une série d'estimations annuelles du recrutement.
3. Une phase d'analyse des simulations réalisées à l'aide du modèle biophysique. La localisation des fenêtres spatio-temporelles de survie permet de mettre en lumière les mécanismes essentiels de la variabilité du recrutement aux différentes échelles : rétention des larves et des juvéniles dans les habitats favorables du plateau continental (accores) et effets de la turbulence. Ces mécanismes apparaissent directement liés aux variations de la direction et de l'intensité des vents au cours du printemps et de l'été. Le simulateur biophysique permet aussi d'étudier les propriétés de l'interaction entre la population (influente sur la ponte) et l'environnement (influent sur la survie). Les écarts entre la distribution des pontes maximisant la survie (selon le modèle) et leur distribution réelle (selon des observations) font apparaître les effets de l'abondance et du comportement des différentes classes d'âge. Le simulateur permet de montrer une influence des stratégies de ponte (donc de la démographie du stock) sur le recrutement à une échelle pluriannuelle et ses implications théoriques sur la dynamique à moyen terme de la population en interaction avec un environnement variable.Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes2004-05-10textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/these-5.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/5/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:72010-04-01LANGUE:FRAnalyse de la variabilité spatio-temporelle des populations microalgales côtières observées par le REseau de surveillance du PHYtoplancton et des phycotoxines (REPHY)Gailhard, IsabelleMultivariate statistical analysesHydroclimatic factorsGeographical distributionTemporal VariabilityFrench coastsMicrophytoplanktonMéthodes statistiques multivariéesFacteurs hydroclimatiquesDistribution géographiqueVariabilité temporelleLittoral françaisMicrophytoplanctonThe dynamic of coastal marine microphytoplankton communities is characterized by successions of species assemblages displaying typical schemes of spatio-temporal variability. Numerous studies of phytoplankton spatio-temporal variability have concerned holistic variables such as total biomass or primary production. Such studies deal with the role of primary producers in the global functioning of the pelagic ecosystem, but have little relevance to other problematics. For instance, knowledge of the taxonomic composition of phytoplankton communities and of their spatio-temporal patterns is necessary to understand the mechanisms favouring of the predominance of a precisely identified population within phytoplankton communities. In particular, the identification of the factors controlling the dynamics and the structure of phytoplankton communities is necessary to understand the development of harmful or toxic species.
Along French coasts, data collected within the context of the Phytoplankton and Phycotoxins Monitoring Network (REPHY), performed by the French Research Institute for Exploitation of the Sea (Ifremer), constitute a relevant basis to study the structure and the dynamics of phytoplankton communities at large temporal (1987/2002) and geographical (the whole French coasts) scales. The present study used these data to identify the main variability patterns of the phytoplankton communities observed along the French coasts. The temporal variability patterns of the phytoplankton populations were examined on various geographical scales. Once, the analysis of the dynamics of phytoplankton populations on a large geographical scale (on the whole French coasts) allowed to identify the temporal variability component of phytoplankton populations shared by all sampled sites. Multivariate statistical methods were used to determine seasonal and inter-annual variability. The expected temporal pattern common to all sites was identified and the seasonal cycle of the most frequently observed phytoplankton communities along French coasts was described. After the extraction of this common temporal component, a between-site analysis, using multitable comparison methods, allowed the identification of three large areas (Western English Channel, Bay of Biscay and Mediterranean Sea) according to the temporal variability patterns of microphytoplankton populations. The determination of homogeneous areas resulted in considering an analysis at the "regional" geographical scale, and in identifying the specific phytoplankton communities of each area. The knowledge of the ecological characteristics of these communities confirmed the importance of the hydrodynamic factors on the geographical structure of the phytoplankton communities along the French coasts. The ultimate step of this study was interested in dynamics of a toxic phytoplankton population on a local scale. The objective was to look for the hydroclimatic factors (using synthetic descriptors from hydrodynamical modelling) favourable to the regular development of a toxic population, the genus Dinophysis spp., in the Mor-bras (South Brittany).Les communautés phytoplanctoniques sont constituées d'assemblages d'espèces co-occurrentes, présentant des caractéristiques biologiques (taille, forme...) et physiologiques (mode de nutrition, taux de croissance...) très différentes. La dynamique des populations phytoplanctoniques est fréquemment examinée à travers la réponse de la communauté dans son ensemble aux variations environnementales, à l'aide de variables synthétiques telles que la biomasse phytoplanctonique totale ou la production primaire. Ces études sont essentielles pour comprendre le rôle des producteurs autotrophes dans le fonctionnement de l'écosystème pélagique. En revanche, elles ne permettent pas de répondre à d'autres problématiques. Par exemple, la connaissance de la composition taxinomique des communautés phytoplanctoniques est nécessaire à la compréhension des mécanismes qui favorisent la dominance d'une population phytoplanctonique à l'intérieur de la communauté. En particulier, l'identification des facteurs qui contrôlent la dynamique des communautés phytoplanctoniques dans leur ensemble peut s'avérer nécessaire à la compréhension des mécanismes favorisant les efflorescences phytoplanctoniques toxiques ou nuisibles.
Le long des côtes françaises, les données collectées dans le cadre du Réseau de Surveillance du Phytoplancton et des Phycotoxines (REPHY), géré et mis en oeuvre par l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (Ifremer), constituent une base pertinente pour examiner la structure et la dynamique des communautés phytoplanctoniques à grandes échelles temporelle (1987-2000) et géographique (l'ensemble de littoral français). S'appuyant sur les données du REPHY, l'objectif de cette étude était de décrire les principales formes de variabilité des communautés phytoplanctoniques observées sur les côtes de France métropolitaine. Les schémas de la variabilité des populations phytoplanctoniques ont été examinés à différentes échelles temporelles et géographiques à l'aide de méthodes statistiques multivariées. Dans un premier temps, l'analyse de la dynamique des populations phytoplanctoniques à grande échelle (l'ensemble du littoral français) a permis d'identifier le schéma de variabilité temporelle des populations phytoplanctoniques commun à l'ensemble des sites d'échantillonnage, et en particulier de décrire le cycle saisonnier des populations les plus fréquemment observées sur les côtes françaises. Le retrait de cette composante commune a mis en évidence les particularités des différents sites, spécificités d'après lesquelles trois zones géographiques dissemblables ont été distinguées (Manche occidentale, Golfe de Gascogne et Méditerranée). La reconnaissance de régions au sein desquelles les populations phytoplanctoniques présentent des patrons de variabilité temporelle voisins a conduit à envisager une analyse à moyenne échelle géographique, qui a permis de mettre en relation les grandes caractéristiques du régime hydrodyclimatique avec les principaux traits de la distribution des communautés phytoplanctoniques le long des côtes françaises. Dans une dernière étape, l'étude aborde la dynamique d'une population phytoplanctonique toxique à petite échelle (locale), afin de rechercher quels sont les facteurs physiques qui favorisent le développement récurrent d'une population du genre Dinophysis spp. dans le Mor-Bras (Sud Bretagne).Université de la Méditerranée Aix-Marseille ll2003-02-11textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2003/these-7.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/7/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:222010-04-01LANGUE:FRL'eutrophisation des eaux marines et saumâtres en Europe, en particulier en FranceMenesguen, AlainAminot, AlainBelin, CatherineChapelle, AnnieGuillaud, Jean-francoisJoanny, MichelLefebvre, AlainMerceron, MichelPiriou, Jean-yvesSouchu, PhilippeAlexandriumPhaeocystisMonostromaUlvaDilution plumeWater trappingAnoxiaNitrogen and phosphorus loadingsRed tidesPhytoplankton bloomsGreen tidesEutrophicationAlexandriumPhaeocystisMonostromaUlvaPanache de dilutionConfinementAnoxiePhosphateNitrateApports terrigènesEaux coloréesBlooms phytoplanctoniquesMarées vertesEutrophisation In order to be able to count the cases of coastal eutrophication and to propose methods to monitor as well as to reduce these phenomena, first of all it is necessary to precisely define the word eutrophication itself. Instead of the strict etymological definition, that is to say a progression of the enrichment of a medium, we will rather retain the concept of a state enriched at a point such as it causes harmful effects on the ecosystem, and nuisances to man's activities. Based on the average chemical equations of the organic matter synthesis/degradation in the sea, this operational definition thus puts forwards the harmful consequences of enrichment, i.e. the production of an excessive algal biomass, sometimes unbalanced from the point of view of biodiversity, and the more or less severe hypoxia which results from the degradation of this organic matter in excess.
The manifestations of coastal marine eutrophication can classically follow two main paths, according to whether the proliferating algae are planktonic or macrophytic ; both these forms are to be found in France. With regard to the phytoplanktonic mass blooms ("coloured water "), some coastal sites, especially the outlet of estuaries, are regularly hit; the only site having reached once at least the lethal anoxia is the Vilaine bay, where a massive kill of fish and benthic invertebrates took place at the end of July 1982. The dilution plumes of the Loire and the Seine rivers exhibit frequent phytoplanctonic blooms during spring and summer, but this induces only a slight hypoxia of the bottom water layer. The coastal waters along the French side of the Straits of Dover show every year, in April-May, large quantities of scum resulting from the proliferation of Phaeocystis. This case represents a particular example of the more general phenomenon of modification of the flora, favorable to the increase in the abundance of not-siliceous species, especially dinoflagellates in summer. Some dinoflagellates producing hazardous toxins for marine organisms (Gymnodinium mikimotoï) or for human consumers of infested shells (Dinophysis sp., Alexandrium sp., Pseudonitzschia sp.) are the target of a regular monitoring program in many sites of the French coast since the end of the Eighties (REPHY network). The geographic distribution of Dinophysis sp. clearly corresponds to the dilution plumes of the 4 main French rivers ; Alexandrium is restricted to specific very coastal, enriched sites, particularly in Brittany and in Mediterranean lagoons; Gymnodinium mikimotoï is concentrated on the western zone going from Brittany to Charente, while the Pseudonitzschia genus is present all over the coasts, but toxic species rarely occur.
The massive proliferations of green macroalgae can be found in a recurring way in some Mediterranean lagoons, in the eastern part of the Arcachon embayment and on more than 50 Breton beaches. The associated species belong primarily to the Ulva genus, except in Arcachon, where it is the Monostroma genus which has dominated some years. The Breton sites do not undergo massive deoxygenation due to the decomposition of dead algal mats, thanks to the powerful tidal mixing. On the contrary, some Mediterranean lagoons can locally be damaged by summer anoxias (« malaïgues ») initiated by large amounts of decomposing organic matter, where the green algae can be dominant ; these « malaïgues » are responsible for massive fauna and flora kills. janvier-2001 Copyright
The mechanisms which lead to eutrophication, for the macroalgal as well as for the phytoplanktonic forms, are:
1/ a containment of the water mass ; in lagoons, the terrestrial border provides a static containment, whereas in open embayments, hydrodynamic phenomena can create a dynamic containment. Thus, the horizontal trapping of the water masses in the areas with very weak residual current explains the occurrence of green tides in many Breton bays, as well as the phytoplanktonic blooms in the Vilaine bay. Horizontal or vertical density gradients generate also accumulation zones, which appear to be favorable to some dinoflagellates (Gymnodinium mikimotoï, Dinophysis sp.)
2 / a good illumination of the suspended algae : this explains the restriction of Ulva green tides to either lagoons or very shallow clear waters, which can be well mixed by the swell and the wind. In the dilution plumes of rivers (the Vilaine, the Loire, the Seine), the containment of brackish, enriched water in a surface layer limited by a pycnocline contributes to ensure the surface phytoplankton an average illumination which is higher than in well-mixed water columns.
3 / terrigenous nutrient loadings in excess compared to the flushing or the dilution capacities of the site. The nitrogen loadings are known to be responsible for the proliferation of the nitrophilic macrophytes (Ulva, Monostroma, Enteromorpha) and of Phaeocystis sp.: this not-siliceous phytoplanktonic species takes advantage of nitrate in excess remaining after exhaustion of silicate by the spring diatom bloom. In the same way, Alexandrium minutum, endowed with a great capacity for nitrate uptake, seems to grow well in nitrogen highly enriched sites. The control of the phytoplanktonic proliferation in enriched coastal areas is however variable in space and time: in the plume of the Seine or in the Vilaine bay, the limiting nutrient during spring and close to the mouth is currently phosphorus, while nitrogen becomes limiting offshore, especially in summer. The catchment area characteristics (geological background and capability of the ground water to sustain summer flow rate, agricultural practices, industrial and urban wastes) modulate the seasonal variation of the nitrogen loading, whereas the phosphorus loading remains more stable. With regard to the Ulva green tides in Brittany, one can define the concept of « coastal zone sensitive to eutrophication » as being the conjunction of a marine area having a weak hydraulic renewal and a catchment area producing stable flow rates, ensuring a constant nitrate flux from spring to summer.
The monitoring of the eutrophication status classically relies on the chemical parameters betraying the
degree of abnormal operation of the ecosystem: dissolved oxygen and phytoplankton biomass estimated by chlorophyll a concentration. As one estimates at 5 mg/l the dissolved oxygen content below which the ecosystem begins suffering, and at 2mg/l the level that marks the entrance of the system into serious hypoxia, it is obvious that the eutrophicated plumes of the Seine and the Loire are not yet at the stage of beginning suffering; on the other hand, the Vilaine bay frequently undergoes serious but short hypoxias. As 20µg/l chlorophyll a is considered as the low threshold value for eutrophication in coastal zone, one can say that the plume of the Seine, and sometimes those of the Vilaine and the Loire show clear episodes of eutrophication; the French coastal strip in the Straits of Dover requires for its follow-up the joined chlorophyll measurement and Phaeocystis counts, because this species does not contain much chlorophyll. For macroalgae, it seems that the follow-up of the proliferating species may allow status determination on an increasing eutrophication scale. Mapping of stranded biomasses by airborne photography, or by underwater video for the subtidal zone, remains the only means of evaluating the produced biomasses each summer. Generally, the nutrient concentrations in the coastal sea represent a bad indicator of the real eutrophication status of a site. In lagoons however, specificities resulting from the strong hydrodynamic containment made it possible to propose thresholds for various nutrients in order to define 5 quality stages with respect to eutrophication.
Forecasting the evolution of the eutrophication status of some coastal zones is based on the numerical models of biogeochemical cycles. The application of these models to the French Channel-Atlantic coasts shows that the reduction of phosphorus anthropic loadings, for instance in the Bay of Seine, may have caused phosphorus concentrations to be the controling factor of the spring eutrophication events in the river dilution plume. These models also reveal that significant reductions in nitrogen as well as phosphorus loadings would have only little effect on dominant diatom blooms, whereas they would provide a significant decrease in dinoflagellate blooms, which are sensitive to nitrogen loadings.
Pour pouvoir recenser les cas d'eutrophisation côtière et proposer des méthodes tant de surveillance que de réduction de ces phénomènes, il convient tout d'abord de bien définir le terme eutrophisation lui-même. Au lieu de la définition étymologique stricto sensu de progression de l'enrichissement d'un milieu, on retiendra plutôt la notion d'état enrichi à un point tel qu'il en résulte des nuisances pour l'écosystème, et donc pour l'homme. S'appuyant sur les équations chimiques moyennes de la synthèse, puis de la dégradation de la matière organique en mer, cette définition opérationnelle privilégie donc les conséquences néfastes de l'enrichissement, c'est-à-dire la production d'une biomasse algale excessive, voire déséquilibrée au point de vue biodiversité, et l'hypoxie plus ou moins sévère qui résulte de la dégradation de cet excès de matière organique.
Les manifestations de l'eutrophisation marine côtière peuvent classiquement prendre deux grands types d'apparence, selon que les algues proliférantes sont planctoniques ou macrophytiques ; les deux formes se rencontrent en France.
En ce qui concerne les proliférations massives de phytoplancton (« eaux colorées »), quelques sites côtiers, souvent au débouché d'estuaires, sont régulièrement touchés ; le seul site ayant atteint au moins une fois le stade de l'anoxie mortelle est la baie de Vilaine, où une mortalité massive de poissons et d'invertébrés benthiques a eu lieu fin juillet 1982. Sans que cela entraîne plus qu'une hypoxie légère des eaux de fond, les panaches de dilution de la Loire et de la Seine sont le siège de fréquents blooms phytoplanctoniques printaniers et estivaux, et la bande côtière du Nord- Pas de Calais voit tous les ans, en avril-mai, d'abondantes formations d'écume issues de la prolifération de Phaeocystis sp. Ce cas représente un exemple particulier du phénomène plus général de modification des flores, favorable à l'accroissement de l'abondance des espèces non-siliceuses, notamment les dinoflagellés en été. Certains dinoflagellés producteurs de toxines dangereuses pour les organismes marins (Gymnodinium mikimotoï) ou pour l'homme consommateur de coquillages infestés (Dinophysis sp., Alexandrium sp., Pseudonitzschia sp.), font l'objet d'une surveillance régulière en de nombreux points du littoral français depuis la fin des années 80 (réseau REPHY). La répartition de Dinophysis sp. ccorrespond clairement aux panaches de dilution des 4 grands fleuves français, celle d'Alexandrium à certains sites très côtiers et enrichis, particulièrement en Bretagne et dans les lagunes méditerranéennes, celle de Gymnodinium mikimotoï se focalise sur la zone Bretagne - Vendée - Charente, tandis que le genre Pseudonitzschia est présent sur toutes les côtes, mais rarement par des espèces toxiques.
Les proliférations massives de macroalgues vertes se rencontrent de façon récurrente dans certaines lagunes méditerranéennes, le fond du bassin d'Arcachon et sur plus de 50 plages bretonnes. Les espèces incriminées appartiennent essentiellement au genre Ulva, sauf à Arcachon, où c'est le genre Monostroma qui a dominé certaines années. Si les sites bretons, bien ventilés par une marée puissante, ne subissent pas de désoxygénation massive due à la décomposition d'amas algaux, les lagunes méditerranéennes peuvent localement voir se développer des anoxies estivales (malaïgues) à partir de foyers de décomposition de matière organique, où les algues vertes ont une part importante ; ces malaïgues sont mortelles pour la faune et la flore en place.
Les mécanismes qui conduisent à l'eutrophisation, tant macroalgale que phytoplanctonique, sont :
1/ Un confinement de la masse d'eau ; en lagunes, c'est le pourtour terrestre qui fournit un confinement statique, alors qu'en mer ouverte, ce sont des phénomènes hydrodynamiques qui créent un confinement dynamique. Ainsi, le piégeage horizontal des masses d'eau dans les zones de courant résiduel très faible explique la présence des marées vertes dans de nombreuses baies bretonnes, ainsi que les proliférations phytoplanctoniques en Baie de Vilaine. Les fronts de densité, horizontaux ou verticaux, sont également des zones d'accumulation favorables à certains dinoflagellés (Gymnodinium mikimotoï, Dinophysis sp.)
2/ Un bon éclairement de la suspension algale, ce qui explique la restriction des marées vertes à ulves aux lagunes et eaux littorales peu profondes, claires et bien brassées par le clapot ou la houle. Dans les panaches de dilution de fleuves (Vilaine, Loire, Seine) le confinement en surface, par un front de densité, d'une couche dessalée et riche en nutriments, contribue à assurer au phytoplancton de surface un éclairement moyen plus élevé qu'en zone non stratifiée.
3/ Des apports de nutriments terrigènes en excès par rapport à la capacité d'évacuation ou de dilution du site. Les apports d'azote sont rendus responsables de la prolifération des macrophytes nitrophiles (ulves, monostromes, entéromorphes) et du phytoplanctonte Phaeocystis sp. : ce dernier, non-siliceux, se développe sur le nitrate en excès restant après épuisement du silicate par le bloom printanier de diatomées. De même, Alexandrium minutum, douée d'une grande capacité d'absorption de nitrate, semble se développer dans des sites très enrichis en azote. Le contrôle de la prolifération phytoplanctonique en zone côtière enrichie est toutefois variable dans l'espace et le temps : dans le panache de la Seine ou en baie de Vilaine, l'élément limitant au printemps et près de l'embouchure est actuellement le phosphore, tandis que plus au large, l'azote devient limitant, surtout en été.
L'influence du bassin versant (nature géologique et importance du soutien d'étiage par la nappe phréatique, occupation agricole des terres, rejets industriels et urbains...) se fait sentir par la modulation saisonnière des apports d'azote d'origine agricole et par une plus ou moins grande stabilité des apports de phosphore. En ce qui concerne les marées vertes à ulves de Bretagne, on peut définir la notion de zone côtière sensible à l'eutrophisation comme étant la conjonction d'une zone marine à faible renouvellement hydraulique et d'un bassin versant hydrogéologiquement régulé, assurant un flux constant de nitrate du printemps à l'été.
La surveillance de l'état d'eutrophisation fait classiquement appel aux paramètres chimiques trahissant le degré de dysfonctionnement de l'écosystème : l'oxygène dissous et la quantité de phytoplancton estimée par la concentration de chlorophylle. Comme on estime à 5 mg/l la teneur en oxygène dissous en dessous de laquelle débute la souffrance de l'écosystème, et à 2mg/l celle qui marque l'entrée dans le domaine de l'hypoxie grave, il s'avère que les panaches eutrophisés de la Seine et de la Loire ne sont pas encore au stade du début de souffrance ; par contre, la baie de Vilaine s'y retrouve fréquemment, et subit sporadiquement des hypoxies graves mais courtes. En prenant 20µg/l de chlorophylle a comme valeur seuil à partir de laquelle on peut dire qu'il y a une eutrophisation avérée en zone côtière, on peut dire que le panache de la Seine, et parfois ceux de la Vilaine et de la Loire montrent de nets épisodes d'eutrophisation ; la zone Nord-Pas de Calais nécessite pour son suivi l'adjonction à la chlorophylle du dénombrement de Phaeocystis, peu riche en chlorophylle. Pour les macroalgues, il semble que le suivi des espèces proliférantes permettra de se replacer sur une échelle d'eutrophisation croissante. La cartographie des biomasses en dépôt par photographie aérienne sur l'estran, ou imagerie subaquatique dans le proche infratidal, reste le seul moyen d'évaluer les biomasses produites chaque été. D'une façon générale, les concentrations en nutriments de la mer côtière représentent un mauvais descripteur de l'eutrophisation réelle d'un site. En lagune toutefois, les spécificités résultant du fort confinement hydrodynamique ont permis de proposer des seuils pour les divers nutriments afin de définir 5 classes de qualité vis à vis de l'eutrophisation.
La prévision de l'évolution de l'état d'eutrophisation de certaines zones côtières s'appuie sur les modèles numériques de cycles biogéochimiques. L'application de ces modèles à la façade Manche-Atlantique montre en général que la réduction des apports anthropiques de phosphore a pu, comme en Baie de Seine, faire passer le contrôle de l'eutrophisation printanière dans les panaches de fleuves sous le contrôle du phosphore ; ces modèles révèlent aussi que des réductions importantes des apports, tant d'azote que de phosphore, n'auraient que peu d'effet sur les blooms dominants de diatomées, alors qu'ils permettraient de diminuer notablement les blooms minoritaires de dinoflagellés, sensibles aux apports d'azote.
2001-02textReportinfo:eu-repo/semantics/reportapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2001/rapport-22.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/22/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:462010-04-01LANGUE:FRMarées vertes en Bretagne : état actuel des connaissancesMerceron, MichelBrittanyEutrophicationProliferationUlvaMarine algaeBretagneEutrophisationProliférationUlvesAlgues marinesOn tens of sandy beaches of Brittany, a green seaweed (Ulva) blooms during spring
and summer. In the sites where the proliferation is the most important, the total biomass amounted to 20 000 t of wet weight in 1997, at the time of maximum. These "green tides" occur every year in nearly the same locations. They have a very harmful impact on local tourism. In many communes, beached and rotting algae are collected and dumped (43 000 m 3 as a whole in 1997). The main development of biomass takes place between the surf zone and the bare sand.The outbreak requires three coexisting conditions : 1) a sandy beach gently sloping, 2) a weak residual current (i.e. once the tidal back and forth movement has been filtered), 3) a nitrogen loading, even moderate (ammonium or nitrate). The intensive forms of agriculture are by far the main sources of increasing loadings of nitrogen to the sites of green tides. This Ulva proliferation was modeled in two Brittany bays. The present tendency is an increase,particularly towards deeper locations beyond the surf zone. Ecological impact is not yet well documented.Des dizaines de plages sableuses de Bretagne sont le siège d'une proliférationd'algues vertes (Ulva) durant le printemps et l'été. Pour le total des sites où la prolifération estimportante, elle a atteint 20 000 t de poids frais en 1997 au moment de son maximum. Ces"marées vertes" ont lieu tous les ans à peu près aux mêmes endroits. Elles constituent unenuisance très importante pour le tourisme local. Dans beaucoup de communes concernées lesalgues échouées et pourrissantes sont ramassées et évacuées (43 000 m 3 au total en 1997). L'essentiel de la croissance des algues se tient entre la zone de déferlement et le sable découvert. La prolifération requiert trois conditions simultanées : 1) une plage sableuse de faible pente, 2) un courant résiduel faible (c'est-à-dire après filtrage du va-et-vient de la marée), 3) un flux d'azote même modéré (ammoniaque ou nitrate). Les formes intensives de l'agriculture sont de loin les causes principales des flux croissants d'azote sur les sites de marée verte. Cette prolifération d'ulves a été modélisée dans deux baies bretonnes. La tendance actuelle du phénomène est à l'aggravation, plutôt visible dans des zones plus profondes, au-delà de celle du déferlement. L'impact écologique n'est pas encore établi.Actes du colloque - Ifremer1999-09-24textProceedings paperinfo:eu-repo/semantics/conferenceObjectapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/1999/acte-46.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/46/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:632010-04-01LANGUE:FRBiomasses d'ulves et flux de nutriments en baie de DouarnenezMerceron, MichelCoic, DanielTalec, PascalBrittanyBay of DouarnenezEutrophicationNitrateUlvaGreen tideBretagneBaie de Douarnenez,EutrophisationNitrateUlveMarée verteIn spring and summer time, green tides outbreaks yearly occur on sandy beaches of the central and southern parts of the bay of Douarnenez. During four years the nitrate loadings of incoming streams were measured during the growth season of the green algae. Every summer the stock of stranded algae as well as those in the very shallow water were quantified. Three streams from the eight investigated provide the most important part of nitrogen loadings. These ones tend to diminish in the course of spring and summer. They are very different from year to year. The observed biomass of algae is also very different according to years (from 120 to 3 400 t), and even from day to day according to the wind direction. However, the southern part of the bay is more frequently affected. Surprisingly no link was found between nitrogen loadings and observed biomass of Ulva on beaches. This is caused by the coastline straightness which makes the algal mobility easier, and probably also the existence of a deeper stock of Ulva (-2 to ¿18 m below LWST), recently discovered. Its great size (till 10 000 t) and its mobility suggest an important role in the green algal phenomenon. This so-called offshore stock, is probably one way of eutrophication enhancement. From this point of view, the whole bay must be considered as a functional unit. Scientifically speaking, the recovery of a good nitrogen quality of water and the control of green tides in the bay of Douarnenez should not be split up geographically. Moreover the algal quantification requires to assess simultaneously both the littoral and offshore stocks.Les plages du centre et du sud de la baie de Douarnenez sont annuellement le lieu de marées vertes au printemps et en été. Durant quatre ans les flux de nitrate des cours d'eau afférents ont été mesurés pendant la saison de croissance de ces algues (printemps et été). Le stock d'ulves échouées et présentes dans les premières vagues a été quantifié chaque été. Trois cours d'eau sur les huit étudiés apportent l'essentiel des flux azotés. Ces apports suivent une tendance décroissante au cours de la période printanière, puis estivale, et sont très variables d'une année sur l'autre. Les tonnages d'algues observés sont également très variables selon les années (de 120 à 3 400t), et même d'un jour à l'autre selon l'orientation des vents. Le sud de la baie est cependant statistiquement plus affecté que le reste. Paradoxalement, on note ici une absence de lien entre les quantités d'azote délivrées et les quantités d'ulves observées sur les plages. Ceci est dû au caractère rectiligne de la côte qui favorise la mobilité des algues, ainsi que probablement à l'existence d'un stock d'ulves plus profond (-2 à -18 m), récemment mis en évidence. Sa grande importance (jusqu'à 10 000t) et sa mobilité suggèrent un rôle conséquent dans le phénomène. Ce stock, dit offshore, représente vraisemblablement une forme d'extension de l'eutrophisation. A cet égard, l'ensemble de la baie constitue une unité fonctionnelle. D'un point de vue scientifique, la restauration de la qualité azotée de l'eau et la maîtrise de la marée verte en baie de Douarnenez ne devraient pas être sectorisées géographiquement. De plus, le suivi des algues nécessite d'observer simultanément les deux stocks, littoral et offshore.Actes du colloque - Ifremer1999-09-24textProceedings paperinfo:eu-repo/semantics/conferenceObjectapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/1999/rapport-63.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/63/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:642010-04-01LANGUE:FRAbattement de l'azote par le marais côtier de Kervigen et potentiel bretonPiriou, Jean-yvesCoic, DanielMerceron, MichelAlgaeNitrogenUlvaNitrate depletionCostal marshAlgueAzoteUlvaAbattement de nitrateMarais côtierThe coastal marsh of Kervigen is located near by the bay of Douarnenez and its 22 hectares are almost entirely covered by reeds. An experiment was there carried out to assess the nitrogen flux depletion of a small stream, the Kerharo. That one has a 45 km 2 mostly agricultural drainage basin. Due to its nitrate loadings to the next sandy beach, it feeds a green algae (Ulva) proliferation. In order to control its nitrogen fluxes, the stream was partly diverted through a part of the marsh (9 ha), before it was allowed to go back to the main bed. Thus a collapsible weir was set up during several springs and summers, i.e. the growing
period of Ulva. The nitrate stripping off the going through flux is within a 30 to 90 % range,that is important (175 kg N03 /day, i.e 4 kg N/ha of marsh/day). Fish migration remains possible by a short cut of the marsh. The flushing time of marsh water is estimated to be 0.5-5 days depending on the flow. The nitrate depletion is caused by reeds growth, and mainly bacterial denitrification.
Moreover, an inventory of similar milieus in Brittany, having the same function or possibly managed toward this direction, displays some potentialities. This type of action remains curative means to treat nitrogen loadings in excess, and the question of knowing more about the quantity of anthropic pression which is applied to the coastal marshes arises. Use of these wetlands is one among several tools which must be considered to control the green algae proliferation in Brittany.Le marais littoral de Kervigen, 22 ha presque entièrement couverts de roseaux, en bordure de la baie de Douarnenez, a été utilisé à titre expérimental pour abaisser les flux nutritifs d'un ruisseau côtier, le Kerharo. Celui-ci draine un bassin versant de 45 km 2 essentiellement agricole. Par ses apports de nitrate sur la plage où il débouche, il alimente une prolifération d'algues vertes (ulves). Pour limiter ces flux azotés, l'eau du cours d'eau a été partiellement
dérivée afin de faire transiter une fraction de son débit à travers une partie du marais (9 ha),avant que cette eau soit ramenée au lit principal. Le respect du débit réservé (Loi Pêche de 1992) est assuré par une petite dérivation latérale. L'abattement de nitrate mesuré sur le flux en transit dans le marais entre les mois d'avril et août est en moyenne de 60 %. Ceci correspond à 175 kg de nitrate enlevés en moyenne par jour, soit 4 kg N/ha de marais/j. Ceci paraît important en comparaisson des données de la littérature internationale. Le temps de séjour de l'eau dans les marais est estimé à 0,5-5 jours selon son débit. La diminution de
nitrate est due (1/3) à l'accroissement de la biomasse des roseaux et surtout (2/3) à une dénitrification bactérienne intense. De plus, un recensement des milieux présentant un biotope voisin ou susceptible d'être aménagé dans ce sens montre que des potentialités de cette sorte existent en Bretagne. Bien qu'importantes sur quelques sites particuliers, les superficies paraissent globalement limitées : seulement 300 ha aménageables ont été répertoriés sur les parties aval de l'ensemble des bassins versants alimentant les principales marées vertes. Ce type d'action reste un moyen curatif de réduire les flux excessifs d'azote, et une meilleure connaissance de la pression anthropique sur les marais côtiers est souhaitable. L'utilisation de ces zones humides constituent l'un des outils à utliser pour contrôler la prolifération des algues vertes en Bretagne.Actes du colloque - Ifremer1999-09-24textProceedings paperinfo:eu-repo/semantics/conferenceObjectapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/1999/rapport-64.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/64/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:652010-04-01GROUP:MANIOCLANGUE:FRFluctuations à long terme du thon rouge: validité, origines et conséquencesRavier, ChristelleBiological reference pointV.p.a.ManagementMigrationN.a.o.TemperatureTunas/environment relationshipsPopulation dynamicsPeriodic fluctuationsLong term trendTime seriesEast AtlanticMediterranean SeaTrap fisheryThunnus thynnusPoints biologiques de référenceV.p.a.Modèle globalMigrationN.a.o.TempératureRelation thon/environnementDynamique de populationFluctuations périodiquesTendances à long termeSéries temporellesAtlantique EstMéditerranéeMadragueThunnus thynnusDescribe and gain understanding on fluctuations in animal population over time and space is a central goal of population ecology. This is also crucial to ensure the sustainable management of exploited resources, particularly those with complex population dynamics such as the bluefin tuna. The goal of this work is to collect bluefin tuna catches from the ancestral Mediterranean and Atlantic trap fisheries to (i) characterise long-term fluctuations in bluefin tuna population migrating in the Mediterranean, (ii) analyse their causes et (iii) assess their implications for fisheries management.
The bluefin tuna main biological and ecological characteristics are first detailed. Then, the first part presents the trap fishery, and the process of collect and validation of the historical catches. This leads to develop a data base of 54 time-series more than 20 years long, the longest ones spanning about four centuries. Mean historical catches were around 15 000 tons/year ([7 000;25 000]).
Time-series are analysed in a second part. Temporal variability of trap catches may be decomposed in three components: 100-year-long periodic fluctuations, 20-year cycles and inter-annual variations. These medium- to long-term fluctuations, representing more than 50% of the variability in the time-series, were synchronous all around the western Mediterranean and adjacent North Atlantic. In contrast, short-term variability was synchronous at a local scale only. It is argued that long-term fluctuations in trap catches could be considered as a proxy for those in abundance, and a synthetic time-series is computed to depict them. Biological and ecological processes that could cause such long-term fluctuations are discussed in a third part. We tested whether long-term fluctuations in Atlantic bluefin tuna might be related to large-scale environmental changes, using long time-series of the North Atlantic Oscillation (NAO), the Length of the Day index (LOD, a proxy of the atmospheric circulation index ACI) and the temperature. Spectral analyses of trap catches, LOD and temperature displayed similar spectra with peak at low frequency, whereas those of the NAO exhibited a broad band spectrum. Regression analyses and tests of correlation did not reveal any clear relationship between trap catches on the one hand and NAO and LOD on the other hand. In contrast, long-term fluctuations in trap catches appear to be negatively and significantly related to long-term trends in temperature. Underlying processes that could explain such a relationship are discussed, with special focus on changes in migration patterns.
Finally, implications of such fluctuations in term of fisheries management are discussed in a fourth part. A simulation framework, in which a simulated population dynamics model is coupled with a VPA, is built to test the pertinence of the diagnostic of stock assessment according to different scenarios on fluctuations origins and population status. In the hypothesis of fluctuations linked to variations in the recruitment, VPA appears able to reconstruct the fluctuations but the predictions may be biased if natural fluctuations are not taking into account. In the hypothesis of fluctuations linked to changes in migration pattern, VPA is not able to reconstruct the population dynamics. In a precautionary approach, quotas which follow may be unsuitable in the best case, at worst dangerous if they are defined in comparison with a reference point. The concept of cible reference points, fixe and unique over time, appears not relevant for bluefin tuna; estimate trajectory reference pertinent may prove to be more pertinent.Décrire et comprendre les fluctuations spatio-temporelles des espèces animales constituent les enjeux majeurs de l'écologie. La question est également cruciale pour réussir la gestion durable des ressources exploitées, en particulier celle du thon rouge, grand pélagique migrateur à la dynamique complexe. L'objectif de ce travail est de collecter les captures historiques de thon rouge par les madragues méditerranéennes et proche atlantiques pour (i) caractériser les fluctuations à long terme de la population migrante en Méditerranée, (ii) étudier leur déterminisme et (iii) évaluer leurs implications en terme de gestion des pêcheries.
Après avoir décrit les principales caractéristiques biologiques et écologiques du thon rouge, la première partie présente la pêcherie à la madrague, puis le processus de collecte et de validation des données historiques de captures. Ce dernier conduit à la mise en place d'une base de données de 54 séries de plus de 20 ans, dont les plus longues s'étendent sur près de 4 siècles. Les productions historiques sont estimées à environ 15 000 tonnes/an ([7 000;25 000]). Les séries historiques de captures sont analysées dans la seconde partie. Leur variabilité temporelle peut être décomposée en trois composantes : de larges cycles pseudo-séculaires, des variations périodiques d'une vingtaine d'années et des fluctuations inter-annuelles. Les fluctuations à moyen et long terme, expliquant plus de la moitié de la variance des séries, sont synchrones à l'échelle du bassin méditerranéen occidental et du proche Atlantique. La variabilité inter-annuelle, en revanche, n'est synchrone qu'à une échelle locale. On montre finalement que les fluctuations à long terme des captures peuvent être considérées comme de bons indices des tendances des abondances de la population de thons rouges migrants en Méditerranée. Une série synthétique est construite pour les décrire.
Les processus biologiques et écologiques susceptibles d'être à l'origine de ces fluctuations sont discutés dans la troisième partie. L'hypothèse d'un forçage environnemental à grande échelle est testée en utilisant des indices à long terme de l'Oscillation Nord Atlantique (NAO), de la longueur du jour (LOD, un indicateur de l'indice de circulation atmosphérique ACI) et de la température. Les analyses spectrales sur les séries de captures, du LOD et des températures révèlent des spectres similaires, avec un pic sur les basses fréquences, alors que celles sur le NAO conduisent à une large bande spectrale. Les régressions et les tests de corrélations ne montrent aucune relation significative entre les captures par les madragues et le NAO et le LOD. En revanche, les fluctuations à long terme des captures apparaissent significativement et négativement corrélées avec les fluctuations à long terme des températures. Les processus sous-jacents susceptibles d'expliquer une telle relation, en particulier des changements migratoires, sont discutés.
Finalement, les implications des fluctuations pour la gestion de la pêcherie sont discutées dans une quatrième partie. Un cadre de simulation, couplant un modèle de dynamique de population à une VPA, est élaboré pour tester la pertinence des diagnostics d'évaluation de stock selon différents scénarios d'origine des fluctuations et d'état de la population. Dans l'hypothèse de fluctuations liées à des variations du recrutement, la VPA apparaît capable de reconstruire les fluctuations mais les prédictions sont biaisées lorsqu'il n'est pas tenu compte des fluctuations naturelles du stock. Dans l'hypothèse de fluctuations liées à des changements migratoires, la VPA est alors incapable de reproduire la dynamique de la population. Dans une approche de précaution, les quotas qui en découlent peuvent se révéler au mieux inappropriés, au pire dangereux s'ils sont définis par rapport à un point de référence. Ce concept de point cible, fixe et unique dans le temps, apparaît inapproprié pour le thon rouge ; estimer des "trajectoires de référence" serait sans doute plus pertinent.Ecole nationale supérieure agronomique de Rennes2003-10-14textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2003/these-65.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/65/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:822010-04-01GROUP:MANIOCGROUP:NEWCALEDONIALANGUE:FRÉtude géologique et géophysique des marges continentales passives : exemple du Zaïre et de l'AngolaMoulin, MarylineSeismic interpretationEvolution modelSubsidenceKinematic reconstructionSouth and Equatorial AtlanticContinental passive marginInterprétation sismiqueModèle d'évolutionSubsidenceCinématiqueAtlantique Sud et EquatorialMarge continentale passiveThe objective of the present work is to study the formation of the passive continental margins of the Central Segment of the South Atlantic, most particularly the Congo and Angola margins. We propose a combined approach, which integrates structural constraints based on geological cross-sections (based on seismic data) and global constraints based on plate kinematic reconstructions.
The structural study is based on : i) MCS and refraction data collected during the ZaiAngo programme (a joint project conducted by Ifremer and Total) ; ii) proprietary, industrial seismic data (courtesy of Total) from the Angola margin and iii) on all available seismic lines from the Africa and Brazil conjugated margins, between Walvis Ridge and the Equatorial Fracture Zones. Based on theses data, three structural domains (continental, transitional and oceanic) have been defined, the major characteristics of which are :
Crustal thinning occurs abruptly, mostly below the continental slope, over a lateral distance of less than 50 km. The top of the crust deepens as the Moho shallows.
Only a few extensional structures are observed ; tilted blocks are very few (one or two, depending on the profile), found only on the upper part of the slope and sealed by a discordance prior to salt deposition.
The transitional domain is characterized by the existence of a pre-salt basin lying over a thin crustal layer. No tilted blocks are observed in this domain and reflectors within the pre-salt sediment series are parallel to the base of the Aptian salt, over distances greater than 100 km, precluding the possibility of any significant deformation that would imply large horizontal motions. Two types of crust are observed in the transitional domain. "Type I" crust is found below the undeformed pre-salt sediment series located below the eastern part of the basin ; it is characterized by an upper layer of thickness greater than 5 km and a abnormal velocity layer (7.2 - 7.6 km/s), up to 6 km thick. "Type II" crust is less than 5 km thick and found below the salt compressive front that affects the western part of the basin.
The salt cover is continuous (no erosion surface is observed), from the continental shelf to the western termination of the basin. Salt was not deposited in a confined environment (like in the Mediterranean), but in a shallow water, lagunal environment. This imposes the zero-level and constrains the paleo-bathymetry at the time of salt deposition, which dates the latest stage of margin formation.
Understanding the formation of a margin cannot be approached without studying the homolog margin. Therefore, it is of major importance to reconstruct the closure of the ocean bordered by these homolog margins and take into account the constraints imposed by the kinematic reconstructions on the lateral motions of the lithospheric plates. In order to assess the relative position of the plates at the ocean closure (prior to crustal thinning), a global study was thus performed, integrating all geophysical and geological constraints, in the ocean and on land. The role of african intra-plate deformation and its limits and their consequences have been thoroughly studied. To juxtapose the margins of the central segment of the Southern Atlantic, it is all the margins bordering the Equatorial Atlantic that need to be adjuste precisely. The kinematic study of this last region shows that the reconstruction obtained are reliable, unambiguous with a quantifiable precision The best fitting poles (obtained using the PLACA software), show that it is impossible to close the margins beyond the superposition of the salt fronts, from the Angola and Brazil margins. The geological cross-sections based on seismic data from the homolog margins indicate that a 330 km wide basin with thin (< 12 km) crust was present at the time of the fit. This basin cannot result from horizontal movement related to pure stretching or simple shear, or any model implying conservative volume. This conclusion is consistent with the existence of presalt reflectors parallel to the salt layer wich extends to the platform: the formation of the pre-salt basin must be related to vertical motions.
The scenario that we propose for the evolution of the Congo-Angola margin consist in four stages: the first phase corresponds to extensional deformation limited to the few tilted blocks observed on the upper part of the slope. During the second phase, the main crustal thinning occurs, vertical motions prevailes, resulting in the formation of the continental slope and in the subsidence of the basin. The third phase corresponds to the first stress striction: deformation is concentrated in a limited section of the basin, which corresponds to the salt compression front. A proto-oceanic crust is formed, probably composed of thinned continental crust intruded by mantle material. The second stress striction corresponds to the finale phase, resulting in oceanisation senso stricto.
The evolution described shows that we can not apply conservative models for margin formation (such as McKenzie and Wernicke or any of their avatars). In order to explain this thinning, one should investigate non-conservative models (implying geochemical transformation, small scale convection, intrusion...) such as those proposed in marginal or continental basins with no horizontal movments.Ce travail de thèse aborde la formation des marges continentales passives dans le segment central de l'océan Atlantique Sud (plus particulièrement au Congo et en Angola), en intégrant une étude en coupe (étude structurale à partir des coupes sismiques) et une étude en plan (étude cinématique).
L'étude structurale de la marge a été réalisée à partir des données de sismique réflexion et réfraction de la campagne Zaïango et d'une compilation de données sismiques réflexion existantes sur toutes les marges africaine et brésilienne entre les zones de fracture équatoriales et la ride de Walvis. L'interprétation de ces données a permis d'individualiser la structure de la marge en trois domaines : continental, transitionnel et océanique et de déterminer quelques points majeurs sur la structuration de la marge.
L'amincissement est abrupt, localisé dans la zone de pente continentale et restreint à 50 km. La marge montre peu de structures distensives : seuls un ou deux blocs basculés sont observés en haut de pente continentale. Le domaine transitionnel est caractérisé par la géométrie particulière de la sédimentation anté-salifère, l'absence de blocs basculés et la faible épaisseur de croûte. La couche sédimentaire anté-salifère montre des réflecteurs plans jusqu'à la base du sel, continus sur 100 km, éliminant toutes possibilités de déformation du socle pendant et après son dépôt. La croûte du domaine transitionnel peut-être divisée en deux types : une croûte de type I sur laquelle se déposent les sédiments non déformés, et une croûte de type II sur laquelle se superposent les limites du « front compressif salifère » bien exprimé dans les séries postsalifères. Enfin le sel, que l'on observe depuis la plate-forme jusqu'au bassin profond, ne se dépose pas dans un bassin confiné (comme en Méditerranée) mais à un niveau proche de 0 m (ressemblant probablement à un dépôt de type lagunaire) et donne la paléo-bathymétrie au moment de son dépôt qui marque la fin de la période de formation de la marge.
La compréhension de la genèse d'une marge ne peut être approchée sans son homologue. Cette simple constatation, cette évidence, montre toute l'importance que l'on doit apporter à la reconstruction cinématique initiale de l'océan qui borde ces marges homologues et aux contraintes imposées par les reconstructions cinématiques sur les mouvements horizontaux des plaques lithosphériques. Afin d'étudier la position des marges au moment de cette fermeture, c'est-à-dire avant amincissement, une étude globale intégrant l'ensemble des données disponibles, géophysiques et géologiques, océaniques et continentales, a été réalisée. Le rôle de la déformation intraplaque africaine, ses limites et leurs conséquences a, en particulier, été l'objet d'une attention poussée. Pour juxtaposer les marges du segment central, ce sont toutes les marges de l'océan Atlantique Equatorial qui doivent être ajustées précisément. L'étude cinématique réalisée de la région équatoriale montre que l'on obtient une reconstruction fiable et sans ambiguïté, avec une précision que l'on peut quantifier. Les pôles issus de cette étude (et calculés avec le Logiciel PLACA) indiquent qu'il est impossible d'obtenir une fermeture plus serrée que celle qui conduit à la superposition des fronts salifères brésilien et angolais : les coupes issues de la sismique réflexion des deux marges indiquent qu'il subsiste un bassin aminci, large de plus de 330 km et dont la croûte n'excède jamais 13 kilomètres d'épaisseur. La formation de ce bassin ne peut résulter de mouvements horizontaux, ce qui exclut un amincissement par étirement (pure stretching) ou par l'existence d'une faille de détachement (simple shear) ou par quelque modèle conservatif que ce soit. Cette constatation corrobore l'observation de la présence d'horizons anté-salifère parallèles, entre eux et au sel, couche salifère que l'on retrouve sur la plate-forme : la création de ce bassin anté-salifère ne peut être que liée à un mouvement vertical.
Le schéma d'évolution que nous proposons à partir des données structurales et des contraintes cinématiques présente quatre étapes : le premier stade correspond à une phase de déformation distensive limitée aux quelques rares blocs basculés observés en haut de pente continentale. C'est durant la deuxième étape que se déroule la phase d'amincissement principal, les mouvements verticaux prévalent, aboutissant à la formation de la pente continentale et à la subsidence du bassin. La troisième phase correspond à une première striction des contraintes : la déformation se concentre sur une partie réduite du bassin, coïncidant avec le front salifère compressif. Une proto-croûte océanique se forme, probablement composée de croûte continentale amincie et intrudée de matériel mantellique. La seconde striction correspond à la phase finale de formation de la marge et aboutit à l'océanisation sensu stricto.
L'étude cinématique et la description de l'évolution de la marge à partir des données sismiques montre donc que l'on ne peut envisager l'application d'un modèle de genèse des marges avec conservation de volume (type McKenzie ou Wernicke et leurs avatars) : pour expliquer l'amincissement du bassin, il faudrait probablement nous intéresser aux modèles non-conservatifs (impliquant transformation, convection à petite échelle, ...) qui sont déjà invoqués pour la formation des bassins marginaux ou continentaux, sans mouvements horizontaux.Université de Bretagne Occidentale2003-11-28textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2003/these-82.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/82/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:832010-04-01LANGUE:FRLe mercure, le cadmium et le plomb dans les eaux littorales libanaises: apports et suivi au moyen de bioindicateurs quantitatifs (éponges, bivalves et gastéropodes)Nakhle, KhaledLebanonCoastal waterD.g.t.TransplantSpongePatellaBrachidonteTrace metalBioindicatorLibanEaux côtièresD.g.t.TransplantEpongePatelleBrachidonteMétal traceBioindicateurIn 1975, the meeting for the protection of the Mediterranean Sea in Barcelona fixed several important objectives. One of them was the creation of National Observation Programs in order to evaluate the levels and tendencies of pollutants. Furthermore the MED-POL program has re-evaluated and developed these objectives. Lebanon has signed the Barcelona Convention and has been engaged in providing data about its coastal water quality. Unfortunately the Lebanese war, which also began in 1975, paralyzed the country for 15 years. Since 1990, successive governments in the country have fixed as an objective the reconstruction of the tourism sector. As a consequence, they became interested in the environmental problems. The studies carried out before or during the war are not sufficient to provide all the necessary data for the evaluation of contaminant levels in the Lebanese marine ecosystem especially after the demographic explosion and the absence of regulation during the war. The creation of a National Observation Net has become a vital need and a project with socioeconomic interest.
The aim of this work is to establish a National Observation Net adapted to the Lebanese coast. It is constituted by an evaluation of the contamination levels of cadmium, lead and mercury along 50 km of the Lebanese coastal area by direct analysis of sea and river waters, effluents and sediments, and also by the development of quantitative biological indicators. The results allow us to evaluate and identify pollution point sources and to assess the contribution of each contamination source in the enrichment of the coastal waters by these three metals. Three bioindicators (Brachidontes variabilis, Patella sp. and Hippospongia communis) have been validated by comparison of their metal concentrations with metal levels found in water and by using a new technique of pure chemical concentration known as Diffusive Gradients in Thin Films (DGT). For a future network, we propose the use of the bivalve and the gastropod as passive bioindicators, and sponge transplants as active biomonitoring complementary tools.La conférence de Barcelone de 1975 pour la protection de la Méditerranée s'était fixée plusieurs objectifs, dont un était la création d'un programme de surveillance de la pollution marine. Depuis, le programme MEDPOL s'est développé et a été remodelé à plusieurs reprises. Le Liban qui est parmi les signataires de la Convention de Barcelone s'est ainsi engagé à fournir des données sur la qualité de ses eaux côtières. Malheureusement, la guerre a, pendant 15 ans, paralysé tous les efforts dans ce sens. Depuis 1990, les gouvernements successifs qui se sont fixés l'objectif de reconstruire le secteur touristique, se sont intéressés aux problèmes environnementaux.
Les travaux réalisés avant et pendant la guerre sont insuffisants pour estimer l'état des écosystèmes des côtes libanaises. De plus, la situation a été modifiée par l'explosion démographique le long du littoral au cours des 10 dernières années. Dans ce contexte, la création d'un réseau de suivi de la contamination littorale est donc un objectif socio-économique vital pour le pays. L'objectif de ce travail est de collaborer à le construire.
Ainsi, le long de 50 km de côte, l'état de contamination du littoral a été évalué par la mesure de trois métaux prioritaires (cadmium, plomb et mercure) dans les eaux de surface, les eaux de rivières et les émergences karstiques, ainsi que par l'analyses d'effluents industriels. Parallèlement, l'utilisation de bioindicateurs quantitatifs a été testée. Les résultats ont permis d'identifier les sources principales et l'étendue de la contamination. Ils ont aussi permis de valider l'usage d'un bivalve (Brachidontes variabilis), d'un gastéropode (Patella sp.) et d'une éponge (Hippospongia communis) pour un biomonitorage. La validation a utilisé les mesures directes de métaux dans l'eau et des dispositifs de "Gel à gradient de diffusion", du type DGT.Université Paris 72003-12-05textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2003/these-83.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/83/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:1022010-04-01LANGUE:FREtude et modélisation de la dynamique des populations de bivalves en élevage (Crassostrea gigas et Mytilus galloprovincialis) dans le bassin de Thau (Méditerranée, France) et des ascidies solitaires associéesGangnery, AlineLagoon ecosystemResource managementRearing strategiesProductionStanding stockHydrobiologyGrowthShellfish cultureAscidiella aspersaMusselOysterEcosystème lagunaireGestion des ressourcesStratégies d'élevageProductionStockHydrobiologieCroissanceConchylicultureAscidiella aspersaMouleHuîtreThe total standing stock of bivalves cultured in Thau Lagoon (France) that is mainly constituted of the Pacific oyster, Crassostrea gigas, and the Mediterranean mussel, Mytilus galloprovincialis, vary between 14,000 and 20,000 tons within a year. These variations were attributed to the rearing cycle of molluscs in the lagoon but also to their growth performances. Oysters cultured in the Thau Lagoon presented the best growth rate ever reported whereas trophic conditions are low : mean concentrations in organic particulate matter and total chlorophyll a averaged 1 mg.l-1 and 1.2 µg.l-1, respectively. The development of a growth model shows that temporal pattern (i.e. seasonality) of bivalve growth is explained by water temperature and spatial pattern is governed by concentration in organic particulate matter. Quantitative and qualitative variations of bivalve standing stocks are simulated and the marketable production is estimated with a deterministic population dynamics model. This model takes into account rearing strategies of farmers by including for instance seeding and harvesting timetables. Rearing strategies were studied through interviews of oyster and mussel farmers. A technical diagnostic of the production system used in Thau Lagoon and a typology of shellfish farms were also realised. The population dynamics model was calibrated on standing stock and distribution data recorded in 2000 and 2001. The marketable production of oysters was assessed at ca. 17,900 tons between March 2000 and March 2001, implying a ratio of 1.73 between production and biomass (P/B). For mussels, the production was estimated at 5,400 tons at equilibrium for a P/B ratio of 1.38. Cultured bivalves support large quantities of epibiota, among which solitary ascidians. Their biomass varied between 1,200 and 3,600 tons between 2000 and 2001. A growth model that was developed for the species Ascidiella aspersa (more abundant species observed in 2000-2001) and a stochastic model to represent the recruitment of ascidians on oysters were linked with the oyster population dynamics model to derive ascidian standing stock and production over time. The marketable production was assessed at 2,900 tons only for ascidians associated to « collées » oysters (i.e. corresponding to one culture method used in the lagoon). Population dynamics of filter-feeders were also coupled with ecophysiological equations to evaluate their relative impact on the ecosystem of Thau Lagoon. The higher impact comes from oysters at the scale of the basin but mussels have a high impact at the local scale of rearing structures.Le stock total de bivalves en élevage dans la lagune de Thau (France), constitué par l'huître creuse, Crassostrea gigas et la moule de Méditerranée, Mytilus galloprovincialis, varie entre 14 000 et 20 000 tonnes au cours d'une année. Ces variations sont attribuées au cycle d'élevage des mollusques dans le bassin mais également à leurs performances de croissance. En effet, les huîtres élevées dans la lagune de Thau présentent les meilleurs taux de croissance jamais rapportés alors que les conditions trophiques sont faibles : les concentrations moyennes en matière organique particulaire et chlorophylle a totale avoisinent respectivement 1 mg.l-1 et 1,2 µg.l-1. L'élaboration d'un modèle de croissance montre que la variabilité temporelle (i.e. saisonnalité) de la croissance des bivalves est expliquée par la température de l'eau tandis que la variabilité spatiale est gouvernée par la concentration en matière organique particulaire. Les variations temporelles quantitatives et qualitatives (i.e. structure en taille) des stocks de mollusques sont reconstituées et la production commercialisable est estimée à l'aide d'un modèle déterministe de dynamique de population. Ce modèle prend en compte les stratégies d'élevage des conchyliculteurs en incluant notamment les calendriers de mise en élevage et de récolte. Les stratégies d'élevage ont été étudiées par enquêtes, réalisées auprès des conchyliculteurs. Outre l'obtention de données permettant de paramétrer le modèle de dynamique de population, les enquêtes ont également permis de réaliser un diagnostic technique du système de production conchylicole utilisé à Thau ainsi qu'une typologie des exploitations conchylicoles en fonction des stratégies d'élevage. Calibré sur des données d'estimation et de distribution des stocks mesurées en 2000 et 2001, le modèle de dynamique de population évalue la production commercialisable d'huîtres à environ 17 900 tonnes entre mars 2000 et mars 2001, impliquant un ratio entre la production et la biomasse (P/B) de 1,73. Pour les moules, la production à l'équilibre est estimée à 5 400 tonnes pour un ratio P/B d'environ 1,38. Les bivalves supportent une quantité importante d'épibiontes, parmi lesquels les ascidies solitaires dont la biomasse varie entre 1 200 et 3 600 tonnes entre mars 2000 et mars 2001. Le couplage d'un modèle de croissance individuel développé pour l'espèce Ascidiella aspersa (espèce la plus abondante observée en 2000-2001) et d'un modèle stochastique, pour représenter la fixation des ascidies sur les huîtres, avec l'équation de dynamique des populations d'huîtres permet de simuler l'évolution des stocks et de la production d'ascidies associées aux huîtres. A l'équilibre, cette production est estimée à 2 900 tonnes pour les seules ascidies associées aux huîtres « collées » (i.e. correspondant à une des deux techniques d'élevage de l'huître utilisée dans la lagune). Enfin, le couplage de la dynamique de population avec des équations d'écophysiologie permet d'estimer la pression relative des différentes catégories de filtreurs. A l'échelle du bassin, il en résulte une pression intense des huîtres alors qu'à l'échelle locale des structures d'élevage, les moules exercent la plus forte pression.Université Montpellier II2003-03-17textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2003/these-102.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/102/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:1032010-04-01GROUP:MANIOCLANGUE:FRPotentiel probiotique de levures productrices des polyamines dans le développement du système digestif du bar Dicentrarchus labrax et de la cabrilla arenera Paralabrax maculatofasciatusTovar, DarielOntogenyDigestive enzymesFish larvaePolyaminesProbioticsOntogénèseEnzymes digestivesLarves de poissonPolyaminesProbiotiquesThe interest in probiotics for aquaculture is increasing rapidly. In the present work we evaluated the potential of some yeast to induce the larvae gut maturation in sea bass larvae Dicentrarchus labrax. The production of polyamines putrescine, spermidine and spermine was quantified in ten yeast strains using high performance liquid chromatography (HPLC). Afterwards, fluorescently labelled yeast adhesion to the intestine of sea bass larvae and the spotted sand bass (Paralabrax maculatofasciatus) was evaluated by fluorescent microscopy. Two of them, CBS 8339 strain (Debaryomyces hansenii) and X2180 strain (Saccharomyces cerevisiae) produce the polyamines of our interest. The same strains showed the best adhering capabilities to the sea bass and spotted sand bass intestine. Both strains were selected and introduced by pulverization into the diet of larvae. The larvae fed with CBS 8339 strain, increase survival in 8.3% but not in their weight. The secretion of trypsin and amylase as well as those from the brush border membrane: alkaline phosphatase, maltase and leucine aminopeptidase, are incresed at 27 days after hatching (dah). At 42 dah difference in the enzyme activity of the different groups does not exist, suggesting a maturation of the digestive system in early stages of larval development. A second experiment was carried out to know the effect of different levels of incorporation into the diet of CBS 8339 strain: 1.1% and 5.7%. The minimum level, 1.1% of yeast produce best growth and survival rates, as well as lower deformed larvae than those obtained by 5.7% and the control one. Both level of yeast inclusion favored the trypsin secretion and lipase activity at 26 dah. Whereas mRNA levels for trypsin and amylase were influenced by both yeast concentrations at 26 and 36 dah, which suggest a development of digestive capacity of larvae as a result of the presence of polyamines secreted by the yeast.Les probiotiques ont été définis comme des préparations microbiennes vivantes utilisées comme additif alimentaire, et qui ont une action bénéfique sur l'animal hôte en améliorant la digestion et l'hygiène intestinale. L'application de tels traitements aux productions aquacoles suscite un intérêt qui s'accroît rapidement. Dans ce travail, nous avons étudié l'effet de souches de levures sur la maturation de l'intestin des larves du bar Dicentrarchus labrax. Ces souches produisent des polyamines qui sont impliquées dans la réplication et la différentiation cellulaire, ainsi que dans la synthèse des protéines et des acides nucléiques. Dix souches de levures ont été testées pour leur production de polyamines (putrescine, spermidine et spermine), et pour leur adhérence à la paroi intestinale du bar et la cabrilla (Paralabrax maculatofasciatus). La production des polyamines a été analysée en utilisant la chromatographie liquide à haute performance (HPLC). Les levures selectionées ont été marquées avec un composé fluorescent pour tester leur adhérence a l'intestin de larves de bar et de juvéniles de cabrilla. L'adhérence a pu ainsi être evaluée par observation microscopique en épifluorescence. Les souches CBS 8339 (Debaryomyces hansenii) et X2180 (Saccharomyces cerevisiae) ont été choisies pour leur forte production de spermidine et de spermine, respectivement, et pour leur capacité d'adhérence à l'intestin du bar et de la cabrilla. Les deux souches ont été ajoutées par pulvérisation au régime des larves. Nous avons observé une augmentation de 8.3% du taux de survie avec les larves alimentées avec la souche CBS 8339, mais le poids moyen de ces larves était inférieur à celui obtenu sans ajout de levure. Une augmentation de l'activité de la trypsine et de l'amylase, aussi bien que des activités enzymatiques dans la bordure en brosse, aminopeptidase, phosphatase alkaline et maltase, ont été observées dans les larves âgées de
27 jours alimentées avec la souche CBS 8339. Au jour 42, il n'existait plus de différence d'activité enzymatique entre les larves traitées ou non avec la levure. Ces résultats suggèrent que la maturation du système digestif a été accélérée chez les larves nourries avec la levure, la maturation étant achevée chez les larves de 42 jours, qu'elles aient reçu l'un ou l'autre régime.
Une deuxième expérience a été effectuée pour étudier l'effet de différents niveaux d'incorporation dans le régime contenant 1,1% et 5,7% de levure CBS 8339. L'incorporation de 1,1% a induit une augmentation du poids moyen et du taux de survie des larves, ainsi qu'une réduction du taux de malformation de la colonne vertébrale, par rapport aux résultats obtenus avec 0 ou 5,7% de levure. Les deux niveaux d'incorporation de la levure ont favorisé l'activité de la trypsine et de la lipase au jour 26. Les niveaux d'ARNm codant pour la synthèse de la trypsine et de l'amylase ont été influencés par les deux doses de levure aux jours 26 et 36. Ces résultats suggèrent qu'une faible dose de levure améliore le développement et la capacité digestive des larves, et nous formulons l'hypothèse que cette efficacité est due à la production de polyamines in situ. Le rôle des polyamines est particulièrement important pendant les phases de forte croissance comme les stades larvaires, mais elles peuvent être toxiques à dose trop élevée. L'incorporation de levure dans l'aliment destiné aux larves semble donc une excellente méthode pour délivrer les polyamines chez l'animal hôte.
Co-tutelle Al Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste - Université de Bretagne occidentale2002-08-30textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2002/these-103.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/103/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:1432010-04-01LANGUE:FRLes "marées vertes" en Bretagne, la responsabilité du nitrateMenesguen, AlainIntensive farmingBiogeochemical modelsCoastal eutrophicationNitrateUlvaGreen tideAgriculture intensiveModèles biogéochimiquesEutrophisation côtièreNitrateUlveMarée verteSince 25 years, an increasing number of beaches and coves along the Britanny coast are invaded from spring until autumn by proliferating green macroalgae (free ulvae, fixed enteromorphae). This typical case of eutrophication, which has been well studied in the bays of Saint-Brieuc, Lannion, Douarnenez and Brest, could be explained by the conjunction of a natural containment of shallow water masses with a recent enrichment of them by nitrate river loadings. In the naturally confined sites, field measurements of summer biomass showed a good correlation with the spring nitrate river loadings ; furthermore, the summer rarefaction of these loadings explains the fall of the nitrogen content of the ulvae, which induces the summer stop of the algal growth. The mathematical models built by Ifremer show that the only way to lower the ulva biomass on the beaches is to reduce the agricultural nitrate leaching. In the most significant sites, it would then be necessary to bring the nitrate concentration in the rivers from the present 40 mg/L back to 10 mg/L or less, what constitutes a true challenge for the Breton society. One century ago, this concentration probably did not exceed 3 or 4 mg/L...
Depuis 25 ans, un nombre croissant de plages et d'anses de la côte bretonne sont envahies du printemps à l'automne par une prolifération de macroalgues vertes (ulves libres, entéromorphes fixées). Ce cas typique d'eutrophisation, étudié en baies de Saint-Brieuc, de Lannion, de Douarnenez et en Rade de Brest, a pu être expliqué par la conjonction d'un confinement naturel de masses d'eau peu profondes et d'un enrichissement récent de ces dernières en nitrate. Dans les sites naturellement confinés, les mesures de biomasse estivale sur le terrain ont montré une bonne corrélation avec les apports printaniers de nitrate par les rivières ; la raréfaction estivale de ces apports explique par ailleurs la chute de la teneur des ulves en azote induisant l'arrêt estival de la croissance des algues. Les modèles mathématiques de l'Ifremer montrent que la seule manière de diminuer la biomasse d'ulves sur les plages est de réduire les apports de nitrate d'origine agricole. Dans les sites les plus sensibles, il faudrait pour cela ramener la concentration en nitrate dans les rivières de 40 mg/L à moins de 10 mg/L, ce qui constitue un véritable défi pour la société. Il y a un siècle, cette concentration ne devait pas dépasser 3 ou 4 mg/L...2003-06textReportinfo:eu-repo/semantics/reportapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2003/rapport-143.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/143/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:1442010-04-01GROUP:ZABRILANGUE:FRL'utilisation de modèles écologiques dans la lutte contre l'eutrophisation des eaux côtières françaisesMenesguen, AlainEcological modelsHydrodynamical modelsResidence timeLimiting factorPhytoplankton bloomsGreen tidesCoastal eutrophicationModèles écologiquesModèles hydrodynamiquesTemps de résidenceElément limitantEau coloréeMarée verteEutrophisation côtièreIncreasing anthropogenic nitrogen and phosphorus loadings in some coastal areas have induced during the last twenty years excessive production of algal material, either phytoplanktonic or macrophytic. This so-called eutrophication phenomenon alters the usual structure of ecosystem and can lead to massive kills caused by anoxia in some extreme cases, when almost all the dissolved oxygen in bottom waters has been consumed by organic matter decomposition. Just behind the semi-enclosed lagoons, the most sensible areas are the dilution plumes of main rivers. In the case of French coasts, mediterranean lagoons have been eutrophicated for a long time, whereas the coastal areas of the Bay of Biscay and English Channel have been partially preserved by the strong tidal dispersion ; during the last two decades however, more and more spots of strong eutrophication did appear, caused by phytoplankton blooms (Bay of Seine, Bay of Vilaine and south Brittany) or Ulva mass blooms on beaches (several embayments on northern and western coasts of Brittany). Some questions arise:
1/ Which effects are to be expected from still increasing nitrogen loadings from agricultural sources ?
2/ To which level is it necessary to bring back these loadings if actions are impulsed to recover a good environmental quality in the eutrophicated sites ?
Only mathematical models are able to handle simultaneously the dynamics of all the main processes leading to eutrophication in the coastal zone : horizontal and vertical mixing by currents, erosion-deposition of particles, nutrient uptake by growing algae, remineralization of detrital organique matter...Picked up from recent studies done by the "Coastal Ecology" department at IFREMER/Brest, 3 different case studies are presented, in order to illustrate how ecological models can help understanding the shift in ecosystem structure, as well as building efficient scenarios for eutrophication control:
a/ the Bay of Lannion (western English Channel), which is an open embayment with strong tidal oscillation, but which is invaded every spring and summer by large Ulva accumulations ; public authorities have launched a recovery program, based on quantitative targets for loadings, computing by models.
b/ the eastern Bay of Seine (eastern English Channel), which is strongly enriched by loadings from the Seine river and exhibits frequent dinoflagellate blooms during summer, including some toxic species (Dinophysis sp.)
c/ the Bay of Brest, which can be considered as a naturally well-protected site, thanks to its strong tidal regime, but which is suspected to exhibit a slow increase of the summer dinoflagellate-dominated blooms due to constant lowering of Si/N ratios of marine waters in late spring and summer.
Les rejets anthropiques croissants d'azote et de phosphore dans certaines eaux côtières ont induit, dans les vingt dernières années, d'importantes augmentations de la production végétale aquatique micro- et macrophytique. Ce phénomène appelé eutrophisation a pour conséquence de déséquilibrer le fonctionnement normal des écosystèmes jusqu'à provoquer, dans les cas extrêmes, la mort de l'écosystème par asphyxie. En effet, une grande partie de l'oxygène dissous est consommé par la dégradation de la biomasse végétale en putréfaction. Après les lagunes semi-fermées, les zones côtières les plus sensibles sont celles recevant le panache de dilution d'un grand fleuve. En France, alors que l'eutrophisation des lagunes méditerranéennes s'est manifestée il y a déjà longtemps, les côtes de l'Atlantique et de la Manche ont mieux résisté à l'enrichissement en nutriments du fait des fortes capacités dispersives des courants de marée. Depuis vingt ans cependant, les cas d'eutrophisation côtière ne cessent de se multiplier, soit sous forme de proliférations intenses de microalgues planctoniques pouvant déséquilibrer l'écosystème (Baie de Seine, Baie de Vilaine), soit sous forme d'accumulations littorales de macroalgues vertes du genre Ulva très dommageables pour le tourisme ("marées vertes" des côtes bretonnes). La question est donc posée:
1/ de prévoir quels seront les effets de l'augmentation en cours des apports azotés issus de l'agriculture
2/ d'estimer à quel niveau il conviendrait de ramener ces apports si l'on voulait restaurer la qualité de sites particulièrement touchés par l'eutrophisation.
Seuls les modèles mathématiques sont capables de représenter simultanément la dynamique des principaux processus intervenant dans l'eutrophisation d'un site : brassage horizontal et vertical par les courants, dépôt-remise en suspension, absorption des nutriments par les algues en croissance, reminéralisation de la matière organique détritique, etc...Tirés de certaines études effectuées récemment ou en cours au département "Ecologie côtière" du Centre de Brest de l'IFREMER, 3 cas complémentaires seront présentés, qui illustrent les apports de la modélisation mathématique tant dans la compréhension de l'évolution constatée des écosystèmes côtiers que dans l'élaboration de scénarios de contrôle de l'eutrophisation :
a/ La Baie de Lannion, exemple de zone ouverte en mer à marée où se développe pourtant chaque printemps depuis 20 ans une importante "marée verte" à ulves, que les pouvoirs publics voudraient faire régresser par des mesures sur les bassins versants attenants, ciblées grâce à la simulation mathématique.
b/ La Baie de Seine orientale, exemple de zone massivement enrichie par les apports d'un fleuve et montrant une tendance à l'augmentation des proliférations estivales de dinoflagellés, microalgues planctoniques dont certaines espèces sont toxiques (Dinophysis, etc...)
c/ La Rade de Brest, exemple au contraire de site naturellement adapté à une bonne dispersion de l'enrichissement très important apporté par l'Aulne et l'Elorn, et que la modélisation a montré comme probablement peu menacé par une eutrophisation massive.
1999-09textReportinfo:eu-repo/semantics/reportapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/1999/rapport-144.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/144/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:1622010-04-01LANGUE:FRInfestation des coquilles d'huîtres Crassostrea gigas par les polydores en Basse-Normandie: recommandations et mise au point d'un traitement pour réduire cette nuisance.Ruellet, ThierryBoccardiaPolydoraParasites controlPolychaetaPestsOystersBoccardiaPolydoraParasites (lutte contre les)PolychètesAnimaux et plantes nuisiblesHuîtresPolydorid species form a complex of 157 Spionidae. Among them, Boccardia polybranchia, Boccardia semibranchita, Polydora ciliata and Polydora hoplura regularly colonize oysters cultivated in Normandy. Only one tenth of the populations survives more than one year. Recruits observed on the East coast of Cotentin come from the rocky calcareous flatness of Calvados. Their reproduction is spread out over all the year but winter recruitment is more prejudicial for oysters. Deepest area are more infested. Polydorids create mudblisters which cause a bad marketing of the oyster production. In order to reduce this harmful effect, it is possible to shift the setting of the oyster towards the end of March, to transfer oysters towards other areas during the peak of recruitment or six months before the marketing. It is also possible to treat oysters with a solution saturated out of salt. Quality of shells treated is clearly improved without inducing loss of growth or surmortality.Les polydores constituent un complexe de 157 espèces de Spionidae. Parmi elles, Boccardia polybranchia, Boccardia semibranchita, Polydora ciliata et Polydora hoplura colonisent régulièrement les huîtres élevées en Basse-Normandie. Seul un dixième des populations survit plus d'un an. Les recrues observées sur la côte est du Cotentin proviennent du platier rocheux calcaire du Calvados. Leur reproduction est étalée sur l'ensemble de l'année mais le recrutement hivernal est plus préjudiciable aux huîtres. Les zones les plus exondés sont les moins infestées. Les polydores sont à l'origine du chambrage des huîtres qui entraîne la non commercialisation d'une partie de la production ostréicole. Afin de lutter contre cette nuisance, il est possible de décaler la mise à l'eau vers la fin du mois de mars, de transférer les huîtres vers d'autres parcs pendant le pic de recrutement ou bien six mois avant la commercialisation. Il est également possible de traiter les huîtres avec une solution sursaturée en sel. La qualité des coquilles ainsi traitées est nettement améliorée sans induire de perte de croissance ou de surmortalité.Université de Caen2004-06-28textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/these-162.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/162/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:1632010-04-01LANGUE:FRTraitement par lagunage a haut rendement algal (LHRA) des effluents piscicoles marins recycles: évaluation chimique et écotoxicologiqueDeviller, GenevieveAquacultureFishGrowthMetalsBiomarkerWater treatmentRecirculating effluentHigh rate algal pondAquaculturePoissonCroissanceMétauxBiomarqueurEpurationEffluent recycléLagunage à haut rendement algalWorld aquaculture is a fast growing activity and the control of its waste becomes a key issue. Compared to traditional systems, recirculating systems allow to reduce replacement water and waste volumes. Nevertheless their effluents are more concentrated in dissolved nutrients (nitrate, phosphate). The high rate algae pond (HRAP) is one of the possible treatment technique to remove those nutrients. During this work, three rearing systems: one recycled, one recycled with HRAP and one open as a standard, were operated for one year to assess the impact of: (1) the reuse of treated effluent on survival, growth and nutrition of sea bass (2) the rearing system on fish health using multibiomarkers and trace metals accumulation responses and (3) best conditions for HRAP treatment. HRAP had no major effect on fish global parameters but growth and nutrition were slightly reduced in recirculating circuits compared to the standard. EROD and SOD activities were slightly induced and several metals accumulated in the fishes of the recirculating system, however their concentration remained far lower than the recommended values for human food. SOD induction and main metal accumulation were suppressed in fish from recirculating circuits where water was treated by HRAP. Algae growth and associated nutrients removal are seasonal and are increased by a low algae density and a high renewal rates in HRAP. The measurement of algae photosynthesis showed an inorganic carbon restriction for algae growth in HRAP.
HRAP seems to be an interesting solution to improve fish performances and flesh quality in recirculating systems. In other respects, this work suggests new tools to assess rearing fish health.
Le développement rapide de l'aquaculture dans le monde rend indispensable la maîtrise de ses rejets. Par rapport aux systèmes traditionnels, les systèmes recyclés permettent de réduire les besoins en eau et le volume des rejets. Toutefois, certains nutriments dissous (nitrates, phosphates) s'y concentrent. Le lagunage à haut rendement algal (LHRA) est une des voies possibles pour éliminer ces nutriments. Au cours de ce travail, trois circuits d'élevage: un recyclé, un recyclé avec LHRA et un ouvert témoin ont été étudiés pendant un an pour évaluer l'effet (1) de la réutilisation de l'effluent épuré sur la survie, la croissance et l'alimentation de bars (2) du système d'élevage sur la santé des poissons à travers l'étude de biomarqueurs et de métaux traces bio-accumulés et (3) les conditions optimales de l'épuration algale. Si on n'observe pas d'effet marqué lié au LHRA sur les paramètres zootechniques, une légère réduction de la croissance et de l'alimentation des poissons en circuit recyclé par rapport au témoin est cependant enregistrée. On mesure une faible induction de l'activité EROD et de la SOD dans le circuit recyclé ainsi qu'une bioaccumulation de nombreux métaux dont les teneurs restent cependant très inférieures à celles recommandées pour la consommation humaine. Le traitement par LHRA supprime l'induction de la SOD et la bioaccumulation de la plupart des métaux dans les poissons du circuit recyclé. La croissance des algues et l'épuration des nutriments associée sont saisonnières et améliorées par de faibles densités algales et de forts renouvellements d'eau dans les bassins. L'étude des capacités photosynthétiques des ulves met en évidence une limitation de la croissance algale par le carbone inorganique dissous dans le LHRA. L'intégration du LHRA semble une voie d'amélioration des performances et de la qualité des poissons issus de systèmes recyclés. Par ailleurs, ce travail propose de nouveaux outils d'investigation de la santé des poissons d'élevage.Université de Montpellier I2003-11-07textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/these-163.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/163/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:1822010-04-01LANGUE:FRInteractions entre comportement et variations de la croissance des juvéniles de la sole (Solea solea) dans les nourriceries des pertuis CharentaisLaffargue, PascalAtlantic North EastShellfish cultureIngested organic carbonFeedingTri iodothyronine T3Thyroxine T4Fulton's KGrowth rateFlatfishEssential habitatAtlantique Nord EstConchylicultureCarbone organique ingéréAlimentationTri iodothyronine T3Thyroxine T4K de FultonTaux de croissancePoisson platHabitat essentielThis thesis aimed to identify and analyse processes involved in the functioning of sole Solea solea (L.) nurseries in the Pertuis Charentais, the most important oyster cultivation basin in Europe and a major nursery for the Bay of Biscay sole. Juveniles concentrate in coastal and estuarine habitats, which are essential in the biological cycle of this species but implies (i) adaptation to environmental variability and (ii), accessibility to habitat resources. Assuming that effective nurseries account for what fish must perform in response to habitat constraints, especially in selecting feeding, resting or refuge areas, we used both field works and mesocosm experiments to obtain integrative indicators of the nursery quality (growth rate, Fulton's condition index, endocrine status), and behavioural responses of how sole use space (acoustic telemetry techniques) and food (feeding regime and carbon daily ration estimates) in a habitat influenced by shellfish culture.
Juvenile growth curves in the pertuis Breton were close to the species maximum in summer but they tended to a plateau around the autumn equinox. A mesocosm experiment confirmed that in situ temperatures could not explain this growth arrest. At the same time, juveniles had low condition indices, the weakest thyroid hormone levels and the lowest feeding activity. This status suggested various constraints, which could be specific to Pertuis, semienclosed bays under moderate river plume influence. It seemed that the Pertuis environment is less favourable at the end of summer and/or that cumulated effects on the trophic web do not allow the entire 0 group soles to grow according to species potentialities. Nevertheless, in the present climatic context, some of these juveniles were shown to over-winter in these nurseries, where they recovered high hormonal levels and restored their feeding activity. Under the Pertuis environmental constraints, sole growth was modulated, but behaviour did not appear modified. A mesocosm experiment, whose results still need field assessment, demonstrated that access to areas under oyster culture influence was not restricted, either by oyster-trestle effects or by water and bottom changes due to shellfish biological activity. From two 30h sampling cycles performed in the Pertuis d'Antioche, we demonstrated that young sole were able to adjust their activity rhythm and feeding rates, probably due to hydrodynamics, in relation to fortnightly tide cycles or wind stress. These cycles allowed us to evaluate the daily ration of organic carbon of sole juveniles, results which would contribute to the development of trophic web models. Finally, as spin-off of this thesis, a heavy infestation of the Pertuis Charentais by bucephalid metacercariae was revealed. Cercariae being propagated by mussel culture, this parasitosis gave a new point of view concerning the interaction between nursery function in coastal habitats and shellfish culture.L'objectif de cette thèse était d'identifier certains processus liés au fonctionnement des nourriceries de la sole Solea solea (L.) dans les pertuis Charentais, bassin ostréicole de 1er rang européen et nourriceries majeures pour la sole du golfe de Gascogne. Les juvéniles de la sole dépendent d'habitats côtiers et estuariens, ce qui implique (i) une capacité d'adaptation à la variabilité environnementale de ces milieux et (ii), l'accès à l'intégralité d'un habitat essentiel au cycle biologique de l'espèce. La nourricerie réalisée rend compte des ajustements que le poisson doit opérer entre les contraintes liées à l'habitat et sa capacité à gérer ces contraintes, à travers la sélection des aires de nourrissage, de repos et de refuge. Couplant travaux de terrains et expériences en mésocosme, des méthodes basées sur des estimateurs intégratifs ont été retenues, taux de croissance, indice de condition de Fulton et statut endocrine de ces poissons. Ces résultats ont été confrontés à une approche comportementale visant à déterminer comment les soles utilisent l'espace (pistage par télémétrie acoustique) et accèdent à la nourriture (régime alimentaire et estimation de la ration en équivalent carbone) dans un habitat sous influence conchylicole.
La croissance des juvéniles du pertuis Breton, sub-maximale durant la période de croissance rapide, tend vers un plateau autour de l'équinoxe d'automne. Une expérience en mésocosme confirme que la température in situ ne peut entraîner ce ralentissement de la croissance. Or en même temps, ces juvéniles présentent une condition médiocre, les niveaux d'hormones thyroïdiennes circulantes les plus faibles et l'activité alimentaire la plus basse de l'année. Cet état suggère des contraintes propres à la mer des Pertuis, système de baies semi-fermées sous influence modérée de panaches estuariens. Il semble qu'un environnement marin moins favorable en fin d'été et/ou des effets en cascade sur le réseau trophique ne permettent pas à l'intégralité de la classe d'âge 0 d'y grandir en fonction des potentialités de l'espèce. Dans le contexte climatique actuel néanmoins, une partie d'entre eux est capable d'hiverner dans ces nourriceries où ils recouvrent des niveaux hormonaux élevés et restaurent leur activité alimentaire. Les contraintes environnementales des pertuis Charentais, si elles sont d'ordre à moduler la croissance des soles, ne semblent pas altérer leur comportement. Nous avons pu montrer par une expérience en mésoscosme que ni l'effet des structures d'élevage, ni celui des modifications d'habitat liées à la biodéposition ne restreignent l'accès aux zones placées sous emprises ostréicoles. Vérifier ces résultats en mer sera nécessaire avant de conclure que les juvéniles accèdent à l'intégralité des nourriceries dans les pertuis Charentais. Toutefois, deux cycles d'alimentation de 30 h dans le pertuis d'Antioche démontrent la capacité de très jeunes soles à ajuster leurs rythmes d'activité et l'intensité de la prise alimentaire selon, vraisemblablement, le contexte hydrodynamique, qu'il soit imposé par le cycle des marées de quinzaine ou par le vent. Cela a également permis une première estimation de la ration journalière des jeunes soles en carbone organique, ce qui permettra de compléter les modèles de réseau trophique actuellement développés. Enfin, l'infestation importante des soles des pertuis par les métacercaires d'un Bucephalidae, enkystées dans différents organes sensibles, révèle des interactions biotiques inattendues. Les cercaires de ce parasite étant propagées par les élevages de moules, cette parasitose donne un nouvel éclairage aux interactions existant entre la fonction de nourricerie des habitats côtiers et la conchyliculture.Université de la rochelle2004-11-24textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/these-182.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/182/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:1832010-04-01LANGUE:FREtude du comportement des éléments traces en milieu estuarien : approche expérimentale et modélisation : Application à l'étude de la spéciation de Cd, Co et Cs dans les estuaires majeurs français (Seine, Loire, Gironde, Rhône)Dange, CatherineModelingFrench estuariesCaesiumCobaltCadmiumRadionuclidesTrace metalsSpeciationModélisationEstuaires françaisCesiumCobaltCadmiumRadionucléidesMétal traceSpeciationMost of trace elements have a non conservative behavior in estuarine environments. It is the case of cadmium, cobalt and caesium for which the fate in estuarine and coastal zones is largely controlled by their distribution between water and suspended particles, which generally have high residence times or can be definitely deposited in these areas. Metallic contaminants and radionuclides can be present under various species : dissolved (mineral and organic complexes), colloidal and particulate forms (adsorbed, precipitated) or integrated by various mechanisms in the organisms. Such distributions are the result of processes (physical, chemical, biological) which are controlled by many factors (ionic strengh, pH, Eh, major cations concentration, nature and concentration of suspended matter, primary production, ...). Geochemical modeling is a very useful approach to understand the dynamics of this type of contaminant, especially in the complex systems which are the estuaries.
A speciation model (MOCO) was used to simulate the measurements of dissolved and particulate Cd, Co and Cs, taken during various cruises carried out in the Seine, Loire, Gironde and Rhone estuaries. The model is able to reproduce the distribution of metals between the dissolved and particulate phases, and also to evaluate the concentrations of various chemical species (especially those which are most bioavailable). The approach presented treats adsorption processes as a formation of inner sphere complexes with functional surface groups (surface complexation model) or as an cationic exchange reaction. The calculation of chemical species takes into account the presence of dissolved ligands or major cations of seawater, which compete with the metal for the surface sites. The model can consider the various natural particle components (metal oxyhydroxides, organic matter) as individual adsorbent phases or treat natural particles in a "global manner".
The choice of modeled processes is based on studies of the biogeochemistry of Cd, Co and Cs in the estuarine environment and the knowledge obtained on the field. Experiments performed both in laboratory and in situ were necessary to check the validity of the assumptions of the model and to evaluate model parameters, which cannot be measured directly like to the sorption properties of natural particles. Radiotracers (109Cd, 57Co, 134Cs) were used to determine physico-chemical key processes and environmental variables that control the speciation and the fate of Cd, Co and Cs. This approach, based on the use of spike with various radionuclides, allowed us to evaluate the affinity constants of particles to the four estuaries for the studied metals (global intrinsic complexation and exchange constants) and also the exchangeable particulate fraction estimated from the comparison of measured natural metals coefficients of distribution and coefficient of distribution of their radioactive equivalents. Other parameters, which are necessary to build the model (specific surface area, concentration of active surface sites, mean intrinsic acid-base constants, ...), were independly estimated by various experimental approaches, applied in laboratory to particle samples taken throughout estuaries (electrochemical measurements, nitrogen adsorption using the BET method, ...).
The results of the validation indicate that in spite of its simplifications, the model reproduces in a satisfactory way the dissolved/particulate distributions measured for Cd, Co and Cs. With a predictive aim, this type of model must be coupled with a hydrosedimentary transport model.
Ce travail est une contribution à l'amélioration des connaissances du comportement biogéochimique des métaux traces et des radionucléides dans les milieux estuariens, véritable trait d'union entre le milieu continental et le domaine marin. La plupart des contaminants métalliques et des radioisotopes se caractérisent par un comportement de type non conservatif au cours de leur transit vers les océans. Ces derniers sont présents dans les eaux estuariennes sous différentes espèces dissoutes (ions libres, complexes minéraux et organiques), colloïdales, particulaires (adsorbé, précipité, ...) ou assimilés par différents mécanismes dans les organismes. Cette distribution est le résultat de processus physiques, chimiques et biologiques qui sont contrôlés par de très nombreux facteurs (force ionique, pH, nature et teneur en matières en suspension, concentrations en cations majeurs, concentration en ligands inorganiques et organiques dissous, potentiel redox, production primaire, ...). Les modèles chimiques constituent un outil de choix pour comprendre la dynamique de ce type de contaminant dans les milieux complexes que sont les estuaires.
Un modèle de spéciation (MOCO) capable de reproduire le comportement géochimique de Cd, Cs et Co et de prédire les formes physico-chimiques sous lesquelles ils se trouvent lors de leur transit estuarien a été développé et appliqué à la simulation des profils dissous et particulaires de ces métaux au sein des principaux estuaires du littoral français (Seine, Loire, Gironde, Rhône). A ce jour, le modèle élaboré permet de prendre en compte les processus majeurs qui gouvernent le comportement de ces trois éléments, à savoir la complexation et l'échange ionique de surface ainsi que la compétition avec les ligands dissous de l'eau de mer ou avec les cations majeurs pour les sites de surface. Les éléments Cd, Co et Cs ont été sélectionnés dans la mesure où leur devenir en estuaire est tributaire de la plupart des processus physico-chimiques recensés dans ces environnements. De surcroît ces métaux présentent des isotopes émetteurs gamma à la demi-vie assez longue, ce qui nous a permis de mettre en oeuvre un certain nombre d'expérimentations basées sur l'utilisation de leurs analogues radioactifs : 109Cd, 57Co et 134Cs.
Le choix des processus modélisés repose à la fois sur les travaux portant sur la biogéochimie de Cd, Co et Cs en zone estuarienne et les connaissances acquises sur le terrain. L'utilisation des traceurs radioactifs tant en laboratoire que lors des campagnes de terrain a notamment permis de dégager les processus physico-chimiques majeurs et les variables environnementales clé régissant la spéciation et le devenir des contaminants et de vérifier la validité des hypothèse du modèle. Par ailleurs, elle a permis d'évaluer les constantes d'affinité des matériels particulaires des différents estuaires vis-à-vis des éléments étudiés (constantes de complexation et d'échange de surface). Les autres paramètres nécessaires au modèle développé, non mesurables directement, ont été obtenus de façon "indépendante" par l'intermédiaire d'autres techniques expérimentales menées en laboratoire (titrages potentiométriques, méthode d'adsorption BET, caractérisation géochimique, ...). L'ensemble de ces méthodes a conduit à la détermination des propriétés géochimiques et physico-chimiques "globales" intrinsèques de surface des particules qui conditionnent leur réactivité de surface et leurs capacités à fixer les espèces métalliques et les radionucléides (capacité d'échange cationique, concentration des sites de surface, surface spécifique, constantes d'acidité de surface). L'étude du rôle des différentes fractions géochimiques des particules naturelles (carbonates, oxy-hydroxydes de fer et de manganèse, matière organique, aluminosilicates) dans cette réactivité globale vis-à-vis de Cd, Co et Cs a également fait l'objet de ce travail. Le modèle MOCO a été utilisé pour simuler les distributions de Cd et de Co ainsi que celles des radiocobalts 58 et 60 et des radiocésiums 134 et 137 observées lors de différentes campagnes de terrain menées au sein des quatre estuaires et delta français dans le cadre, notamment, du premier volet du PNEC Atlantique et de la première phase du programme Seine-Aval. Les concentrations dissoutes et particulaires des métaux traces et la distribution des radioisotopes artificiels mesurées dans les différentes conditions hydrologiques rencontrées ont été utilisées comme données de validation. Les résultats des simulations indiquent que malgré les simplifications opérées, le modèle reproduit de façon satisfaisante la distribution de Cd, de Co et de Cs lors du transit estuarien. Certains points concernant la géochimie du cobalt demandent toutefois à être précisés. Bien que spécifiquement consacré à l'étude du comportement de Cd, Co et Cs en milieu estuarien, les approches expérimentales mises en oeuvre et les enseignements recueillis au cours de cette étude peuvent s'appliquer à la compréhension des mécanismes de transfert entre phase dissoute et particulaire d'autres polluants métalliques et dans d'autres systèmes aquatiques.Université de Reims Champagne- Ardenne2002-06-27textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2002/these-183.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/183/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:2022010-04-01LANGUE:FREtude des bases génétiques de la mortalité estivale et des relations avec la croissance chez les juvéniles de l'huître creuse Crassostrea gigasDegremont, LionelJuvenileGeneticGrowthSummer mortalityCrassostrea gigasJuvénilesHéritabilitéRendementCroissanceMortalités estivalesCrassostrea gigasIn order to study genetic variability for survival during summer mortality events in the oyster Crassostrea gigas, a first generation (G1) was bred in 2001. 17 G1 half-sib families (HSF) were obtained ; each HSF was reared in three sites along the French coast during the summer period. Significant differences in survival were observed among HSF indicating a genetic basis for survival. In 2002, several HSF were selected on their survival performances to constitute a divergent selection (G2) (outbreed and inbred). Significant differences in survival were found among these offspring of the 'high' and 'low' selected groups in several laboratory experiments and in all sites. Growth performance was not influenced by selection on survival. This confirms the results observed in the G1 with a positive response to selection. The high heritability for survival indicates that selective breeding programs could efficiently improve survival of juveniles oystersAfin d'étudier les bases génétiques de la mortalité estivale chez Crassostrea gigas, une première génération (G1) d'huître a été réalisée puis testée dans un dispositif multi-sites. En octobre 2001, des différences significatives de survie entre 17 familles de demi-frères ont été observées indiquant une base génétique importante. A partir de familles G1 sélectionnées pour les performances de survie, une sélection divergente (avec et hors consanguinité) a été réalisée en 2002 constituant la seconde génération (G2). Des différences significatives de survie entre les descendants des groupes sélectionnés 'résistants' et 'sensibles' ont été observées en laboratoire et in situ. La croissance n'est pas affectée par la sélection sur la survie. La G2 confirme les résultats obtenus en G1 avec une réponse positive à la sélection et une forte héritabilité réalisée indiquant qu'une l'amélioration de la survie des juvéniles chez C. gigas est réalisable par la mise en place de programme de sélectionUniversité de Caen/Basse-Normandie2003-12-16textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2003/these-202.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/202/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:2222010-04-01LANGUE:FRCompréhension des mécanismes d'adhésion des biofilms en milieu marin en vue de la conception de nouveaux moyens de préventionRubio, CelineSea waterMarine bacteriaPhysico chemical characterisationMATSXPSIRASAdsorptionBacterial adhesionBiofimEau de merBactéries marinesCaractérisation physicochimiqueMATSXPSIRRASAdsorptionAdhésion bactérienneBiofilmBiofilm formation on surfaces immersed in sea water induces equipment damages. Recently, studies focused on the environmental impact of antifouling paints have shown that some active chemical compounds are harmful to the aquatic environment. Hence, it appears fundamental to study physico-chemical interactions existing between marine bacteria and various substrata to conceive new ecological products or antifouling processes.
First, we model an artificial primary organic film, formed by the adsorption of BSA and polysaccharide, as close as the one formed in natural seawater. This organic film is heterogeneous (only 42% of the surface is covered) and organic adsorption occurs in a multi-layer scheme, molecules bounded each others by calcium and magnesium ions.
Second, three marine bacteria, Vibrio splendidus (98,8% of RNA/RNA homology), Pseudomonas sp. and Pseudoalteromonas macleodii subsp. fijiensis, are characterised by analytical surface techniques. The combination of the results obtained by XPS and MATS shows that bacterial acido-basic properties can be explained by differences in surface compositions : highly hydrophilic bacteria exhibit polysaccharides whereas slightly hydrophilic bacteria exhibit proteins on their surfaces.
Finally, bacterial adhesion on glass, stainless steel AISI 316L and PTFE samples which are or are not covered with an organic film points out that, in our laboratory conditions, primary organic film formation and bacterial adhesion may occur at the same time. Next, we show that kinetics of adhesion can be explained by bacterial surface composition and that polymers excreted by bacteria allow them to firmly attach to surfaces. Then, XPS and microbiological results lead us to say that bacteria don't only attach to the primary organic film.La formation des biofilms sur les matériaux immergés en milieu marin engendre un déclin de la fonctionnalité et de la durée de vie des équipements. Au vu des problèmes écologiques engendrés par les peintures antisalissures, nous avons cherché à caractériser plus précisément les interactions physico-chimiques existant entre les bactéries et les matériaux afin d'élaborer de nouveaux moyens de prévention.
Dans un premier temps, nous avons formé un film primaire modèle, obtenu par adsorption d'une protéine (SAB) et d'un polymère bactérien, physico-chimiquement proche de celui observé en eau de mer naturelle. Ce film organique est hétérogène, couvrant au maximum 42% de la surface solide, et l'adsorption organique s'effectue sous forme de multicouches, les macromolécules étant pontées entre elles par des cations magnésium et calcium.
Dans un deuxième temps, la caractérisation par XPS et MATS de deux bactéries pionnières dans la formation des biofilms, Vibrio splendidus (homologie de séquence ARN de 98,8%) d'une part et Pseudomonas sp. d'autre part, et de Pseudoalteromonas macleodii subsp. fijiensis a permis de relier les propriétés acido-basiques et de Lifshitz van der Walls des bactéries à leur composition d'extrême surface : les bactéries fortement hydrophiles présentent majoritairement en surface des polysaccharides alors que les bactéries faiblement hydrophiles présentent des protéines.
Enfin, l'adhésion bactérienne sur des échantillons de verre, d'acier inoxydable AISI 316L et de PTFE préconditionnés ou non par un film organique a mis en évidence, dans nos conditions expérimentales, que : la formation du film primaire et l'adhésion bactérienne peuvent être simultanées ; les vitesses d'adhésion des bactéries peuvent être reliées à leur composition d'extrême surface ; les exopolymères excrétés par les bactéries leur permettent de s'ancrer sur les matériaux ; et enfin que les bactéries n'adhèrent pas seulement sur le film primaire.Université Paris 62002-07-05textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2002/these-222.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/222/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:2232010-04-01LANGUE:FRRéaction de réduction de l'oxygène sur les aciers inoxydables en eau de mer naturelle. Influence du biofilm sur les processus de corrosionLe Bozec, NathalieHydrogen peroxideOxides layerBiofilmOxygen reductionCorrosionSeawaterStainless steelsPeroxyde d'hydrogèneFilms d'oxydesBiofilmRéduction de l'oxygèneCorrosionEau de merAciers inoxydablesiofilm development on stainless steels immersed in natural seawater can have prejudicial consequences on the resistance of these materials to corrosion . The goal of the present study was to get more precise information on the corrosion processes, and especially on the oxygen reduction reaction. As the reaction is linked to the stainless steel surface state, the characterisation of the oxides films (composition, structure, thickness...) is essential to understand the mechanisms and the oxygen reduction kinetic. The first aim of the study has been to correlate the oxygen reduction processes with the characteristics of the oxides layer as a function of the alloy surface treatment (mechanical polishing, electrochemical passivation and prereduction, chemical treatment with some acids or with hydrogen peroxide). The second stage has consisted in following the evolution of the oxygen reduction processes and of the characteristics of the oxides layer with the aging of stainless steels in natural and artificial seawaters. One major biofilm effect appears to be the production of hydrogen peroxide at a concentration level which induces modifications of the oxides layers and, consequently, of the evolution of the oxygen reduction kinetics as well as of the open circuit potential. Electrochemical techniques (voltammetric analysis at rotating disk and ring-disk electrodes, coulometry) combined with a surface analytical method by X-ray photoelectron spectroscopy have been used. The characterisation of the biofilm required the use of microscopy (scanning electronic microscopy, epifluorescence microscopy) and microbiological methods (cultures). The in-situ detection of hydrogen peroxide formed inside the biofilm has been performed with a microelectrode and the results were confirmed with enzymatic methods.
Le développement d'un biofilm sur des aciers inoxydables immergés en eau de mer naturelle a des conséquences plus ou moins importantes sur la résistance à la corrosion de ces matériaux. L'objectif de cette étude est d'apporter des précisions sur les mécanismes régissant la corrosion, en particulier la réaction de réduction de l'oxygène dissous. La réaction étant intimement liée à l'état de la surface, la connaissance des caractéristiques des films d'oxydes (composition, structure, épaisseur...) recouvrant les alliages est une information indispensable à la compréhension des mécanismes et de la cinétique de réduction de l'oxygène. La première étape du travail est la corrélation du processus de réduction de l'oxygène avec les caractéristiques du film d'oxydes selon le traitement de la surface de l'acier inoxydable (polissage mécanique, traitement électrochimique de passivation et de réduction, traitement chimique par un mélange d'acides et par le peroxyde d'hydrogène). La seconde étape est de suivre l'évolution des processus de réduction de l'oxygène et des oxydes de surface lors du vieillissement des alliages en eau de mer naturelle et artificielle. L'effet du biofilm se manifeste notamment par une production de peroxyde d'hydrogène suffisante pour induire des modifications des couches d'oxydes et en conséquence l'évolution des processus de réduction de l'oxygène et l'augmentation du potentiel d'abandon.
Des techniques électrochimiques (voltammétrie à l'électrode à disque tournant et à disque-anneau, coulométrie) ont été employées, alliées à une méthode d'analyse de surface par spectroscopie des photoélectrons XPS. La caractérisation du biofilm a nécessité l'utilisation de techniques microscopiques (microscopie électronique à balayage, microscopie à épifluorescence) et microbiologiques (cultures). La détection in-situ du peroxyde d'hydrogène au sein d'un biofilm a imposé le développement de micro-électrodes et l'emploi de méthodes enzymatiques permettant de valider les résultats.
Université de Bretagne Occidentale2000-01-12textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/these-223.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/223/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:2422010-04-01LANGUE:FRAnalyse de descripteurs énergétiques et statistiques de signaux sonar pour la caractérisation des fonds marinsLe Chenadec, GillesSupport Vector MachinesMarkov Random FieldImage segmentationSpatial StatisticsSignal ProcessingInverse ProblemBackscattering StrengthSeafloor geoacoustical and geostatistical ModelMéthodes SVMChamps de MarkovSegmentations d'images sonarStatistiques spatialesTraitement du signalProblèmes inversesRétrodiffusionModélisation géoacoustique et géostatistique des fonds marinsSonar systems own the attractive ability to simultaneously provide a bathymetric map and a sonar image of large insonified seabed areas. Recorded data information, the backscattered energy is well known as an essential clue about the seabed nature and roughness. This PhD thesis lie within a seafloor characterization project using acoustical methods. The objectives are the data exploitation of two sonar systems (a multibeam echosounder and sidescan sonar) ; both operate at a high frequency (around 100 kHz) but their survey geometry is different. Sonar images are first analyzed and reveal artefacts due to geometry of the sonar system and array patterns, leading to difficulties in their geological interpretation. In the context of the sediment discrimination, a previous study is necessary before any feature analysis. The available sonar systems is then studied in detail to elaborate an adapted process of data correction and permit quantitative use of backscattered intensity. A new postprocessing correction method is proposed for signals recorded by the sidescan sonar, based on the reconstruction of the survey geometry.
At the conclusion of this correction stage, the study concerns two energetical and statistical features extracted from backscattered intensity. The angular backscattering strength is shown as the simplest and the most efficient feature for the seabed discrimination but its single use is not optimal.
Textures presence in sonar images allow to complete the study by a feature based on the statistical distributions shape and revealing roughness characteristics. Different statistical behaviors are highlighted depending either on seafloor properties or on the sonar system geometry. A new model is proposed to predict these behaviors.
Finally, the simultaneous use of these features improve segmentation results. In this context, the use of the "Support Vector Machines" is proposed and shows some relevant and evolutive possibilities ; the new algorithm allows to introduce various features (energetical, statistical, textural, bathymetric) and to combine with a markovian model of the image.Les systèmes sonar offrent la possibilité d'obtenir simultanément une carte bathymétrique et une image sonar de vastes surfaces insonifiées. L'information contenue dans les images sonar, l'énergie rétrodiffusée par l'interface sédimentaire, s'avère être un indice essentiel pour caractériser la nature et le relief du fond insonifié. Ces travaux de thèse s'inscrivent dans un projet de caractérisation sédimentaire des fonds marins par méthodes acoustiques. Les objectifs résident dans l'extraction et l'interprétation des données de deux systèmes sonar (un sondeur multifaisceau et un sonar latéral) de même gamme de fréquence (environ 100 kHz) mais de géométrie différente.
Dans un premier temps, les images sonar sont analysées et révèlent des artefacts dus à la géométrie du système d'acquisition et aux directivités d'antenne menant à des difficultés d'interprétation géologique. Dans le contexte de reconnaissance de fond, une étude préalable s'avère nécessaire avant toute extraction de descripteurs. Les systèmes sonar disponibles ont été analysés en détail pour élaborer un processus adapté de correction des données et autoriser l'exploitation de l'intensité rétrodiffusée. Nous proposons un algorithme de correction des données du sonar latéral en post-traitement, basé sur la reconstruction de la géométrie d'acquisition.
A l'issue de cette étape de correction, l'étude a porté sur deux descripteurs énergétiques et statistiques des signaux rétrodiffusés. L'indice angulaire de rétrodiffusion se révèle le descripteur le plus simple et le plus efficace pour la discrimination des fonds marins mais ses possibilités sont incomplètes.
La présence de textures dans les images autorise de compléter l'étude par un descripteur basé sur la forme des distributions statistiques et révélateur de la rugosité. Différents comportements statistiques ont été mis en évidence en fonction du type de fond et des propriétés du système d'acquisition. Un nouveau modèle est proposé pour prédire ces comportements ; il est validé sur des données expérimentales de types de fonds variés. Enfin, l'utilisation conjointe de ces deux descripteurs améliore les résultats de segmentation des images sonar. Dans ce contexte, l'utilisation des "Support Vector Machines" est proposée et s'est révélée pertinente et évolutive ; le nouvel algorithme permet l'introduction de descripteurs variés (énergie, statistique, bathymétrie, texture) et la combinaison avec une modélisation markovienne de l'image.Université de Bretagne Occidentale2004-07-08textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/these-242.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/242/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:2622010-04-01LANGUE:FRStratégies d'approvisionnement et d'innovation des entreprises de transformation des produits de la merLe Roux, JohannSea food processing industryAgrofood industrySea food productsSupplyInnovationIndustrial organisationIndustrie halio alimentaireIndustrie agroalimentaireProduits de la merApprovisionnementInnovationEconomie industrielleThe seafood processing industry (SPI) is based on a natural renewable and common resource, these properties are different from those of agricultural resource. Can this distinction called in question the transposition of the model of development of the food processing industry to the SPI ? More precisely, can this distinction created differences concerning supply and innovation strategies between the two industries? To treat the problem, we join together two fields of investigation generally treated in a disjoined way : fishery economy and industrial organisation.
We used a bio-economic model to analyse the incidence of the common-property of living marine resources. It shows some particularities on tree way : the expansion of the market, the supply strategy and innovation behaviour. To verify these results in the French case, we developed a methodology inspired by the Structure-Conduct-Performance paradigm. We also used the product life cycle theory and some concepts of the evolutionary theory.
The application of the methodology required the collection of information starting from pre-existent data. These information led to a typology of the behaviours. Moreover, we examined the performances of the innovation strategies. The results show that the particularities of fishing industry are reflected clearly on supply behaviours but they are less influential on innovation strategies ; they are also reflected on the development of the industry of the products frozen by limiting the growth of the market, phenomenon likely to be reproduced with other divisions of the IHA.L'industrie halio-alimentaire (IHA) repose sur la valorisation d'une ressource qui est naturelle renouvelable et commune, propriétés qui se distinguent de celles des ressources agroalimentaires. Ces spécificités remettent-elles en cause la transposition du modèle de développement des industries agroalimentaires (IAA) à l'IHA ; plus précisément ces spécificités génèrent-elles des comportements d'approvisionnement et d'innovation particuliers ? Le traitement de la problématique impose de réunir deux domaines d'investigation traités généralement de façon disjointe : l'économie des pêches et l'économie industrielle.
L'examen de l'incidence des propriétés des ressources halieutiques à partir d'une modélisation bio-économique tend à montrer des particularités dans l'expansion du marché aval et dans les stratégies d'innovation et d'approvisionnement. Pour vérifier ces résultats dans le cas français, nous avons développé une méthodologie d'analyse inspirée du paradigme Structure-Comportement-Performance et complétée par les enseignements de la théorie évolutionniste et de la théorie du cycle de vie des produits.
L'application de la méthode a nécessité la collecte d'informations à partir de données préexistantes. Ces informations ont débouché sur une typologie des comportements. En outre, nous avons examiné les performances des stratégies d'innovation. Les résultats montrent que les propriétés des ressources halieutiques se répercutent nettement sur les comportements d'approvisionnement mais qu'elles sont moins influentes sur les stratégies d'innovation ; elles se répercutent également dans le développement de l'industrie des produits surgelés en limitant la croissance du marché, phénomène susceptible de se reproduire à d'autres divisions de l'IHA.Université de Bretagne Occidentale2003-12-18textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2003/these-262.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/262/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3022010-04-01LANGUE:FRMétrologie 3D par vision active sur des objets naturels sous-marinsEspiau, Francois-xavierUnderwater imagesRobust matchingMulti scale approachInterest pointsProjective reconstructionComputer visionImages sous marinesAppariement robusteApproche multi échellesPoints d'intérêtReconstruction projectiveVision par ordinateurThis PhD Thesis concerns the application of computer vision techniques to natural underwater images. Recently, advances in projective geometry have given a strong formalism to computer vision reconstruction algorithms and has allowed real improvements. Nevertheless, many algorithms may have problems with natural scenes.
We present here a complete methodology to make a projective reconstruction of natural scenes from underwater images taken with one uncalibrated camera. In the first step, we are interested in extracting robust features which is a necessary step of image processing. Due to the particular scenes we observe (no geometric simple forms, high noise, no knowledge of the environment), we choose a robust implementation of a point detector based on a multi-scale representation of the images. This one allows us to classify points depending on two criteria: robustness against noise and good localization. It is then possible to match these points between images and compute the projective model of the scene with standard robust methods.
In our case, we often have really noisy images and standard algorithms cannot be efficient. We propose to apply a preliminary data processing, which used with our multi-scale approach gives good results. Finally, this work has permitted to develop a software for users, experimented or not, to use advanced techniques for computer vision.
Métrologie 3D par vision active sur des objets naturels sous-marins Ce travail de thèse se place dans le cadre d'une application pour le traitement de scènes naturelles sous-marines. Si le formalisme apporté par la géométrie projective dans le monde de la vision par ordinateur a permis de mieux appréhender cette discipline, l'étude de scènes naturelles pose encore de nombreux problèmes.
Nous présentons ici une méthodologie complète pour l'étude de scènes sous-marines acquises avec une seule caméra non calibrée en vue de faire de la reconstruction projective. Dans un premier temps, nous nous intéressons à l'extraction de caractéristiques robustes, phase préliminaire indispensable pour tout traitement d'images. Du fait du caractère propre des scènes observées (pas de formes géométriques simples, bruit important, non connaissance de l'environnement), nous avons choisi une implémentation robuste d'un détecteur de points d'intérêt en se basant sur une représentation multi-échelles des images. Celle-ci nous permet, via un algorithme d'appariement pyramidal, d'effectuer un classement des points reposant sur deux critères : une bonne robustesse aux bruits et une bonne localisation. Il est possible alors d'effectuer l'appariement de ces points entre différentes images et de construire ainsi un modèle projectif de la scène, par des méthodes robustes classiques.
Cependant, dans notre problématique, il n'est pas rare d'avoir des images de piètre qualité et les algorithmes de traitement d'images sont mis en échec. Nous proposons alors d'appliquer un pré-traitement qui, couplé à notre approche multi-échelles, permet d'obtenir de bons résultats. Enfin, ce travail a donné lieu au développement d'un outil logiciel permettant aux utilisateurs, spécialistes ou non du domaine, de manipuler des techniques avancées de traitement d'image.
Université de nice - sophia antipolis2002-02-26textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2002/these-302.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/302/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3222010-04-01LANGUE:FROrigine, devenir et contrôle de la matière particulaire dans les élevages de poissons marins en système recycléFranco, MiguelNitrogenCarbonIsotopesOrganic matterParticulate matterDicentrarchus labraxSeabassRecirculating systemsAquacultureAzoteCarboneIsotopesMatière organiqueMatière particulaireDicentrarchus labraxBarSystème de recirculationAquacultureThe particulate matter plays an essential role in the functioning of recirculating aquaculture systems (RAS). Rich in organic substances, it provides ideal conditions for the bacterial development, which contribute to its mineralization. The understanding of interactions between the bio-geochemical cycles of carbon and nitrogen in these processes is necessary to define an effective and adapted management of aquaculture facilities.
A methodology using natural stable isotopes (13C and 15N) and elemental carbon and nitrogen analysis on particulate matter, allows to identify its sources and to quantify its fluxes. Applying this methodology, we found an enrichment of 13C in dorsal muscle of reared fish and non differences of 13C in fish liver compared to the feed. The 13C in particulate matter was preserved by recycling and by mechanical fractionation throughout the RAS. On the other hand, 15N shifts shown the biochemical transformations on particulate matter in the RAS.
Particulate matter constitutes a complex mixture of detrital (feed traces and feces) and living materials (bacterial aggregates). The isotopic shifts indicate that contributions of the three sources depends on: 1) fish metabolism, 2) water treatment devices and 3) bacterial activity. These factors and the water flow rate, determine the distribution of particulate matter in the recirculating system. Feed additives to increase the quantity of evacuated feces and diatomaceous earth filtration significantly diminished the availability of particulate carbon, but did not appreciably affect the biofilter performance.
A model, which describe the production and elimination of particulate matter was built considering its transformations through the recirculating system and the efficiency of the evacuation devices. After its calibration and validation, this model will be a tool for evaluation and prediction of particulate matter dynamics in recirculating aquaculture systems.
La matière particulaire joue un rôle essentiel dans le fonctionnement des systèmes aquacoles en recirculation. Riche en substances organiques, elle présente des conditions idéales pour un développement bactérien qui contribue à sa minéralisation. La compréhension de l'étroite interaction entre les cycles bio-géochimiques du carbone et de l'azote qui interviennent dans ces processus est déterminante pour définir des règles de gestion adaptées aux installations aquacoles.
Une méthode utilisant la mesure des isotopes stables naturels (13C et 15N) et l'analyse du carbone et de l'azote élémentaires qui composent la matière particulaire permet de caractériser son origine et de quantifier ses flux. Son application a montré que le muscle dorsal des poissons élevés est enrichi en 13C par rapport à l'aliment, alors que leur foie présente la même signature isotopique que l'aliment. Le 13C de la matière particulaire est conservé lors du recyclage et de la fragmentation mécanique, par contre les variations en 15N indiquent des transformations biochimiques sur ces particules.
La matière particulaire est constituée d'un mélange de matière détritique (restes d'aliment et féces) et de matière vivante (agrégats bactériens). Les changements isotopiques indiquent que la contribution des trois sources dépend: 1) du métabolisme des poissons, 2) des dispositifs de traitement de l'eau et 3) de l'activité bactérienne. Ces facteurs, combinés au régime hydraulique, déterminent la distribution des particules dans le circuit. L'utilisation d'aditifs pour augmenter la collecte des féces et la filtration sur diatomée ont diminué significativement le carbone organique particulaire disponible dans le circuit, sans affecter notablement l'efficacité de la filtration biologique.
Ces informations ont permis la formulation d'un modèle de production et d'élimination de la matière particulaire, qui prend en compte les transformations biologiques et l'efficacité des dispositifs de traitement composant le système de recirculation. Une fois calibré et validé, ce modèle constituera un outil d'évaluation et de prédiction du fonctionnement d'élevages aquacoles en système recyclé.Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes (ENSAR)2003-10-20textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2003/these-322.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/322/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3232010-04-01GROUP:MANIOCLANGUE:FRLe comportement agrégatif des dorades coryphènes (Coryphaena hippurus) autour des objets flottantsTaquet, MarcEcosystem indicatorAcoustic taggingFeeding habitsFish aggregative behaviourCoryphaena hippurusFADFish Aggregating DevicesFishery scienceIndicateur écosystémiqueMarquage acoustiqueComportement trophiqueComportement agrégatifCoryphaena hippurusDCPDispositifs de Concentration de PoissonsHalieutiqueThe aggregative behaviour of the dolphinfish (Coryphaena hippurus) is studied in order to improve our knowledge of the mechanism involved in the association of this species with the floating objects and to evaluate its potential impact in term of exploitation, targeted or not. This PhD thesis is composed of four chapters. Through an extensive analyze of the literature, the first chapter takes stock of the present knowledge on the FADs, on the aggregative behaviour of pelagic fish and on the dolphinfish. The second chapter deals specifically with the aggregative behaviour of the dolphinfish by the way of acoustic tagging of fish carry out during offshore campaigns around drifting FADs. The feeding habits of the dolphinfish around FADs are the main purpose of the third chapter. It is studied by the way of two complementary methods : stomach contains analysis of dolphinfish aggregated around several types of floating objects and underwater inventory of the marine fauna under these floating objects. Finally, the fourth and last chapter sums all the results and suggests a theory to explain the aggregative behaviour of the dolphinfish. We also try to estimate the possible consequences of this behaviour on the abundance and on the distribution of this species on a larger scale.Le comportement agrégatif de la dorade coryphène (Coryphaena hippurus) est étudié dans le but de mieux comprendre le déterminisme de l'association de cette espèce avec les objets flottants et d'en évaluer les impacts potentiels en terme de sensibilité à l'exploitation halieutique, qu'elle soit ciblée ou non. Ce mémoire de thèse est organisé en quatre chapitres. A travers une analyse approfondie de la bibliographie, le premier chapitre présente un bilan des connaissances actuelles sur les DCP, l'agrégation des poissons pélagiques et la dorade coryphène. Le second chapitre traite plus spécifiquement du comportement agrégatif de la dorade coryphène. Il a été abordé à l'aide de marquages électroniques réalisés au cours de campagnes hauturières autour de DCP dérivants. Le comportement trophique de la dorade coryphène fait l'objet du troisième chapitre. Il est abordé par l'utilisation conjointe de deux méthodes d'investigation : l'analyse des contenus stomacaux de dorades coryphènes agrégées sous divers types d'objets flottants et la réalisation d'inventaires faunistiques sous-marins autour de ces objets flottants. Enfin, le quatrième et dernier chapitre synthétise l'ensemble des résultats obtenus, propose une théorie du comportement agrégatif de la dorade coryphène et tente d'évaluer les conséquences possibles de ce comportement sur la distribution et l'abondance de l'espèce à grande échelle.Université Paris 62004-12-17textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/these-323.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/323/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3242010-04-01LANGUE:FRInfluence nutritionnelle de la vitamine A et de la nature des lipides sur la morphogenèse de la larve de bar (Dicentrarchus labrax): implicaton de la voie des rétinoïdesVilleneuve, LaureMalformationsGenes of developmentPUFAVitamin ASea bass Dicentrarchus labraxLarvaeMalformationsGènes du développementAGPIVitamine ABar Dicentrarchus labraxLarvesThe aim of this study was to determine the nutritional effects of vitamin A and PUFA (including EPA and DHA) on sea bass larvae development. An excess of vitamin A in the diet led to malformations affecting the cephalic region linked to an increase of RARgama transcription and the loss of a vertebra when larvae were fed this diet from 8 days post hatch (dph) to 13 dph. A diet containing an excess of PUFA disrupted the development of larvae vertebral column, deformities were correlated to a decrease of RARalpha, RARgama, RXRalpha and BMP4 transcription and an additional vertebra appeared when larvae were fed this diet from 8 dph to 13 dph. A diet containing 31 mg/kg of dry matter of vitamin A and between 1.1 and 2.3% of EPA + DHA allows larvae to develop harmoniously. The period 8-13 dph is crucial for the development as sea bass larvae are very sensible to the level and the nature of nutrients during this interval of time.Le but de ce travail était de tester l'effet nutritionnel de la vitamine A et des AGPI (dont l'EPA et le DHA) sur le développement des larves de bar. Un excès de vitamine A dans l'aliment provoquait des malformations au niveau de la tête reliées à une hausse de la transcription de RARgama et la perte d'une vertèbre lorsque les larves étaient nourries avec cet aliment de J8 à J13. Un aliment contenant un excès d'AGPI perturbait le développement de la colonne vertébrale des bars, les malformations étaient corrélées à une chute de l'expression de RARalpha, RARgama, RXRalpha et BMP4 et une vertèbre surnuméraire apparaissait sur les larves nourries de J8 à J13 avec cet aliment. Un aliment contenant 31 mg/kg de matière sèche de vitamine A et entre 1.1 et 2.3% d'EPA + DHA permet un développement harmonieux des larves. Il apparaît que la période J8-J13 est cruciale pour le développement, période pendant laquelle les larves sont très sensibles à la nature et à la teneur des nutriments.Université de Rennes 12005-02-09textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/these-324.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/324/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3252010-04-01LANGUE:FRModèles autorégressifs à changements de régimes markoviens. Applications aux séries tempo-relles de ventAilliot, PierreSpace time modelWind time seriesAsymptotic propertiesMaximum likelihood estimatorStabilityMarkov Switching autoregressive modelModèle spatio temporelSéries temporelles de ventPropriétés asymptotiquesEstimateurs du maximum de vraisemblanceStabilitéModèles autorégressifs à changements de régimes markoviensIn this thesis, several original Markov switching autoregressive model are proposed for wind time series. The first chapter is devoted to a theoretical study of these models. We focus mainly on the problems of the numerical calculation of the maximum likelihood estimators, of the asymp-totic behavior of these estimators and finally of model selection and validation. In the second chapter, we propose various Markov switching autoregressive model to describe the evolution of the wind in a fixed point, and then in the third chapter its space-time evolution. For each suggested model, we check the physical interpretability of the various parameters, and their capacity to simulate realistic artificial sequences. The obtained results are compared to those corresponding to the models which are usually used in the literature.Dans cette thèse, plusieurs modèles originaux, utilisant les modèles autorégressifs à change-ments de régimes markoviens, sont proposés pour les séries temporelles de vent. L'étude théorique de ces modèles fait l'objet du premier chapitre. Nous abordons en particulier les problèmes du calcul numérique des estimateurs du maximum de vraisemblance, de l'étude de leurs comportements asymptotiques ainsi que celui de la validation de modèle. Dans le deuxième chapitre, nous proposons divers modèles autorégressifs à changements de régimes markoviens permettant de décrire l'évolution du vent en un point fixé, puis dans le troisième chapitre son évolution spatio-temporelle. Pour chacun des modèles proposés, nous vérifions l'interprétabilité météorologique des différents paramètres et leur capacité à simuler des nouvelles séquences artificielles réalistes. Ces résultats sont comparés avec ceux corre-spondant aux modèles usuellement utilisés dans la littérature.Université de Rennes 12004-11-15textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/these-325.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/325/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3262010-04-01GROUP:ZABRILANGUE:FRImpact de facteurs environnementaux sur l'aneuploïdie chez l'huître creuse, Crassostrea gigas, dans le bassin de Marennes-OléronBouilly, KarineMarennes Oléron BayCadmiumAtrazineEnvironmental factorsAneuploidyCrassostrea gigasBassin de Marennes OléronCadmiumAtrazineFacteurs environnementauxAneuploïdieCrassostrea gigasThe impact of environmental factors on aneuploidy level in the oyster Crassostrea gigas was studied with experiments in controlled conditions which exposed adult and juvenile oysters to different pollutants (atrazine, a herbicide, and cadmium, a heavy metal) frequently found in Marennes-Oléron Bay. A positive correlation between atrazine concentration and aneuploidy in C. gigas was observed. Moreover, the impact of atrazine on aneuploidy level persisted in time both within and between generations, demonstrating the influence of an environmental pollution on this phenomenon. On the other hand, the aneuploidy level of C. gigas was not influenced at the cadmium concentrations tested. Significant differences in aneuploidy levels were observed in oysters originating from the same families on different sites, and in wild oysters collected over time, suggesting that both site and season affect aneuploidy.Afin d'étudier l'impact de facteurs environnementaux sur le taux d'aneuploïdie chez l'huître Crassostrea gigas, des expériences en milieu contrôlé ont tout d'abord été réalisées en exposant des huîtres adultes et juvéniles à divers polluants (l'atrazine, un herbicide et le cadmium, un métal lourd) fortement retrouvés dans le bassin de Marennes-Oléron. Une corrélation positive entre la présence d'atrazine et le taux d'aneuploïdie de C. gigas a été observée. De plus, l'impact de l'atrazine sur le taux d'aneuploïdie a persisté à la génération suivante et dans le temps, démontrant l'influence d'une pollution environnementale sur ce phénomène. Par contre, le taux d'aneuploïdie de C. gigas n'a pas été influencé par le cadmium, aux doses testées. Des différences significatives de taux d'aneuploïdie ont été observées chez des huîtres issues des mêmes familles sur des sites différents et chez des huîtres du milieu au cours du temps suggérant un effet site et un effet saison de l'aneuploïdie. Université de La Rochelle2004-12-10textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/these-326.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/326/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3272010-04-01LANGUE:FRDevenir des virus entériques humains en milieu marin : Apport des VLPs (Virus Like Particles) pour la purification des coquillagesLoisy, FabienneSpecific bindingPersistenceShellfishReal time RT PCRVLPsRotavirusNorovirusfixation spécifiquePersistanceCoquillageRT PCR en temps réelVLPsRotavirusThis work was developed following two research axes: the improvement of norovirus (human and animal strain) and rotavirus detection, and the evaluation of VLPs as a viral substitute for studying their comportment in marine environment. The main point concerning the method optimisation was the development of real-time RT-PCR for norovirus detection. The second part of the work has demonstrated the potential of norovirus and rotavirus VLPs as a viral surrogate as proven by the study of their stability in seawater. As VLPs are non-pathogen particles, the long persistence of rotavirus VLPs in shellfish has been shown in natural conditions (oysters on marine estuaries). The studies of Norwalk virus VLPs attachment to oyster tissues have demonstrated a specific binding to some tissues.
Cette thèse s'est développée selon deux axes de recherche: l'amélioration de la détection des norovirus (humains et animaux) et des rotavirus, et l'évaluation du potentiel des VLPs comme substitut viral pour l'étude de leur devenir en milieu marin. Le point majeur concernant l'optimisation de la détection est la mise au point de la détection des norovirus par RT-PCR en temps réel. La seconde partie du travail a permis de mettre en évidence le potentiel des VLPs de RV et de NV à se substituer aux virus natifs, prouvé par une étude de stabilité des particules en eau de mer naturelle. Grâce à leur caractère non pathogène, la longue persistance des VLPs RV dans les coquillages a été démontrée en conditions naturelles (huîtres sur estran). Les études de fixation des VLPs NV sur les tissus d'huîtres ont montré une fixation spécifique sur divers tissus.
Université Paris XI2004-11-05textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/these-327.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/327/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3282010-04-01LANGUE:FRInfection expérimentale chez Crassostrea gigas : étude de deux souches pathogènes apparentées à Vibrio splendidusGay, MelanieCollaboration between strainsInhibitory strainsExperimental infectionsVibrio splendidusCrassostrea gigasPacific oysterMollusc diseasesCollaboration entre souchesSouches inhibitricesInfections expérimentalesVibrio splendidusCrassostrea gigasHuître creusePathologie des mollusquesInfectious diseases are a limiting factor to the development and sustainability of aquaculture. For mollusc cultures, only prophylactic measures may be applied, their development usually facilitated by the reproduction of the disease under experimental conditions. To develop an experimental infection in Crassostrea gigas, Vibrio strains were isolated and their virulence was experimentally evaluated. Collaboration phenomena between some strains were observed in infection trial, leading to higher mortality rate when two strains are concomitantly inoculated. Two pathogenic strains, belonging to the polyphyletic group of Vibrio splendidus and named 31 and 32 illustrate this phenomenon. They induce extensive alterations of the adductor muscle in C. gigas. The issue of infection trials with these strains is influenced by intrinsic C. gigas factors. Eventually, strain 32 was used as target strain to select inhibitory strain, potentially usable as a probiotic. Les maladies infectieuses sont un frein au développement et à la pérennité des élevages aquacoles. Le développement de moyens de lutte est facilité par la reproduction de la maladie en structure expérimentale. Afin de développer une infection expérimentale chez Crassostrea gigas, des souches de Vibrio ont été isolées et leur virulence a été évaluée expérimentalement. Des phénomènes de collaboration entre certaines souches sont observés en infection expérimentale, se traduisant par un taux de mortalité supérieur lorsque deux souches sont inoculées ensemble. Deux souches pathogènes, appartenant au groupe polyphylétique de Vibrio splendidus et nommées 31 et 32 illustrent ce phénomène. Elles induisent des altérations du muscle adducteur de C. gigas. L'issue de l'infection expérimentale est influencée par des facteurs intrinsèques à C. gigas. Enfin, la souche 32 a été utilisée pour sélectionner une souche inhibitrice de sa croissance, potentiellement utilisable en tant que probiotique.Université de La Rochelle2004-12-10textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/these-328.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/328/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3292010-04-01GROUP:ZABRILANGUE:ENDevelopment of process indicators for coastal zone management assessment in FranceHenocque, YvesIntegrated managementProcess indicatorsPlanning toolsLocal levelIn order to assess local experiences of coastal management in France and their use of existing planning instruments, five case studies (Iroise Sea, Bay of Brest, Charentais Sounds, Morbihan Gulf, Bay of Arcachon) were selected along the French Atlantic coast for their geographic representativity, the issues at stake, and the coastal planning instruments under use. After a short description of their main characteristics, it is shown how a common grid of analysis has been settled and applied to the five case studies, with a focus on the definition and valuation of meaningful integrated coastal management (ICM) process indicators. The results lead to a clear identification of the strengths and weaknesses of available planning tools and their necessary adaptation to future ICM strategies at the local and national levels, in the framework of the recent European recommendation on ICZM. From the active application of such indicators, it is proposed to develop a "Good Practice Guide" which would be beneficial to ICM initiatives on the French coast and elsewhere. Elsevier2003-02textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2003/publication-329.pdfDOI:10.1016/S0964-5691(03)00013-9https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/329/Ocean & Coastal Management (Elsevier), 2003-02 , Vol. 46 , N. 3-4 , P. 363-379eng2003 Elsevier Science Ltd. All rights reservedinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3302019-09-17LANGUE:ENRotavirus VLP2/6: a new tool for tracking rotavirus in the marine environmentLoisy, FabienneAtmar, Robert L.Cohen, JeanBosch, AlbertLe Guyader, SoizickStabilityTracerSeawaterVirus like particlesRotavirusThe potential of rotavirus 2/6-virus-like-particles (VLP2/6) for use as tracers in the marine environment was investigated. The stability of bovine rotavirus (strain RF) and VLP2/6 in natural seawater at 25degreesC for six days was studied. ELISA and western blot methods were used to quantify the particles. The rates of decline of rotavirus particles and VLP2/6 were similar (approximately 0.5 log 10 per day). Western blot analysis showed that the integrity of capsid proteins VP2 and VP6 was conserved during the incubation time. These results demonstrate that VLP2/6 particles have the same stability in seawater as rotavirus particles. Thus, VLP2/6 can be used as a tracer, which should be of particular value for studying the fate of rotavirus particles in the marine environment.Elsevier2004-09textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-330.pdfDOI:10.1016/j.resmic.2004.04.002https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/330/Research in Microbiology (0923-2508) (Elsevier), 2004-09 , Vol. 155 , N. 7 , P. 575-578eng2004 Elsevier SASinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3312010-04-01LANGUE:FRUn modèle géométrique et stratigraphique des séquences de dépôts quaternaires sur la marge du golfe du lion : enregistrement des cycles climatiques de 100 000 ansRabineau, MarinaStratigraphic modellingCoresHigh resolution seismic dataGlacioeustatismClimatic cyclesSequencesGulf of LionWestern MediterraneanSimulation stratigraphiqueCarottesSismique haute résolutionStratigraphie SéquentielleGlacioeustatismeCycles climatiquesSéquences sédimentairesMéditerranée occidentaleGolfe du LionThe up to 70 km wide continental shelf of the Golfe du Lion has been the object of numerous investigationss since the early days of Oceanography. Yet several key questions have remained unanswered and are still controversial. Among these questions are: What are the relationships between sedimentary sequences, Quaternary glacioeustatic cycles and tectonics? What is the sequence duration? What are the mechanisms of deposition?
A study of the Very High Resolution (VHR) seismic reflection (Sparker) data collected by Ifremer between 1992 and 1998 on the outer shelf and upper slope offshore of Sète in the Languedoc region gives a new insight into these issues. The surveyed area covers 40 x 40 km with a line spacing of 400-1000 m. Useful depth of penetration is 150-250ms twtt (100-200m). Information on recent sediments is provided by a dozen short (up to 10m) cores collected in the same area.
The approach used throughout the study involved a constant confrontation of modelling and field data. In co-operation with different laboratories and institutions several softwares were used and/or adapted (Sithere-Ifremer; Isatis-Géovariances and Dionisos-Ifp...) for 3D numerical cartography of successive seismic units and interfaces and for stratigraphic simulation of the sequences.
Analysis of the 3D geometry reveals a basic depositional pattern consisting of a pair of horizontally juxtaposed prisms. Prism PI with low angle clinoforms (<1°) lies on the upper part of the shelf and corresponds to prodeltaïc-offshore deposits. Prism PII with steeply dipping clinoforms (~4°) lies on the outer shelf between 40 and 70 km from the present day coastline and corrresponds to littoral deposits.
Results obtained from the seismic and core data and from numerical modelling in an inter-disciplinary and collaborative context (Seismic Stratigraphy, Stratigraphic Simulation, lithology, palynology, micropaleontology...) indicate that the basic depositional pattern records a 100 000 years glacioeustatic (interglacial/glacial) cycle. As previously suggested by Aloïsi [1986], the prism PI corresponds to deposition at «high to middle» sea level and prism PII to deposition during low sea level at the glacial maximum. A total of five sequences of paired prisms are recognised, showing that the corresponding glacioeustatic cycles (the last five cycles) are recorded in the shelf sediments of the western part of the Golfe du Lion. The age of the base of the series analysed is taken to be 540 000 years (isotopic stage 12). A shorter sequence duration would imply unacceptably rapid subsidence rates. The shorter duration cycles (40 000 y, 20 000 y or less) are not clearly identifiable in the geometry of the deposits; this calls into question to what extent such short climatic cycles are recorded in the sediment geometries of passive margins of the Golfe du Lion type with similar subsidence and sedimentation rates.
On the other hand, hydrodynamic regim variations have an impact on the 3D sediments geometries. The activity of submarine canyons (infilling, transport, erosion), the importance of currents have been variable in space and time. The Languedoc canyons (Aude and Hérault), quiescent at present, were very active during glacial times; their activity is different from one canyon head to another.
The stratigraphic simulation of exceptionally well preserved and well defined sets of prisms in the study area gives geological meaning to the «simple» transformation of isotopic curves to eustatic curves and their global significance.
This study also provides the first estimate of the average total subsidence rate of the shelf in the western part of the Golfe du Lion during the upper Quaternary. The subsidence reflects a seaward tilting of the shelf and reaches a maximum rate of 250 m/Ma at the shelf break (70 km from the present day coastline). The coherence of this quantitative model is confirmed by independent calculation of the same average rate of subsidence for the entire Plioquaternary (240-260 m/Ma) based on evidence of deeper penetration seismic profiles acquired by Elf Aquitaine in 1996. This suggest that subsidence rate has been constant during the Plioquaternary. The subsidence does not create any individual sequence but the rate controls sequences accumulation.
Le Golfe du Lion a fait l'objet de nombreuses explorations depuis les débuts de l'Océanographie. Pourtant, plusieurs questions clefs n'ont pas été résolues et sont toujours l'objet de controverses. Quels sont les mécanismes de dépôts ? Quelle est la durée des séquences enregistrées ? Quelle est la relation entre les séquences sédimentaires, les cycles glacioeustatiques quaternaires et la tectonique ?
La zone d'étude d'environ 40 x 40 km est située à la charnière de la plate-forme externe et du haut de pente, dans la partie occidentale du Golfe, au large du Languedoc, où la plate-forme atteint 70 km de large. La base de données est constituée 1) d'un levé sismique Très Haute Résolution (Sparker) dense (espacement de 400 à 1000 m) et 2) d'une dizaine de carottages atteignant 10 m de longueur. L'approche retenue comprend un volet analytique des données géologiques (interprétation des profils sismiques et des carottes par Stratigraphie Sismique et Séquentielle) et un volet de modélisation géométrique et stratigraphique permettant de caractériser, de quantifier et de simuler les séquences sédimentaires reconnues. Cette double approche analytique et modélisatrice, menée de façon concomitante, permet des allers-retours entre la donnée d'origine, le modèle géologique, la valeur des paramètres et les simulations stratigraphiques qui testent plusieurs scenarii géologiques.
L'analyse des géométries 3D permet de dégager un motif élémentaire de dépôt constitué par un couple de prismes PI (à clinoformes faiblement pentus <1° déposés en amont de la plate-forme) et PII (à clinoformes fortement pentus d'environ 4 ° déposés en aval de la plate-forme). Ce motif de dépôt, fondamentalement horizontal, est récurrent et sert à la hiérarchisation des unités sismiques en grandes séquences de dépôt. Il correspond à l'enregistrement d'un cycle glacioeustatique de 100 000 ans (interglaciaire-glaciaire) : le prisme PI correspond aux dépôts prodeltaïques de « haut à moyen niveau marin » ; le prisme PII, aux dépôts littoraux de plus bas niveau du maximum glaciaire du cycle. Cette interprétation rejoint celle proposée par Aloïsi en 1986. Au total, cinq séquences correspondant aux cinq derniers cycles glacio-eustatiques sont donc enregistrées sur la plate-forme occidentale du Golfe du Lion. La base des séries étudiées remonte à 540 000 ans (stade isotopique 12). Les cycles très courts (20 000 ans ou moins) ne sont pas clairement exprimés dans les géométries de dépôt. Les conditions hydrodynamiques exercent un contrôle sur les géométries des séquences de dépôts qui peut brouiller ou effacer l'empreinte des cycles climatiques dans les séquences sédimentaires. Les canyons de l'Aude et de l'Hérault sont globalement inactifs pendant les hauts niveaux marins. Pendant les bas niveaux, leur fonctionnement est variable (transport, érosion et dépôt).
Les simulations stratigraphiques et la restitution des couples de prismes observés et exceptionnellement bien préservés dans cette zone du Golfe du Lion donnent une signification géologique et valident la transformation « simple » des courbes isotopiques O18/O16 en courbes eustatiques. Cette étude donne aussi la première quantification du taux de subsidence moyenne (totale) de la plate-forme du Golfe du Lion pendant le Pléistocène supérieur à moyen (540 ka). La subsidence prend la forme d'un basculement vers le large qui atteint 250 m/Ma à 70 km de la côte actuelle (en bordure de plate-forme). On a calculé, à partir des géométries visibles sur les profils sismiques pétroliers, un taux de subsidence identique sur l'ensemble du Plioquaternaire ; le taux de subsidence est donc constant depuis 5,3 Ma, il ne crée pas de séquence mais permet la préservation, l'empilement et la reconnaissance des séquences glacioeustatiques successives.
Université de Rennes12001-03-30textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2001/these-331.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2001/sup-331.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/331/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3322010-04-01LANGUE:FRApproches culturales et moléculaires des assemblages microbiens associés aux polychètes hydrothermaux de la famille AlvinellidaeAlain, KarineParalvinellaAlvinella16S rRNAThermophileHydrothermal ventParalvinellaAlvinellaARNr 16SThermophileSource hydrothermaleCultural and molecular approaches were used to analyse the microbial assemblages associated to the deep-sea hydrothermal vent polychaete worms of the family Alvinellidae. In a first part of the work, the populations associated to three alvinellid species from the Juan de Fuca Ridge (Paralvinella palmiformis, Paralvinella pandorae and Paralvinella sulfincola) were identified by phylogenetic analyses. A wide microbial diversity was detected, like a great number of new sequences or of sequences belonging to species previously unidentified at deep-sea hydrothermal vents. All the libraries were found to be dominated by sequences affiliated to the epsilon-Proteobacteria.
In other respects, fermentative micro-organisms belonging to the Thermococcales, the Thermotogales, the CFB and the Firmicutes were isolated. Autotrophic bacteria reducing sulphur and/or nitrates and belonging to the epsilon-Proteobacteria or to the genus Desulfurobacterium were isolated. Three micro-organisms have been characterised : Caminicella sporogenes, Desulfurobacterium crinifex and Caminibacter hydrogeniphilus.
In a last part of the work, ultrastructural and chemical analyses of the atypical macrofilaments formed in culture by Desulfurobacterium crinifex were performed. Finally, in situ colonisation experiments of new surfaces were performed in alvinellid habitat. The microbial cohort preceding the Alvinella spp. settlement and the populations associated to these polychaetes were analysed using cultural and phylogenetic approaches. Thermal and chemical conditions were monitored during the colonisation process. Based on our results, it would seem that the formation of a microbial mat would be necessary to the alvinellid settlement.
Une étude des assemblages microbiens associés aux polychètes hydrothermaux Alvinellidae a été réalisée en combinant des approches culturales et moléculaires. Une première étape du travail, basée sur des techniques de phylogénie moléculaire, a permis d'identifier les populations microbiennes associées à trois espèces d'alvinelles (Paralvinella palmiformis, Paralvinella pandorae et Paralvinella sulfincola) de la dorsale Juan de Fuca. Une diversité microbienne très importante a été détectée, ainsi qu'un très grand nombre de séquences nouvelles ou appartenant à des groupes taxinomiques jamais mis en évidence dans les écosystèmes hydrothermaux profonds (Alain et al., 2002a; Pagé et al., soumis). Dans tous les cas, les banques de clones étaient largement dominées par des séquences affiliées aux epsilon-Proteobacteria. Les différentes études réalisées améliorent significativement notre connaissance de la composition des populations microbiennes présentes sur les édifices hydrothermaux actifs. Parmi les micro-organismes identifiés par leur séquence d'ADNr 16S, certains pourraient contribuer à la détoxication de l'environnement, à la production primaire ou participer à la dégradation de la matière organique.
Les techniques culturales d'enrichissement-isolement ont également permis d'améliorer nos connaissances de la microflore du micro-environnement de ces polychètes, et d'une manière plus générale des sources hydrothermales océaniques profondes. Des micro-organismes fermentaires appartenant aux Thermococcales, aux Thermotogales, aux CFB et aux Firmicutes, ont ainsi été isolés. Des bactéries autotrophes réduisant le soufre et/ou les nitrates et appartenant aux epsilon-Proteobacteria ou au genre Desulfurobacterium ont également été isolées. Trois micro-organismes phylogénétiquement intéressants ont fait l'objet d'une caractérisation.
- Le premier d'entre eux, Caminicella sporogenes est une bactérie thermophile fermentant des protéines et des glucides et représentant un nouveau genre du phylum des Firmicutes (Alain et al., 2002b).
- Un second isolat, Desulfurobacterium crinifex, est une bactérie thermophile chimiolithoautotrophe productrice de polymère respirant le soufre ou les nitrates et oxydant l'hydrogène (Alain et al., 2003).
- Enfin, Caminibacter hydrogeniphilus, la troisième souche, est une bactérie thermophile chimiolithoautotrophe utilisant le dioxyde le dioxyde de carbone comme source de carbone, l'hydrogène comme donneur d'électrons et les nitrates ou le soufre élémentaire comme accepteurs terminaux d'électrons (Alain et al., 2002c). Cette souche est, en outre, la première epsilon-Proteobacteria isolée des sources hydrothermales océaniques profondes. Elle ouvre des perspectives nouvelles sur l'étude de la contribution des epsilon-Proteobacteria, majoritaires dans ce type d'habitat, au fonctionnement des écosystèmes hydrothermaux.
Les derniers travaux effectués témoignent de l'évolution du sujet vers une approche d'écologie microbienne. Ils ont tenté de considérer la microbiologie dans un contexte complexe influencé par des phénomènes biologiques, géochimiques et minéralogiques. Des études ultrastructurales et chimiques de macrofilaments extrêmement atypiques formés en culture par Desulfurobacterium crinifex ont été réalisées. Ceux-ci pourraient être le reflet d'une stratégie développée par la souche au cours de son évolution pour s'adapter à l'environnement hydrothermal changeant. Enfin, des expérimentations in situ de colonisation de supports vierges ont été menées de manière intégrée (Alain et al., 2004). Les cortèges microbiens précédant l'installation des alvinelles et ceux associés à ces polychètes ont été analysés par des méthodes moléculaires et culturales. Les conditions thermiques et chimiques ont été enregistrées tout au long de la colonisation par les micro-organismes et les animaux. Au vu des résultats, il semblerait que la formation d'un tapis microbien soit un préalable nécessaire à la colonisation par les alvinelles.Université de Bretagne Occidentale2003-10-03textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/these-332.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/332/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3332010-04-01LANGUE:FRRapport d'activités 2003 de la station Ifremer de la TrembladeStockMortalityGrowthHydrologyMussel cultureStockMortalitéCroissance OrganismeHydrologieConchylicultureShellfish research laboratory in Pertuis Charentais (France) present the main results concerning its activity during the year 2003. Water quality monitoring, growth, mortality and condition indices are performed on oysters ansd mussels all along the year. Shellfich stock assessment and its spatial distribution, summer mortalities events are the main research topics developpedLe laboratoire conchylicole des pertuis charentais présente dans son rapport annuel 2003 les principaux résultats de ses recherches. L'aide au développement de la conchyliculture se caractérise par des réseaux de suivis hydrologiques et de la ressources aquacoles en particulier la croissance , la mortalité l'indice de condition des huîtres et moules. L'estimation des stocks, l'analyse de leur répartition spatiale et l'étude des mortalités estivales sont les principaux sujets de recherche développés2003textActivity Reportinfo:eu-repo/semantics/reportapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2003/rapport-333.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/333/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3342010-04-01GROUP:MANIOCLANGUE:ENCoupling physical and biogeochemical processes in the Rio de la Plata plumeHuret, MartinDadou, IsabelleDumas, FranckLazure, PascalGarcon, VéroniqueRio de la PlataSeaWiFSPrimary productionChlorophyllRiver plumesBiogeochemical modellingPhysicalA coupled three-dimensional physical-biogeochemical model was developed in order to simulate the ecological functioning of the Rio de la Plata estuary and plume. The biogeochemical model reproduces the nitrogen cycle between five compartments: dissolved inorganic nitrogen, phytoplankton, zooplankton, detritus and dissolved organic nitrogen. The coupling is tested in seasonal climatological configurations and for the particular year 1999. The circulation is forced with Parana and Uruguay rivers discharges, NCEP wind and tide. The biogeochemical model includes loads of inorganic and organic nitrogen from both rivers. The model reproduces the correct tidal amplitudes in the estuary, as well as the most outstanding features of the observed horizontal and vertical structures of the salinity plume. Simulated surface chlorophyll a concentrations exhibit maximum values all year long seaward of the turbidity front, between the 0.5 and 15 isohalines, in agreement with SeaWiFS images of the area. The model simulates well the low primary production in the light-limited highly turbid tidal river (20 gC/m(2)/yr), the high production area in the frontal zone where it can reach 500 gC/m(2)/yr, and the nutrient-limited production in the outer estuary and inner shelf (300 gC/m(2)/yr), with realistic values in each case. According to the 1999 model simulation, the tidal river is the location of organic nitrogen remineralization with a consequent increase of the inorganic pool. At the entrance of the frontal zone, inorganic nitrogen represents about 75% of the whole nitrogen pool, it is reduced to 50% at its sea end-member. The outer estuary has the same sink role for inorganic nitrogen, suggesting that organic nitrogen is the major form exported to the shelf.Elsevier2005-03textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/publication-334.pdfDOI:10.1016/j.csr.2004.10.003https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/334/Continental Shelf Research (0278-4343) (Elsevier), 2005-03 , Vol. 25 , N. 5-6 , P. 629-653eng2004 Elsevier Ltd.info:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3352010-04-01LANGUE:ENAre commercial logbook and scientific CPUE data useful for characterizing the spatial and seasonal distribution of exploited populations? The case of the Celtic Sea whitingVerdoit, MarionPelletier, DominiqueBellail, RobertContiguity analysisCluster analysisFactorial analysisAtlantic OceanWhitingSurvey dataCommercial catch and effort dataStock assessmentBottom trawl survey designA statistical approach is proposed to utilize the information contained both in scientific surveys and commercial fishing logbooks, in order to determine spatial and temporal distributions of recruiting and spawning fish of exploited populations. The approach is based on multivariate descriptive methods including ordination methods and classification techniques. A typology involving a principal component analysis (PCA), followed by a hierarchical ascending classification (HAC), is applied to both scientific and commercial data. PCA that accounts for spatial and temporal contiguities were performed. These analyses allow to compare structures observed at global and local scales, with those observed without focusing on a particular scale. The method is applied to the whiting population in the Celtic Sea. The analyses performed on both scientific and commercial CPUE show that most age groups are found north of 50°N. The analysis of commercial CPUE indicates four periods in the year associated with particular areas. High abundances of adults (age >2 years) are observed during spawning season (January¿April) in inshore areas (south of Ireland and off Cornwall). Intermediate abundances of adults are observed in the same area in May and June. Between July and September, all age groups are observed in the Smalls area, where particularly high abundance of recruiting group 1 are found. During the last quarter, the distribution of adults is more widespread, mainly ranging between 51°N and 52°NUne approche statistique est proposée pour utiliser les informations issues à la fois des campagnes scientifiques et des carnets de bord de la pêche commerciale, afin de déterminer les distributions spatiales et saisonnières du recrutement et du stock reproducteur de populations exploitées. L'approche est basée sur des méthodes descriptives multivariées qui incluent des méthodes d'ordination et des techniques de classification. On réalise une typologie qui implique une Analyse en Composantes Principales (ACP) suivie d'une Classification Hiérarchique Ascendante (HCA), à la fois sur les données scientifiques et sur les données commerciales. On a effectué des ACP qui prennent en compte la contiguïté spatiale et temporelle. Ces analyses permettent de comparer les structures observées à des échelles globales et locales, par rapport à celles observées, sans privilégier une échelle particulière. Cette approche est appliquée au merlan de la mer Celtique. L'analyse des CPUE scientifiques et commerciales montre que la plupart des groupes d'âge sont trouvés au nord de 50°N. Les analyses des CPUE commerciales indiquent 4 périodes dans l'année associées à des zones particulières. De fortes abondances d'adultes (âge > à 2 ans) sont observées durant la saison de reproduction (de janvier à avril) dans les zones côtières (au Sud de l'Irlande et en Cornouaille). Des abondances intermédiaires d'adultes sont observées dans la même zone en mai et juin. Entre juillet et septembre, tous les groupes d'âge sont observés dans la région des Smalls, où de très fortes abondances du groupe d'âge 1 nouvellement recruté sont observées. Durant le dernier trimestre, la distribution des adultes est plus dispersée, et se répartit surtout entre 51° N et 52° NElsevier2003-12textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/publication-335.pdfDOI:10.1016/j.aquliv.2003.07.002https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/335/Aquatic Living Resources (0990-7440) (Elsevier), 2003-12 , Vol. 16 , N. 6 , P. 467-485eng2003 Elsevier SAS and Ifremer/IRD/Inra/Cemagrefinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3372013-06-21LANGUE:FRApports des données de la 'couleur de l'eau' à la modélisation couplée physique-biogéochimie en milieu dynamique côtier : Application au Rio de la Plata et au Golfe de GascogneHuret, MartinParameter estimationData assimilationSuspended Particulate Matter (SPM)Chlorophyll aPhytoplankton bloomsPhysical biogeochemical coupled modelOcean colorSatellite dataCoastal areaBay of BiscayRio de la PlataEstimation de paramètresAssimilation de donnéesMatières En Suspension (MES)Chlorophylle aBlooms phytoplanctoniquesModèle couplé physique biogéochimieCouleur de l'eauDonnée satellitaleMilieu côtierGolfe de GascogneRio de la PlataContinental margins play a crucial role in biogeochemical fluxes between the continents and the open ocean. They are also highly sensitive to human perturbations. Primary production is highly dependent on the complex dynamics of these coastal zones, and on the river supply in nutrients, as well as in Suspended Particulate Matter (SPM) which limit light availability. The quantification of the production is a prerequisite in many applications, from the understanding of the role of the coastal ocean in climate change, to eutrophication and fisheries resources issues within the frame of the integrated management of the coastal zone.
Coupled physical-biogeochemical models are useful in studying and monitoring primary production. Because of the numerous complex processes and their non-linear interactions, and of some poorly known parameter values, some errors remain in the simulation of the phytoplankton production in coastal areas. Together with these models, satellite `ocean color' data is a major monitoring tool for marine ecosystems. Applying empirical algorithms to SeaWiFS data in coastal areas allows the retrieval of the concentration of chlorophyll a as well as of SPM.
This PhD. work shows the benefits of using `ocean color' data to constrain primary production models. Two study areas are investigated : the Rio de la Plata estuary and its continental margin in the Southwest Atlantic Ocean, and the Bay of Biscay in the Northeast Atlantic.
First, the analysis of chlorophyll a concentration data bases for both areas, and of SPM concentration for the Bay of Biscay, reveals major phytoplankton features and processes that should be taken into account in the model formulation. Then a simple five compartments model for the Rio de la Plata, and a more complex one for the Bay of Biscay, have been coupled to the hydrodynamic model MARS-3D of IFREMER. After a first validation step, in which major observed features are reproduced, the models constraint by ocean color data is investigated.
For the Bay of Biscay, surface forcing with satellite SPM concentrations improves the accuracy of light availability and then the simulation of late winter phytoplankton blooms. For both areas, we conducted optimisation experiments for some of the biological parameters. This parameter estimation was done on short spring periods with a global optimisation method, the Evolutive Strategies, applied to the three dimensional coupled model. The minimisation of a cost function describing the data/model misfit on surface chlorophyll a was then possible, leading to a better simulation of spring phytoplankton blooms in the plumes of the Bay of Biscay.
The use of `ocean color' data for assimilation in coupled physical-biogeochemical models is a major issue in optimizing the primary production estimation, in the frame of an operational monitoring of the coastal environnement.
Les marges continentales assurent un rôle primordial dans les échanges entre continents et océan hauturier. Elles sont également très sensibles aux modifications d'origine anthropique. La production primaire est dépendante de la dynamique complexe de ces zones côtières, ainsi que des apports continentaux en sels nutritifs et en Matières En Suspension (MES) agissant sur la disponibilité en lumière. La quantification de la production est un pré-requis dans de nombreuses applications, de la compréhension du rôle des océans dans le changement climatique, aux problèmes d'eutrophisation et de gestion de la ressource halieutique dans un cadre de gestion intégrée de la zone côtière.
Les modèles numériques couplant biogéochimie et dynamique côtière constituent un outil idéal de synthèse pour l'étude et la surveillance de la production primaire. Ils ne sont toutefois pas exempts de faiblesses dans la simulation des évènements phytoplanctoniques observés en région côtière. En parallèle à ces modèles, la donnée satellitale de la `couleur de l'eau' représente un outil d'observation majeur dans l'étude des écosystèmes marins. L'application d'algorithmes empiriques aux données du capteur SeaWiFS permet pour le milieu côtier de restituer la concentration en chlorophylle a mais aussi en MES.
L'intérêt est porté ici sur l'utilisation de la donnée satellitale de la `couleur de l'eau' pour contraindre les modèles de production phytoplanctonique. Pour cela deux zones côtières sont étudiées : l'estuaire du Río de la Plata avec sa marge continentale dans l'océan Atlantique Sud-Ouest, et le Golfe de Gascogne dans l'Atlantique Nord-Est.
L'analyse des bases de données de chlorophylle a pour les deux régions, et de MES pour le Golfe de Gascogne, permet de caractériser les zones du point de vue de leur dynamique écologique, et de définir les processus majeurs à prendre en compte dans nos modèles. Un modèle à cinq compartiments pour le Río de la Plata, un modèle un peu plus détaillé pour le Golfe de Gascogne, ont été couplés au modèle hydrodynamique MARS-3D d'IFREMER. Après une première phase de validation, dans laquelle les caractéristiques principales des deux écosystèmes sont reproduites, la contrainte des modèles par la donnée couleur de l'eau est étudiée plus en détail.
Pour le Golfe de Gascogne, la prise en compte de la donnée MES en forçage de surface augmente la précision de la disponibilité en lumière et par conséquent la simulation des blooms de fin d'hiver. Pour nos deux zones, des expériences d'optimisation de certains paramètres des modèles biologiques sont réalisées sur des courtes périodes printanières. Pour cela on utilise une méthode d'optimisation globale, les Stratégies Evolutives, que l'on applique au modèle tridimensionnel, afin de minimiser une fonction de coût décrivant l'erreur entre chlorophylle a de surface observée et simulée. Pour nos deux zones, cette erreur est réduite en jouant sur la valeur des paramètres, avec dans le cas du Golfe de Gascogne une nette amélioration de la simulation des blooms printaniers.
L'utilisation conjointe de la donnée `couleur de l'eau' et des modèles couplés physique-biogéochimie semble indispensable pour une optimisation de l'estimation de la production primaire, dans le cadre de systèmes de surveillance opérationnels de l'environnement côtier.
Paul Sabatier Toulouse2005-01-28textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/these-337.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/337/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3492018-11-13LANGUE:ENGeological constraints on the evolution of the Angolan margin based on reflection and refraction seismic data (ZaïAngo project)Moulin, MarylineAslanian, DanielOlivet, Jean-louisContrucci, IsabelleMatias, LuisGeli, LouisKlingelhoefer, FraukeNouze, HerveRehault, Jean PierreUnternehr, PatrickDeep seismic reflection and refractionSub salt imagingTransitional domainCrustal structureNon volcanic passive continental marginDeep penetration multichannel reflection and Ocean Bottom Seismometer wide-angle seismic data from the CongoAngola margin were collected in 2000 during the ZaïAngo cruise. These data help constrain the deep structure of the continental margin, the geometry of the pre-salt sediment layers and the geometry of the Aptian salt layer. Dating the deposition of the salt relative to the chronology of the margin formation is an issue of fundamental importance for reconstructing the evolution of the margin and for the understanding of the crustal thinning processes. The data show that the crust thins abruptly, from a 3040 km thickness to less than 10 km, over a lateral distance of less than 50 km. The transitional domain is a 180-km-wide basin. The pre-salt sediment layering within this basin is parallel to the base of the salt and hardly affected by tectonic deformation. In addition, the presence of a continuous salt cover, from the continental platform down to the presumed oceanic boundary, provides indications on the conditions of salt deposition that constrain the geometry of the margin at that time. These crucial observations imply shallow deposition environments during the rifting and suggest that vertical motions prevailedcompared to horizontal motionsduring the formation of the basin.Blackwell Publishing2005-09textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/publication-349.pdfDOI:10.1111/j.1365-246X.2005.02668.xhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/349/Geophysical Journal International (0956-540X) (Blackwell Publishing), 2005-09 , Vol. 162 , N. 3 , P. 793-810eng2005 Blackwell Synergyinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3532014-10-21GROUP:MANIOCLANGUE:ENAxial incision: The key to understand submarine canyon evolution (in the western Gulf of Lion)Baztan, JuanBerne, SergeOlivet, Jean-louisRabineau, MarinaAslanian, DanielGaudin, MathieuRehault, Jean PierreCanals, Msubmarine canyonaxial incisionGulf of LionA detailed morphological analysis of the outer shelf and continental slope of the Western Gulf of Lion is presented, based on swath bathymetry data together with sub-bottom profiles and high resolution seismic reflection profiles. These data reveal two main erosive features, of very different dimensions: the axial incision and the canyon's major valley. The height of axial incisions' flanks with respect to the canyon deepest point (the thalweg) ranges from 40 to 150 m. It creates a small axial erosive path within the canyon's major valley, which is typically bounded by flanks of more than 700 m in height. We interpret the axial incision observed in the sea floor as the imprint of turbidity currents that eroded the floor of canyons during phases of connection to rivers (hyperpycnal turbidity current). Such currents are most likely to have formed during the Last Glacial Maximum (LGM) as both proximity of the shoreline (due to the lowstand of sea level) and high detrital sediment supply (due to glacial abrasion upstream) increased the flow of sediments delivered to the canyon heads. Fossil axial incisions, observed in seismic lines, are related to equivalent conditions. The axial incision, however, has a key influence on canyon evolution as it triggers mass wasting of different sizes that affect the canyon's major valley (head and flanks). We interpret the geometry of the canyon's major valley as the result of recurrent activity of axial incisions. These periods of activity occurred during low sea levels at glacial maxima and show a cyclicity of 100,000 years for the last 400,000 years.Elsevier Sci Ltd2005-06textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/publication-353.pdfDOI:10.1016/j.marpetgeo.2005.03.011https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/353/Marine And Petroleum Geology (0264-8172) (Elsevier Sci Ltd), 2005-06 , Vol. 22 , N. 6-7 , P. 805-826eng2005 Elsevier Ltd All rights reservedinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3542010-04-01LANGUE:ENEffect of a mono-specific algal diet on immune functions in two bivalve species - Crassostrea gigas and Ruditapes philippinarumDelaporte, MaryseSoudant, PhilippeMoal, JeanneLambert, ChristopheQuere, ClaudieMiner, PhilippeChoquet, GwenaellePaillard, ChristineSamain, Jean-francoisRuditapes philippinarumCrassostrea gigasPolyunsaturated fatty acidsPhagocytosisOxidative activityHaemocyte membraneNutritionImmunologyBivalveImmunologieBivalveRuditapes philippinarumCrassostrea gigasAcides gras poly insaturesPhagocytoseFlambee respiratoireMembraneHemocyteNutritionThe impact of diets upon the fatty acid composition of haemocyte polar lipids and consequently upon immune parameters has been tested in the oyster Crassostrea gigas and the clam Ruditapes philippinarum. Oysters and clams were fed each of three cultured algae: Chaetoceros calcitrans, which is rich in 20:5(n-3) and 20:4(n-6) and poor in 22:6(n-3) fatty acids; T-Iso (Isochrysis sp.), which is rich in 22:6(n-3) and deficient in 20:5(n-3) and 20:4(n-6); and Tetraselmis suecica, which is deficient in 22:6(n-3) and contains only small amounts of 20:5(n-3) and 20:4(n-6). Fatty acid composition of haemocyte polar lipids was greatly affected by the diet. Oysters and clams fed C. calcitrans maintained a higher proportion of 20:5(n-3) and 20:4(n-6) in their haemocyte polar lipids, while these polyunsaturated fatty acids decreased drastically for animals fed T-Iso. However, the T-Iso diet maintained 22:6(n-3) in haemocyte polar lipids of both species. Higher 20:5(n-3) and 20:4(n-6) contents in diets appeared to have a positive effect upon total haemocyte count, granulocyte percentage, phagocytic rate and oxidative activity of clam haemocytes. Similarly, a positive effect of 20:5(n-3) on oxidative activity of oyster haemocytes was observed but to a lesser extent than in clams. Interestingly, when oyster haemocytes are submitted to a stressful condition, a positive effect of a higher dietary 22:6(n-3) content on the phagocytic rate was noticed.The Company of Biologists2003-09textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2003/publication-354.pdfDOI:10.1242/jeb.00518https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/354/Journal of Experimental Biology (0022-0949) (The Company of Biologists), 2003-09 , Vol. 206 , N. 17 , P. 3053-3064eng2003 The Company of Biologists Ltdinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3552010-04-01LANGUE:FRContribution à la construction de mosaïques d'images sous-marines géo-référencées par l'introduction de méthodes de localisationBorgetto, ManonEnhancementWarpingFusionMotion estimationGyro doppler systemPosition estimationUnderwater imageMosaicLocalizationAméliorationDéformationFusionEstimation du mouvementEstimation de positionMise en correspondanceSystème gyro dopplerImage sous marineMosaïqueLocalisationIn the underwater environment, an image mosaic allows to obtain a panoramic view of a site of interest. The image sequence, used to create such mosaic, is acquired by a moving vehicle. The vehicle trajectory is estimated by a simple speed vector integration. As a consequence, a drift appears. This is directly palpable on the mosaic, especially when the vehicle crosses its own trajectory (at "rendezvous" times). This work consists in estimating as precisely as possible, the trajectory from angle and speed measurements, by taking into account the rendezvous times. First, the couples of rendezvous times are detected, then they are introduced in the vehicle localization algorithm. Second, the mosaic is created from these estimated positions. The proposed methodology could allow to obtain a more accurate cartography, provided the motion parameter variances are available. In this case, a fusion between the estimated trajectory and the optical trajectory (obtained by the image sequence motion only) is feasibleEn milieu sous-marin, les mosaïques d'images collectées par un véhicule en déplacement permettent d'obtenir des cartes visuelles d'une zone d'intérêt. La trajectoire estimée du véhicule par simple intégration des vecteurs vitesse présente une dérive qui se traduit dans la mosaïque par des aberrations (en particulier lorsque le véhicule recoupe sa propre trajectoire).Le travail de cette thèse a consisté à estimer de la façon la plus précise possible, la trajectoire du véhicule à partir de mesures de cap et de vitesse, en tenant compte des lieux de recoupement (ou points de rendez-vous). Nous détectons dans un premier temps ces couples d'instants par appariement d'images, puis les introduisons dans l'algorithme de localisation du véhicule. Dans un deuxième temps, la mosaïque est entièrement reconstruite. La méthodologie proposée ici devrait permettre de peaufiner encore la cartographie dans la mesure où les variances des paramètres de mouvement estimés par les images seules sont disponibles. Dans ce cas, une fusion des deux trajectoires est réalisable. Si ce n'est pas possible, la cartographie visuelle est améliorée au moyen de techniques de warping.Université du Sud Toulon Var2005-04-05textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/these-355.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/sup-355.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/355/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3562010-04-01LANGUE:FRModélisation de la bioaccumulation de métaux traces (Hg, Cd, Pb, Cu et Zn) chez la moule, Mytilus galloprovincialis, en milieu méditerranéenCasas, StellioBiomonitoringDynamic Energy BudgetModelTrace metalsBioaccumulationMytilus galloprovincialisMusselBioindicatorSurveillanceBudget énergétique dynamiqueModèleMétaux tracesBioaccumulationMytilus galloprovincialisMouleBioindicateurMonitoring coastal contamination of trace metals using bivalve molluscs as quantitative bioindicators is widely used in many international monitoring programs. The bioaccumulation of metal within an organism results from the interaction between physiological (growth, loss of weight, absorption, accumulation), chemical (metal concentration, speciation, bioavailability) and environmental factors (temperature, SPM, chlorophyll). By utilizing the parameters above in this study, it appears that modeling metal dynamics in marine mussels is a reliable tool. The model allows understanding the bioaccumulation process which results from the interactions between biological, chemical and environmental factors. One of the objective of this study was to couple a bioaccumulation model with a growth model (Dynamic Energy Budget model) in order to consider the changing physiological conditions of the mussel and their impact on metal concentration in tissue.
To build and calibrate such a model, in situ experiments to measure uptake (6 months) and elimination (3 months) kinetics were conducted for five metals (Hg, Cd, Pb, Cu and Zn), by transplantation, at three Mediterranean sites (Lazaret bay, Bages pond, and Port-Cros island). These sites were chosen on the basis of their contamination levels. A pharmaco-kinetic compartment model has been used to describe metal kinetics. It has been designed to account for changes in the physiological conditions of the organism, in relation to environmental conditions. Metal uptake from water and food were considered seperately. Metal elimination results from reproduction and/or from direct excretion. The contribution of physiologically determined variables, such as body size and tissue composition, influencing the pharmaco-kinetics of the metals, were quantified. By combining environmental (chemical and abiotic factors) and biological (physiological, growth and bioaccumulation) data, the model constitutes an optimised biomonitoring tool which can be applied to various coastal environments. An application on French biointegrator network (RINBIO) has been carried by inverse analyse and allows us to assess the real contamination
Le suivi de la contamination côtière par les métaux, au moyen de bivalves du genre Mytilus, est de pratique courante dans de nombreux programmes de surveillance à travers le monde. La bioaccumulation résulte d'une interaction entre facteurs physiologiques (croissance, perte de poids, absorption, stockage), chimiques (transferts métaux, spéciation, biodisponibilité) et environnementaux (température, MES, chlorophylle). L'étude et la modélisation de ces interactions est d'un intérêt considérable pour la compréhension des phénomènes et l'interprétation de la bioaccumulation des métaux traces chez la moule. Compte tenu des objectifs de l'étude, afin d'intégrer l'effet de l'état physiologique de l'organisme bioindicateur, le modèle de bioaccumulation choisi suit le concept d'un modèle cinétique à base énergétique, par un couplage d'un modèle de croissance (modèle DEB : à budget énergétique dynamique) à un modèle simple d'accumulation.
Afin de le paramétrer et de le calibrer, une étude cinétique d'accumulation (6 mois) et de décontamination (3 mois) a été réalisée pour cinq métaux (Hg, Cd, Pb, Cu et Zn), par la technique des transplants, sur trois sites d'étude aux potentiels trophiques et chimiques différents (Baie du Lazaret, Etang de Bages et l'île de Port-Cros). En plus de traiter de l'accumulation des métaux traces à partir de la voie dissoute et particulaire, le modèle tient compte de la biologie de l'individu et permet de quantifier l'effet de la croissance et des changements environnementaux, tant chimiques que nutritifs, sur la bioaccumulation. L'accumulation des métaux traces se fait à partir de l'eau et/ou de la nourriture alors que l'élimination se fait lors d'étapes physiologiques telles que la reproduction ou directement par excrétion dans le milieu. La contribution de la physiologie de l'organisme détermine des variables d'état tels que le soma, les réserves et le compartiment reproductif, dont les variations dans le temps influencent les cinétiques de capture et d'élimination au sein de l'organisme. Reliant par une méthode explicative les concentrations dans l'organisme à celle du milieu, le modèle permet d'évaluer la contamination effective des sites en s'affranchissant des différences physiologiques dues au trophisme. Cette application a été réalisée sur le réseau de surveillance français RINBIO par analyse inverse
Université de Toulon2005-03-17textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/these-356.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/sup-356.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/356/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3572010-04-01LANGUE:FRModulation des paramètres hémocytaires par la nutrition de l'huitre creuse Crassostrea gigas. Implication dans les mortalités estivalesDelaporte, MaryseSummer mortalitiesFlow cytometerImmunityOxidative burstPhagocytosisBiochemical composition hemocyte parametersEssential fatty acidsNutritionCrassostrea gigasMortalités estivalesCytomètre de fluxImmunitéPoussée respiratoirePhagocytoseRéponses hémocytairesComposition biochimiqueAcides gras essentielsNutritionCrassostrea gigasIn the context of Pacific oyster C. gigas summer mortality, the present study demonstrated that the reproductive effort reduced not only the energetic parameters (carbohydrates and CEA) but also the immune parameters (concentration, phagocytosis and adhesive capacity of hemocytes). Increasing food supply from 4% to 12% (of oyster dry weight) did not counteract this phenomena as most of the additional energy was dedicated to the gametogenesis processes. However, after the gametogenesis, the 12% diet clearly favored energy storage restoration and hemocyte production. Hemocyte parameters were also modulated by the food quality. Indeed, hemocyte concentration tended to increase 20:5n-3 and/or 20:4n-6 were supplied by micro-algae or artificial diets. When these fatty acids were supplied separately, it has been demonstrated that 20:4n-6 stimulated phagocytic activity and reactive oxygen species production by hemocytes while 20:5n-3 inhibited itCette étude réalisée dans le cadre des mortalités estivales de l'huître C. gigas montre que l'effort de reproduction, associé à une montée thermique, déprime les paramètres énergétiques (glucides, CEA) et hémocytaires (concentration, phagocytose, adhésion). L'augmentation de la ration alimentaire de 4% à 12% du poids sec de l'huître ne compense pas voir aggrave ces dépressions puisque l'excédant énergétique du régime 12% est alloué en priorité à la gamétogénèse. Par contre, après la gamétogénèse, la ration 12% favorise l'acquisition de réserves et corrélativement augmente la concentration en hémocytes. Les paramètres hémocytaires sont aussi sensibles à la qualité de la nourriture. Ainsi, l'apport de 20:4n-6 et/ou de 20:5n-3 par des microalgues ou aliments artificiels tend à augmenter le nombre d'hémocytes. Lorsque ces acides gras sont apportés séparément, il a été établi que le 20:4n-6 stimule la phagocytose et la production d'espèces actives de l'O2 tandis que le 20:5n-3 les inhibeUniversité de Rennes 12005-03-18textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/these-357.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/357/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3582010-04-01GROUP:ZABRIGROUP:MANIOCGROUP:NEWCALEDONIALANGUE:ENFrench voyages of exploration and science in the Age of Enlightenment: an ocean of discovery throughout the Pacific OceanMelguen, MartheD'EntrecasteauxCookLa PérouseAge of EnlightenmentVoyages of explorationVoyages of discoveryNorth western AmericaNorth east AsiaOceaniaTasmaniaPacific OceanA time when France, as well as Great Britain, had a very ambitious maritime policy, the La Pérouse expedition was the only maritime expedition conceived, designed and followed at a national level by the King himself, Louis XVI.
The excellence of the Expedition's preparation and of its importance in terms of scientific results, the exceptional concern of La Pérouse in the fields of data gathering and transmission, his very high quality as captain of a global expedition, made it a remarkable achievement, despite its disastrous end.J.W. Markham & A.L. Duda, pp. 31-59. Fort Pierce, FL : IAMSLIC2004-09-01textProceedings paperinfo:eu-repo/semantics/conferenceObjectapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/acte-358.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/358/enginfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3592014-10-16LANGUE:ENEvidence of strong inertia-gravity wave activity during the POMME experimentBouruet-aubertot, PascaleMercier, HerleGaillard, FabienneLherminier, PascaleTurbulent mixingTnertia gravity wavesThe purpose of this paper is to characterize inertia-gravity waves (IGW) activity and to investigate the variability of these waves in relationship to atmospheric forcing and larger-scale motions. To this aim, we analyzed Eulerian measurements of horizontal currents and temperature collected over 1 year during the Programme Océan Multidisciplinaire Méso Echelle (POMME). We focused on the main frequency components of the IGW spectrum, namely the inertial frequency f and the semidiurnal frequency M2. Time evolution of the relative energy of these two components gave evidence of isolated events of high intensity. We performed a detailed analysis of these events and identified mechanisms of generation of these waves. Localized spots of intense, near-inertial IGW were observed in winter. During the mixed layer deepening, one event was correlated with plume-like structures resulting from peaks of intense surface cooling. This suggests a local generation process driven by strong downward vertical motions. Instead, other events of strong IGW could be related to submesoscale features, characteristic of a frontal region, in particular, wave trapping within anticyclonic eddies. In contrast, a downward energy propagation down to about 500 m below the mixed layer was isolated after a stormy period. Eventually, internal tidal beams, possibly generated at a nearby seamount, intermittently crossed the mooring, though less energetically than the previous events. Last, we estimated the eddy diffusivity from the velocity vertical shear. Large variations were obtained, from 10-6 m2/s up to 10-3 m2/s, consistent with the intense events previously isolated.American Geophysical Union2005-06textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/publication-359.pdfDOI:10.1029/2004JC002747https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/359/Journal of Geophysical Union - Research C - Oceans (0148-0227) (American Geophysical Union), 2005-06 , Vol. 110 , N. C7eng2005 American Geophysical Unioninfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3602013-07-15LANGUE:ENThe "lost Inca Plateau": cause of flat subduction beneath Peru?Gutscher, Marc-andreOlivet, Jean-louisAslanian, DanielEissen, JpMaury, ReneNazca PlatesubductionNazca RidgePerureconstructionSince flat subduction of the Nazca Plate beneath Peru was first recognized in the 1970s and 1980s a satisfactory explanation has eluded researchers. We present evidence that a lost oceanic plateau (Inca Plateau) has subducted beneath northern Peru and propose that the combined buoyancy of Inca Plateau and Nazca Ridge in southern Peru supports a 1500 km long segment of the downgoing slab and shuts off arc volcanism. This conclusion is based on an analysis of the seismicity of the subducting Nazca Plate, the structure and geochemistry of the Marquesas Plateau as well as tectonic reconstructions of the Pacific¿Farallon spreading center 34 to 43 Ma. These restore three sub¿parallel Pacific oceanic plateaus; the Austral, Tuamotu and Marquesas, to two Farallon Plate counterparts; the Iquique and Nazca Ridges. Inca Plateau is apparently the sixth and missing piece in an ensemble of 'V-shaped' hotspot tracks formed at on-axis positions. We argue the mirror image of the Inca Plateau, the Marquesas Plateau, is an ancient edifice overprinted by recent volcanism, in disagreement with the widely accepted young (<5 Ma) hotspot model for plateau formation. Elsevier Science Bv1999-09textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/1999/publication-360.pdfDOI:10.1016/S0012-821X(99)00153-3https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/360/Earth And Planetary Science Letters (0012-821X) (Elsevier Science Bv), 1999-09 , Vol. 171 , N. 3 , P. 335-341eng1999 Elsevierinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3612019-09-17LANGUE:ENAn inverse estimate of the dynamic topography of the oceanLegrand, PSchrama, EjoTournadre, JeanThe mean dynamic topography of the surface of the ocean is estimated using a finite difference inverse model of the ocean circulation constrained by a prior TOPEX/Poseidon-EGM96 estimate and an ocean density climatology. The EGM96 geoid uncertainties are represented by their full covariance matrix. The model finds a solution that yields a new 1°-resolution dynamic topography estimate with a 5 cm precision. The existence of this solution suggests that the uncertainties in EGM96, despite being much smaller than in previous geopotential models, are nonetheless realistic. The geodetic information constrains the inverse estimate of the ocean circulation, particularly at high latitudes.Amer Geophysical Union2003textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2003/publication-361.pdfDOI:10.1029/2002GL014917https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/361/Geophysical Research Letters (0094-8276) (Amer Geophysical Union), 2003 , Vol. 30 , N. 2 , P. -eng2003 American Geophysical Unioninfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3622010-04-01LANGUE:ENThermosipho atlanticus sp nov., a novel member of the Thermotogales isolated from a Mid-Atlantic Ridge hydrothermal ventUrios, LaurentCueff-gauchard, ValeriePignet, PatriciaPostec, AnneFardeau, Marie-laureOllivier, BernardBarbier, GeorgesMarine microorganismsThermosipho atlanticusThermotogalesThermophileDeep sea ventA novel anaerobic, thermophilic and heterotrophic bacterium, designated strain DV114O(T), was isolated from a deep-sea hydrothermal vent sample from the Mid-Atlantic Ridge. The cells were non-motile straight rods, 1-8 mum long and 0-4 mum wide, surrounded by an outer sheath-like structure (toga). They grew at 45-80 degreesC (optimum 65 degreesC), pH 5-0-9-0 (optimum pH 6-0) and at sea salt concentrations of 20-60 gl(-1) (optimum 30 gl(-1)). Strain DV1140(T) was able to ferment yeast extract, peptone, brain heart infusion, gelatin, starch, galactose, arabinose, glucose, trehalose and cellobiose. The fermentation products identified on glucose in the presence of yeast extract and peptone were acetate, isovalerate and hydrogen. The G + C content of the genomic DNA was 33 mol%. Phylogenetic analysis of the 16S rRNA gene sequence (GenBank accession number AJ577471) located the strain within the genus Thermosipho in the bacterial domain. On the basis of 16S rRNA gene sequence comparisons, and physiological and biochemical characteristics, the isolate represents a novel species, for which the name Thermosipho atlanticus sp. nov. is proposed. The type strain is DV1140(T) (= CIP 108053(T) =DSM 15807(T)).Society for General Microbiology2004-10textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-362.pdfDOI:10.1099/ijs.0.63069-0https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/362/International journal of systematic and evolutionary microbiology (1466-5026) (Society for General Microbiology), 2004-10 , Vol. 54 , N. 2004 , P. 1953-1957eng2004 International Union of Microbiological Societiesinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3632014-10-15LANGUE:ENMarinitoga hydrogenitolerans sp nov., a novel member of the order Thermotogales isolated from a black smoker chimney on the Mid-Atlantic RidgePostec, AnneLe Breton, ClaireFardeau, Marie-laureLesongeur, FrancoisePignet, PatriciaQuerellou, JoelOllivier, BernardGodfroy, AnneAnaerobic bacteriumMarinitoga hydrogenitoleransThermotogalesThermophileDeep sea ventA novel, thermophilic, anaerobic bacterium that is able to tolerate hydrogen was isolated from a deep-sea hydrothermal chimney collected at the Rainbow field on the Mid-Atlantic Ridge. Cells were rod-shaped and surrounded by a sheath-like outer structure (toga); they were weakly motile by means of a polar flagellum. They appeared singly, in pairs or in short chains. They grew at 35-65 degrees C (optimum 60 degrees C), pH 4.5-8.5 (optimum pH 6.0) and 10-65 g sea salts l(-1) (optimum 30-40 g l(-1)). The isolate was organotrophic, and able to grow on various carbohydrates or complex proteinaceous substrates. Growth was not inhibited under 100% hydrogen or in the presence of 2% oxygen in the gas phase. The isolate reduces sulfur, although sulfur reduction is not required for growth. The fermentation products identified on glucose were acetate, ethanol, formate, hydrogen and CO2. The G + C content of the genomic DNA was 28 +/- 1 mol%. Phylogenetic analysis of the 16S rRNA gene placed the strain within the genus Marinitoga, order Thermotogales, in the bacterial domain. On the basis of the 16S rRNA gene sequence comparisons and physiological characteristics, the isolate is considered to represent a novel species, for which the name Marinitoga hydrogenitolerans sp. nov. is proposed. The type strain is AT1271(T) (=DSM 16785(T) = JCM 12826(T)).Society for General Microbiology2005-05textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/publication-363.pdfDOI:10.1099/ijs.0.63550-0https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/363/International journal of systematic and evolutionary microbiology (1466-5026) (Society for General Microbiology), 2005-05 , Vol. 55 , N. 2005 , P. 1217-1221eng2005 the International Union of Microbiological Societiesinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3642014-10-15LANGUE:ENContinuous enrichment culture and molecular monitoring to investigate the microbial diversity of thermophiles inhabiting deep-sea hydrothermal ecosystemsPostec, AnneUrios, LaurentLesongeur, FrancoiseOllivier, BernardQuerellou, JoelGodfroy, AnneSequence alignmentAnaerobic digesterThermotogalesThermophileDeep sea ventThe microflora developing during a continuous enrichment culture from a hydrothermal chimney sample was investigated by molecular methods. The culture was performed in a gas-lift bioreactor under anaerobic conditions, at 90 degrees C and pH 6.5, on a complex medium containing sulfur as the terminal electron acceptor. Archaeal and bacterial diversity was studied. Microorganisms affiliated with the genera Pyrococcus, Marinitoga, and Bacillus were detected through DGGE analysis of 16S rDNA. Additional sequences phylogenetically related to Thermococus and epsilon-Proteobacteria were detected by cloning and sequencing of 16S rDNA from two samples of the enrichment culture. In comparison, the sequences retrieved from cloning analysis from an enrichment culture performed in a flask (batch condition) using the same Culture medium showed that only members of the genus Thermococcus were cultivated. Therefore, continuous enrichment culture using the gas-lift bioreactor can be considered as an efficient and improved method for investigating microbial communities originating from deep-sea hydrothermal vents.Springer2005-03textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/publication-364.pdfDOI:10.1007/s00284-004-4443-zhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/364/Current Microbiology (0343-8651) (Springer), 2005-03 , Vol. 50 , N. 3 , P. 138-144engSpringer Science+Business Media, Inc. 2005info:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3652010-04-01LANGUE:ENOptimisation of growth conditions for continuous culture of the hyperthermophilic archaeon Thermococcus hydrothermalis and development of sulphur-free defined and minimal mediaPostec, AnnePignet, PatriciaCueff-gauchard, ValerieSchmitt, AnneQuerellou, JoelGodfroy, AnneBioreactorDefined and minimal mediaCulture optimisationGas lift bioreactorThermococcus hydrothermalisThe hyperthermophilic archaeon Thermococcus hydrothermalis was cultivated in continuous culture in a gas-lift bioreactor in the absence of elemental sulphur on both proteinaceous and maltose-containing media. Optimal conditions (pH, temperature and gas flow rate), determined on complex media that yielded maximal growth rate and maximal steady state cell density, were obtained at 80degreesC, pH 6 and gas sparging at 0.2 v v(-1) min(-1). Higher steady state cell densities were obtained on a medium containing maltose and yeast extract. In order to design a defined and minimal media, the nutritional requirements of T hydrothermalis were then investigated using continuous culture in the absence of elemental sulphur in the gas-lift bioreactor. First, the complex nutriments were replaced and a defined medium containing maltose, 19 amino acids and the two nitrogenous bases adenine and thymine, was determined. Secondly, selective feedings and withdrawal of amino acids showed requirements for 14 amino acids.Elsevier2005textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/publication-365.pdfDOI:10.1016/j.resmic.2004.08.001https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/365/Research in Microbiology (0923-2508) (Elsevier), 2005 , Vol. 156 , N. 1 , P. 82-87eng2004 Elsevier SAS All rights reservedinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3662010-04-01
oai:archimer.ifremer.fr:3672010-04-01LANGUE:FRDiversite de populations microbiennes thermophiles d'une cheminée hydrothermale océanique profonde : cultures d'enrichissement en bioréacteur et isolement d'espèces nouvellesPostec, AnneStrain isolation and characterizationHybridizationSequencingCloningDGGEGas lift bioreactorEnrichment culturesDeep sea hydrothermal ventsBacteriaArchaeaDiversityIsolement et caractérisation de soucheHybridationSéquençageClonageDGGEBioréacteur gas liftCultures d'enrichissementSources hydrothermales océaniques profondesBacteriaArchaeaDiversitéTo explore the microbial diversity at deep sea vents, molecular techniques based on the analysis of the gene coding the 16S ribosomal RNA permitted to highlight a large archaeal and bacterial diversity. Nevertheless, the diversity of the hydrothermal microorganisms cultivated to date remains much lower than the diversity described with molecular tools. Innovative methods should therefore be used in order to cultivate new microorganisms, and also determine their metabolic properties and their potential role in the ecosystem. That was the purpose of this study: a bioreactor gas-lift was used to perform enrichment cultures in continuous, during 50 days, in thermophilic (60°C) and hyperthermophilic (90°C) conditions. A hydrothermal chimney sample (Rainbow site, Medio-Atlantic Ridge) was used as inoculum, while its microbial diversity was also directly investigated by molecular techniques. The microbial diversity of the community enriched in bioreactor was analysed by DGGE, cloning, sequencing and hybridization. Microorganisms cultivated in continuous in bioreactor displayed a larger diversity than those cultivated in flask (batch). Moreover, a dynamics of the microbial populations was shown within the bioreactor. Microorganisms belonging a priori to thermophilic or moderately thermophilic species were grown at 90°C, and also autotrophic strains were obtained in co-culture with heterotrophic strains at 60°C. Metabolites exchanges could explain this last result. Several new species, detected previously only by molecular ways, could be isolated from the enrichment cultures in bioreactor. A new species belonging to the order Thermotogales called Marinitoga hydrogenitolerans was described.Dans le cadre de l'exploration de la diversité microbienne des sources hydrothermales océaniques profondes, les techniques moléculaires basées sur l'analyse du gène codant pour l'ARN ribosomique 16S ont permis la mise en évidence d'une grande diversité archéenne et bactérienne. Cependant, la diversité des microorganismes hydrothermaux cultivés à ce jour reste bien inférieure à celle décrite par l'approche moléculaire. Des méthodes innovantes doivent alors être mises en oeuvre pour cultiver de nouveaux microorganismes, et ainsi déterminer leurs caractéristiques métaboliques et leur rôle potentiel dans l'écosystème. Tel était l'objectif de ce travail : un bioréacteur gas-lift a été utilisé pour réaliser des cultures d'enrichissement en continu, pendant 50 jours, dans des conditions de thermophilie (60°C) et d'hyperthermophilie (90°C). Un échantillon de cheminée (site Rainbow, ride medio-atlantique) a servi d'inoculum et a fait l'objet d'une analyse directe de la diversité moléculaire. La diversité des communautés microbiennes enrichies en bioréacteur a été analysée par DGGE, clonage, séquençage et hybridation. La diversité des microorganismes cultivés en continu en bioréacteur s'est avérée plus grande que celle obtenue par culture classique en flacon (batch). Au sein du bioréacteur, une dynamique de la structure de la population a pu être mise en évidence. Des microorganismes appartenant a priori à des espèces thermophiles modérées ont été détectés à 90°C, et des autotrophes ont été obtenus en co-culture avec des hétérotrophes à 60°C. Des échanges de métabolites peuvent expliquer ce dernier résultat. Plusieurs espèces nouvelles, détectées au préalable de façon moléculaire, ont pu être isolées à partir des cultures d'enrichissement en bioréacteur. Une nouvelle espèce de l'ordre des Thermotogales, Marinitoga hydrogenitolerans, a notamment été décrite.Provence, Aix Marseille I2005-05-27textThesisinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/these-367.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/367/freinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3682014-10-21LANGUE:ENSedimentary sequences in the Gulf of Lion: A record of 100,000 years climatic cyclesRabineau, MarinaBerne, SergeAslanian, DanielOlivet, Jean-louisJoseph, PhilippeGuillocheau, FrançoisBourillet, Jean-francoisLe Drezen, ElianeGranjeon, DidierStratigraphic modellingCoresHigh resolution seismic dataGlacioeustatismClimatic cyclesGulf of LionWestern MediterraneanThe wide continental shelf of the Gulf of Lion (up to 70 km) has been the object of numerous investigations since the early days of oceanography. Yet, the question of sequences duration, the mechanisms of deposition and factors implied remained unanswered. A study of a very dense grid of Very High Resolution (VHR) seismic reflection (Sparker) data associated with surficial cores both, collected by IFREMER between 1992 and 2001 on the outer shelf and upper slope offshore of Sète in the Languedoc region gives a new insight into these issues. Analysis of the 3D geometry of the sedimentary record reveals a basic depositional pattern consisting of a pair of horizontally juxtaposed and downlapping prisms. Prism PI with low angle clinoforms (<1°) lies on the upper part of the shelf and is interpreted to be prodeltaic-offshore deposits. Prism PII with steeply dipping clinoforms (approximately 4°) lies on the outer shelf between 40 and 70 km from the present day coastline and is interpreted to be littoral deposits. Results obtained from integrating lithology, palynology, micropaleontology, seismic stratigraphy, stratigraphic simulation, support the hypothesis that the basic depositional pattern records a 100 000-years glacioeustatic (interglacial/glacial) cycle. As previously suggested by Aloïsi [Aloïsi, J.C., 1986. Sur un modèle de sédimentation deltaïque: contribution à la connaissance des marges passive, Thèse de Doctorat d'Etat. Université de Perpignan, 162 pp], prisms PI corresponds to deposition at high sea level and prisms PII to deposition during low sea level at glacial maxima. Five sequences of paired prisms capped by five major erosion surfaces have been identified and modelled showing that the corresponding glacioeustatic cycles (the last five cycles at least) are recorded on the shelf of the western part of the Gulf of Lion.Elsevier2005-08textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/publication-368.pdfDOI:10.1016/j.marpetgeo.2005.03.010https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/368/Marine and Petroleum Geology (0264-8172) (Elsevier), 2005-08 , Vol. 22 , N. 6-7 , P. 775-804eng2005 Elsevier Ltd All rights reservedinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3692010-04-01LANGUE:ENIn situ kinetics of mercury bioaccumulation in mytilus galloprovincialis estimated by transplantation experimentsCasas, StellioCossa, DanielGonzalez, Jean-louisBacher, CedricAndral, BrunoTransplantationHeavy metalsBioaccumulationMytilus galloprovincialisBioindicatorMonitoring coastal contamination by trace metals pollution using mollusks bivalves as quantitative bioindicators is widely performed in many international biomonitoring programs. For this purpose, studying mercury dynamic in marine mussels is a reliable tool. In situ experiments on uptake and elimination kinetics were conducted in three Mediterranean sites, chosen on the basis of their contamination levels. Mussels were transplanted from a clean area to a highly contaminated one and then transferred back to a clean site. This approach makes it possible to define bioaccumulation factors and uptake and elimination rates consistently with the real environmental conditions.ICMPG Ljubljana, Slovenia, June 27- July 2, 20042004-07-02textProceedings paperinfo:eu-repo/semantics/conferenceObjectapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/acte-369.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/369/enginfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3702010-04-01LANGUE:ENModeling trace metal accumulation in the mediterranean mussel, mytilus galloprovincialisCasas, StellioCossa, DanielGonzalez, Jean-louisBacher, CedricAndral, Brunogrowthheavy metalsbioaccumulationMytilus galloprovincialisBioindicatorMonitoring coastal contamination by trace metals pollution using mollusks bivalves as quantitative bioindicators is widely performed in many international biomonitoring programs. In this purpose, modeling metal dynamic in marine mussels is a reliable tool. It allows understanding the bioaccumulation process which results from the interactions between biological, chemical and environmental factors. To calibrate such a model, kinetic experiments on uptake and elimination were conducted on three Mediterranean sites chosen on the basis of their different nutritive and chemical characteristics.Rapp. Comm. int. Mer Médit., 37, 20042004-11-07textProceedings paperinfo:eu-repo/semantics/conferenceObjectapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/acte-370.pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/370/enginfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3712010-04-01GROUP:MANIOCGROUP:NEWCALEDONIALANGUE:ENCombined effect of external ammonia and molt stage on the blue shrimp Litopenaeus stylirostris physiological responseMugnier, ChantalJustou, CaroleStressPeneid shrimpMolt stageLitopenaus stylirostrisHaemolymph constituentsAmmoniaThe effect of ambient ammonia and molt stage on the physiological response of the blue shrimp Litopenaeus stylirostris was studied. Shrimps were submitted to 54.6 mg l(-1) ammonia-N (1.76 mg l(-1) NH3-N) for 24 h. Only shrimps in stages C, D-0, D-1 and D-2 were used for the analysis. Haemolymph was assayed for osmoregulatory capacity (OC), magnesium ion (Mg ion), total proteins, oxyhaemocyanin, lactate and glucose. Molt stage had an effect on OC, Mg ion and total proteins in control shrimps, and on OC, Mg ion and lactate in treated animals. Ammonia treatment decreased OC and lactate, and increase Mg ion concentration in haemolymph, for all molt stages. It decreased significantly total proteins and oxyhaemocyanin for stages D-1 and D-2, and increased glucose concentration for stages C and Do. There was a combined effect of treatment and molt stage only on total proteins concentration. The effects of an external factor (ammonia), an internal one (molt stage) and the combination of both, and the usefulness of using physiological parameters measured in this study as tools to detect stress, are discussed. (C) 2004 Elsevier B.V. All rights reserved.Elsevier2004-09textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-371.pdfDOI:10.1016/j.jembe.2004.03.008https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/371/Journal of Experimental Marine Biology and Ecology (0022-0981) (Elsevier), 2004-09 , Vol. 309 , N. 1 , P. 35-46eng2004 Elsevier B.V. All rights reservedinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3722010-04-01GROUP:MANIOCGROUP:NEWCALEDONIALANGUE:ENResponse of the blue shrimp Litopenaeus stylirostris to temperature decrease and hypoxia in relation to molt stageMugnier, ChantalSoyez, ClaudeTemperatureStressPenaeid shrimpOsmoregulationMolt stageLitopenaeus stylirostrisHypoxiaThe effect of different levels of dissolved oxygen (DO) and a decreased temperature combined with severe hypoxia were studied in the blue shrimp Litopenaeus stylirostris in relation to molt stage. In the first experiment, shrimps were submitted to DO concentrations of 5 to 1 mg l(-1). Osmoregulatory capacity (OC) was measured in shrimps at molt stage C after 6, 24, or 48 h of exposure. No mortality was recorded but a significant negative effect of DO concentration on hypo-OC was observed for DO concentrations below 3 mg l(-1). Osmoregulation improved after 48 h exposure, compared to 6 and 24 h exposure.
In a second experiment, temperature was decreased from 28 to 22 degreesC in 24 h, before a severe hypoxia of 0.5+/-0.1 mg O-2 l(-1) was applied. Mortality and OC were studied in relation to molt stages. Half of the shrimps died after respectively 100 min at 0.5 mg O-2 l(-1) at 28 degreesC and 153 min at 0.4 mg O-2 l(-1) at 22degreesC. Mortality was significantly higher in stages D-2 and B compared to stages C and Do. Control shrimps in stage D2 had a lower hypo-OC than shrimps in stages C and Do both at 28 and 22 degreesC. Temperature decrease had no effect on hypo-OC. Hypoxia reduced hypo-OC for all stages, whatever the temperature, but the effect was greater in stage C at 27 degreesC (68% decrease) compared to 22 degreesC (49%) and stage D-2 at both temperatures (respectively, 43% and 58% at 27 and 22 degreesC). Combination of temperature and hypoxia had a significant effect on hypo-OC. Low temperature reduced the effect of hypoxia presumably by slowing down the metabolism. Results are discussed in relation to pond observation. (C) 2004 Elsevier B.V. All rights reserved.Elsevier2005-02textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/publication-372.pdfDOI:10.1016/j.aquaculture.2004.11.010https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/372/Aquaculture (0044-8486) (Elsevier), 2005-02 , Vol. 244 , N. 1-4 , P. 315-322eng2004 Elsevier B.V. All rights reserved.info:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3732010-04-01GROUP:MANIOCGROUP:NEWCALEDONIALANGUE:ENA white spot disease-like syndrome in the Pacific blue shrimp (Litopenaeus stylirostris) as a form of bacterial shell diseaseGoarant, CyrilleBrizard, RaphaelMarteau, Anne-laureNew Caledoniawhite spot syndromeAquaculturePathogenic bacteriaShrimp cultureCrustaceansDiseasesLitopenaeus stylirostrisIn May 1997, some white lesions evoking the white spot syndrome disease were observed in Litopenaeus stylirostris broodstock in New Caledonia. The occurrence of these lesions was neither associated with mortality, nor with histological evidence of white spot syndrome baculovirus (WSBV), The evidence suggests that these lesions result from a form of bacterial disease and are associated with an increased bacterial flora on the outer surface of the cuticle, as well as an increased incidence throughout the molt cycle. A microscopic observation of these lesions allows them to be differentiated from WSBV-associated lesions.Elsevier2000-03textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2000/publication-373.pdfDOI:10.1016/S0044-8486(99)00284-7https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/373/Aquaculture (0044-8486) (Elsevier), 2000-03 , Vol. 183 , N. 1-2 , P. 25-30eng2000 Elsevier Science B.V. All rights reservedinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3742010-04-01LANGUE:ENFlow variability near the Cape Verde frontal zone (subtropical Atlantic Ocean)Vangriesheim, AnnickBournot-marec, ClaudieFontan, Anne-claireRossby wavesCurrent variabilityCape Verde frontal zoneEastern subtropicalNorth Atlantic oceanOndes de RossbyCourant variabilitéCap VertSubtropical EstOcéan Atlantique NordDuring the JGOFS-France/Eumeli programme, biogeochemical processes governing particle fluxes throughout the water column were studied in the Eastern Subtropical North Atlantic Ocean. From February 1991 to December 1992, three consecutive sets of sediment trap moorings were installed at two sites: the mesotrophic site: similar to18degrees 30 N, 21degrees 00 W, and the oligotrophic site: similar to21degrees 00 N, 31degrees 00 W. Currents were measured at each sediment trap level (250, 1000 and 2500 m) in order to understand better the dynamics in this area and its influence on the particle fluxes through the water column and to monitor the current speed conditions during the particle trapping. The results of these current measurements are presented here, including statistics, spectral analysis, horizontal and vertical correlations and the time variability which is studied by comparisons with previous studies and models. The main feature of the dynamics in this area is the presence of the Cape Verde frontal zone at the southeastern part of the North Atlantic subtropical gyre, which is an unstable boundary between the North Atlantic Central Water and the South Atlantic Central Water. At 250 m, highest mean current speeds (similar to8-14 cm s(-1)) and highest variability are encountered at the mesotrophic site which is the closest to this frontal zone, whereas they are similar to8 cm s(-1) at the oligotrophic site. At 1000 and 2500 m, they are of the same order for the two sites (similar to5 and 3 cm s(-1), respectively). In addition to the short time scale variability at the inertial periods (33.4 and 38 h) and semi-diurnal tidal period, long time scale variability at similar to100 d is very high at 250 and 1000 m, particularly on the meridional component. Comparisons show that this result fits and expands previous eulerian and lagrangian observations and is consistent with Rossby waves predicted by models, in spite of small discrepancies. Au cours du programme JGOFS-France/Eumeli, les processus biogéochimiques associés aux flux de particules ont été étudiés dans l'océan Atlantique subtropical Est. De février 1991 à décembre 1992, trois séries consécutives de mouillages de pièges à particules ont été installées à deux sites : le site mésotrophe (environ 18° 30 N, 21° 00 W) et le site oligotrophe (21° 00 N, 31° 00 W). Les courants ont été mesurés à chaque niveau de piège (250, 1000 et 2500 m) afin de mieux comprendre la dynamique de cette région et son influence sur les flux particulaires dans la colonne d'eau et de contrôler les conditions de vitesse du courant pendant la collecte des particules. Les résultats de ces mesures de courant présentés ici comprenent les statistiques, l'analyse spectrale, les corrélations horizontales et verticales et la variabilité temporelle qui est étudiée en référence aux études antérieures et aux modèles. La dynamique de cette région est dominée par la présence de la zone frontale du Cap Vert à la partie sud-est de la circulation anticyclonique subtropicale, qui est une limite instable entre l'Eau Centrale Nord Atlantique et l'Eau Centrale Sud Atlantique. A 250 m, c'est au site mésotrophe proche de cette zone frontale que les vitesses moyennes de courant sont les plus élevées (similar to 8-14 cm s(-1)) et les plus variables alors qu'elles sont environ 8 cm s(-1) au site oligotrophe. À 1000 et 2500 m, elles sont du même ordre de grandeur aux deux sites (environ 5 et 3 cm s(-1), respectivement). En plus de la variabilité aux périodes d'inertie (33,4 et 38 heures) et semi-diurne, la variabilité à plus longue période (environ 100 jours) est forte à 250 et 1000 m, particulièrement sur la composante méridienne du courant. Des comparaisons montrent que ces résultats confirment et complètent de précédentes observations eulériennes et lagrangiennes et sont cohérentes avec les modèles d'ondes de Rossby, malgré de petites disparités.
Elsevier2003-04textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2003/publication-374.pdfDOI:10.1016/S0399-1784(02)00002-6https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/374/Oceanologica Acta (0399-1784) (Elsevier), 2003-04 , Vol. 26 , N. 2 , P. 149-159eng2003 Ifremer/CNRS/IRDinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3752016-06-09LANGUE:ENTotal replacement of fish oil by soybean or linseed oil with a return to fish oil in turbot (Psetta maxima) - 1. Growth performance, flesh fatty acid profile, and lipid metabolismRegost, ChristelleArzel, JacquelineRobin, JeanRosenlund, GretheKaushik, SadasivamLipogenesisFatty acidsLiverMuscleBody compositionGrowthVegetable oilFish oilPsetta maximaThe aim of the study was to investigate the replacement of fish oil by vegetable oils and the effects of a washout with a return to fish oil on growth performances and lipid metabolism. three experimental fish meal-based isonitrogenous (crude protein content: 57.5%) and isolipidic (crude lipid content: 16.5%) diets were formulated containing either 9% of added fish oil (170), soybean oil (SO), or linseed oil (LO). Each diet was distributed to triplicate groups of 25 marketable size turbot (initial body weight of 579 g) grown in seawater at water temperature of 17 T. Fish were fed once a day to visual satiety. At the end of the growth trial, which lasted 13 weeks, all groups of turbot were fed with FO diet for 8 weeks. The growth of turbot was high, but the incorporation of vegetable oils in the diets resulted in a slight decrease in growth as compared to those fed with fish oil-based diet. Feed and protein efficiency and whole body composition were not affected by dietary lipid sources. Total lipid content was low in the muscle of turbot (below 2%); ventral muscle being fatter than dorsal muscle. Liver and muscle fatty acid (FA) composition reflected dietary FA composition. Liver and muscle of fish fed with SO diet were rich in 18:2n-6, whereas those of fish fed with LO diet were rich in 18:3n-3. Liver and muscle of fish fed with SO and LO diets had lower levels of 20:5n-3 and 22:6n-3 in comparison to those of fish fed with FO diet. In turbot, hepatic lipogenic enzyme activities were low and not influenced by dietary lipid source. At the end of the second period, after transfer to FO-based diets, muscle. FA composition of fish fed previously with SO and LO diets were still different to those of fish fed with FO diet. The values of 18:2n-6 and 18:3n-3, respectively, were lower than the values found at the end of the growth period, but higher than those of fish fed with FO diet. An increase of FA levels, characteristic of fish oil, was observed in the liver and muscle of fish previously fed with vegetable oils. Data obtained show that replacement of fish oil by vegetable oils is possible with negligible impact on growth performance of turbot, that dietary lipids are an effective vector to influence the nutritional quality of finished product, and that a duration of 8 weeks is not sufficient to bring the FA profile of turbot of this size back to that of fish fed with fish oil over the whole period. Elsevier2003-03textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2003/publication-375.pdfDOI:10.1016/S0044-8486(02)00259-4https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/375/Aquaculture (0044-8486) (Elsevier), 2003-03 , Vol. 217 , N. 1-4 , P. 465-482eng2003 Elsevier Science B.V. All rights reservedinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3762010-04-01LANGUE:ENDietary lipid level, hepatic lipogenesis and flesh quality in turbot (Psetta maxima)Regost, ChristelleArzel, JacquelineCardinal, MireilleRobin, JeanLaroche, MKaushik, SadasivamFlesh qualityLipogenesisFat depositionDietary lipidsPsetta maximaA study was undertaken with marketable size turbot to evaluate the effects of dietary fat levels on chemical composition. lipogenesis and flesh quality, Four experimental diets containing graded levels of fish oil in order to obtain 10%, 15%, 20% and 25% of crude fat were fed to triplicate groups of turbot (initial body weight of 660 g) for 12 weeks in full strength seawater at temperature of 17 degreesC. Nutrient digestibility was not influenced by dietary fat levels. The best growth performance was observed in fish fed 10% and 15% dietary fat. High dietary lipid levels led to higher fat deposition in whole fish, although lipid level in muscle remained low (1.1% in dorsal muscle and 1.7% in ventral muscle irrespective of diet), Significant subcutaneous fat accumulation was detected in turbot. No protein sparing effect by lipid was observed in turbot fed high dietary fat. Hepatic lipogenic enzymes (glucose-6-phosphate dehydrogenase, G6PD; malic enzyme, ME and acetyl CoA carboxylase) did not show any dear change in activity in response to dietary fat content. With regards to quality parameters, there were no differences in gutted and fillet yields among treatments. Sensory analyses of dorsal fillets indicated only a difference in exudation (corresponding to loss of water) and whiteness within treatments in accordance with instrumental colour analyses and on ventral fillets, only a difference of sweet flavour was observed. No differences in hardness were detected by either instrumental texture analysis or sensory analysis. In conclusion, although high dietary lipid levels affected growth and whole body composition of turbot adversely they induced very few alterations in flesh quality. Elsevier2001-02textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2001/publication-376.pdfDOI:10.1016/S0044-8486(00)00493-2https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/376/Aquaculture (0044-8486) (Elsevier), 2001-02 , Vol. 193 , N. 3-4 , P. 291-309eng2001 Elsevier Science B.V. All rights reserved.info:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3772010-04-01LANGUE:ENFat deposition and flesh quality in seawater reared, triploid brown trout (Salmo trutta) as affected by dietary fat levels and starvationRegost, ChristelleArzel, JacquelineCardinal, MireilleLaroche, MKaushik, SadasivamTextureColourSensory analysesStarvation fat depositionDietary fatSalmo truttaThree isoproteic (crude protein content: 56%) diets with different fat levels (11%, 20%, and 26%) were fed to triplicate groups of triploid brown trout (initial average body weight of 1.5 kg), reared in seawater. At the end of 3 months of feeding, fish fed the high-fat (HF) diet were split into two groups: a triplicate group of fish received the low-fat diet and another triplicate group was kept unfed for a further 2-month period. Fish initially fed the low-fat diet during the first period were continued to be fed the same diet. Fish fed the medium-fat (MF) diet during period 1 were eliminated for period 2. At the end of each period, comparative whole body analyses, sensory and instrumental (texture and colour) analyses were made on fresh and smoked fillets. During the first period, increasing dietary fat level had no significant effect on growth or feed utilisation, but increased whole body (14.6% to 17.9%, on wet weight basis) and muscle (8.3% to 11.0%) fat content. During the second period, the fish fed the low-fat diet had similar growth performance irrespective of previous nutritional history, whereas starvation led to significant loss of weight and fillet yield. Whole body fat content did not differ between groups (around 15%) at the end of period 2. In fish initially fed the HF diet, both starvation and feeding a low-fat diet led to a reduction in muscle lipid content. Sensory analyses revealed few differences between treatments, in terms of visual colour aspects, for both cooked and smoked fillets at the end of period 1. A positive relationship between instrumental colour analyses (L*, a*, b* values) and dietary fat levels was observed, but no difference was observed for instrumental texture measurements. At the end of period 2, a significant increase in parameters of colour was observed in unfed fish. Although both feed withdrawal and feeding a low-fat diet 2 months before slaughtering led to a reduction in fat content, starvation had the disadvantage of leading to significant weight loss.Elsevier2001-02textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2001/publication-377.pdfDOI:10.1016/S0044-8486(00)00498-1https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/377/Aquaculture (0044-8486) (Elsevier), 2001-02 , Vol. 193 , N. 3-4 , P. 325-345eng2001 Elsevier Science B.V. All rights reservedinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3782011-12-08LANGUE:ENA shortcut method for sexing juvenile European sea bass, Dicentrarchus labrax L.Menu, BrunoPeruzzi, StefanoVergnet, AlainVidal, Marie-odileChatain, BeatriceHistologySquashJuvenileGonadsSeabassDicentrarchus labraxThe objective of this study was to develop a rapid and effective method of sexing juvenile sea bass with minimum labour and material. To this end, the gonad squash mount technique was applied along with macroscopic techniques for sexing a large number of experimental fish at the age of 215-275 days post fertilization (p.f.). At this age, 90% of the 3894 fish could be unambiguously sexed by macroscopic examination of their gonads, whereas the remaining proportion was identified using squash mount preparations (10%). The accuracy of the observations was measured up to classical histology procedures. Undifferentiated fish accounted for 0.1% of the total population only. The application of the squash mount technique holds out the prospect of considerable improvement in the efficiency and rapidity of current sexing techniques in sea bass.Blackwell science2005textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/publication-378.pdfDOI:10.1111/j.1365-2109.2004.01181.xhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/378/Aquaculture Research (1355-557X) (Blackwell science), 2005 , Vol. 36 , N. 1 , P. 41-44eng2004 Blackwell Publishing Ltdinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3792010-04-01LANGUE:ENA comparative ecophysiological study of two infaunal filter-feeding bivalves: Paphia rhomboides and Glycymeris glycymerisSavina, MariePouvreau, StephaneFilter feedingBivalvesGlycymeris glycymerisPaphia rhomboidesScope for growthEcophysiologyA comparative ecophysiological study was carried out in September and November 2002 for two bivalves, Paphia rhomboides and Glycymeris glycymeris, which are significantly harvested in the Western Channel (French coast). Individual measurements of clearance and respiration rates were performed for both species, in several experimental conditions of temperature and phytoplankton concentrations. Those conditions were chosen to be in the range of those commonly observed in the subtidal area of the Western Channel. The mean value of clearance rate and oxygen consumption obtained from continuous data recording did not reveal any significant influence of temperature in the investigated range, but a significant difference between P rhomboides and G. glycymeris.
P rhomboides showed a continuous feeding activity and faeces production and was characterised by high clearance rate (mean = 1.7 1 h(-1) g(-1)) regulated by the phytoplankton concentration and high assimilation efficiency (approximately 90%). On the opposite, G. glycymeris showed a periodic feeding activity and faeces production with low clearance rates independent of phytoplankton concentration (mean = 0.4 1 h(-1) g(-1)) and a lower assimilation efficiency (approximately 78%). Individual SFG values were calculated for both species and it appears that P rhomboides exhibited higher SFG values than G. glycymeris, except for low concentration of algae. These results may help to explain the significant difference in growth rate of both species. However, assumptions are made on differences in food source and/or feeding behaviour of P rhomboides and G. glycymeris. Elsevier2004-09textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-379.pdfDOI:10.1016/j.aquaculture.2004.05.029https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/379/Aquaculture (0044-8486) (Elsevier), 2004-09 , Vol. 239 , N. 1-4 , P. 289-306eng2004 Elsevier B.V. All rights reservedinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3802010-04-01LANGUE:ENEcophysiological model of growth and reproduction of the black pearl oyster, Pinctada margaritifera: potential applications for pearl farming in French PolynesiaPouvreau, StephaneBacher, CedricHeral, MauricePearl farmingFood depletionScope for growthCarrying capacitySuspension feedingTropical lagoonA model of bioenergetics of the black pearl oyster (Pinctada margaritifera) was built to simulate growth, reproduction and spawning in suspended culture at field sites in Takapoto lagoon (French Polynesia). This model was based on allometric scaling of physiological functions and scope for growth (SFG) calculations. The input functions were clearance rate (CR, 1 day(-1)), retention efficiency (RE, %) for each kind of particle encountered in suspended matter, pseudofaeces and faeces productions (PF and F, mg C day(-1)), excretion and respiration rate (U and R, mg C day(-1)). The assimilated carbon (i.e., SFG, mg C day(-1)) was partitioned to the three internal state variables (somatic tissue, shell and gonad) according to the asymptotic increase of the reproductive effort (ER, %) with the age. Given organic and mineral particulate matter in suspension in lagoon water (POM and PIM, mg L-1) and assuming that the taxonomic composition of POM was fairly constant throughout the year, the model predicted annual evolution of total tissue weight (W-Tissue, g dry weight), shell weight (W-Shell, g DW) and gonad weight (W-Gonad, g DW) of pearl oysters at various ages. Data on tissue and shell growth, but also on gonad development of cultivated pearl oysters, acquired in 1997-1998 in Takapoto lagoon, were used to validate the model outputs. Results of the simulations indicated that the P. margaritifera growth model provided realistic growth trajectories for shell, somatic tissue and gonad, for pearl oysters aged from 1 to 4 years.Elsevier2000-06textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2000/publication-380.pdfDOI:10.1016/S0044-8486(99)00373-7https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/380/Aquaculture (0044-8486) (Elsevier), 2000-06 , Vol. 186 , N. 1-2 , P. 117-144eng2000 Elsevier Science B.V. All rights reservedinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3812010-04-01LANGUE:ENGrowth of the black-lip pearl oyster, Pinctada margaritifera, in suspended culture under hydrobiological conditions of Takapoto lagoon (French Polynesia)Pouvreau, StephaneTiapari, JeromeGangnery, AlineLagarde, FranckGarnier, MatthieuTeissier, HinanoHaumani, GBuestel, DominiqueBodoy, AlainPearl cultureMatter in suspensionBiochemical compositionLength weight relations shipTropical lagoonGrowthPinctada margaritiferaGrowth of the black-lip pearl oyster, Pinctada margaritifera var. cumingi, was studied for an annual cycle, from March 1997 to April 1998, in the lagoon of Takapoto atoll (Tuamotu archipelago, French Polynesia). Growth in shell and in tissue were measured every 15 days on three successive age groups of cultivated pearl oysters. At the same time, hydrobiological parameters (temperature, salinity, oxygen concentration, suspended particulate matter), known to have influence on bivalve growth, were followed each week during culture. No seasonal trend was observed in hydrobiological parameters, except for temperature which varied between 26 degrees C and 31 degrees C. The potential food for pearl oysters (particulate organic matter, POM, mg l(-1)) was slightly concentrated, but always available, so that, in this lagoon environment, no period seemed to be unfavourable to pearl oyster growth. Effectively, growth in shell was regular and shell did not exhibit any annual ring. Nevertheless, as it is often the case for bivalves, shell growth showed a progressive decrease with the age of pearl oyster and followed a classical Von Bertalanffy model: H = 160.5 (1 - e(-0.038(t-3.73))) with H the shell height (in mm) and t the age tin months). On the other side, growth in tissue did not follow the same pattern than for shell: P. margaritifera exhibited reduced growth rate in tissue during the warm season (November-April) so that a seasonal growth model was more appropriate: W-tissue = 6.9/(1 + e((5.58-0.208 t-0.435 sin (2 pi/12) ((t-1.427)) with W-tissue. the dry tissue weight (in g) and t the age tin months). Several results concerning growth rates should be of interest for pearl farming. Firstly, the progressive decrease measured in shell growth rate implies, for peal seeding operations, that the sooner the nucleus is implanted, the greater is the rate of nacreous deposition on this nucleus, and shorter is the time to obtain a marketable pearl for farmers. Secondly, exhaustive comparison, between growth rates obtained in our study and those obtained in other lagoons, tended to demonstrate that there is a small but significant variability in growth between lagoons of the Tuamotu archipelago. Further investigations need to be engaged in order to determine the most suitable sites for pearl farming in French Polynesia. Finally, comparison between growth of P. margaritifera var. cumingi and growth of other pearl oysters showed that P. maxima but also P. margaritifera var. erythraensis would also exhibit fast growth in Polynesian waters and then, would constitute potential candidates for further Polynesian diversification projects. Elsevier2000-04textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2000/publication-381.pdfDOI:10.1016/S0044-8486(99)00319-1https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/381/Aquaculture (0044-8486) (Elsevier), 2000-04 , Vol. 184 , N. 1-2 , P. 133-154eng2000 Elsevier Science B.V. All rights reservedinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3822010-04-01LANGUE:ENIn situ suspension feeding behaviour of the pearl oyster, Pinctada margaritifera: combined effects of body size and weather-related seston compositionPouvreau, StephaneBodoy, AlainBuestel, DominiqueBiodepositionClearance rateSestonFilter feedings behaviourTropical lagoonTropical bivalveIn situ clearance rate (CR) and biodeposition of the black pearl oyster, Pinctada margaritifera, were followed during several field experiments from 1996 to 1998 in the lagoon of Takapoto. Serial measurements of total particulate matter (TPM, mg l(-1)), particulate inorganic matter (PLM, mg l(-1)), and particulate organic matter (POM, mg l(-1)) were related to meteorological conditions, especially wind speed. As a general case, POM and PLM increased with wind speed. Nevertheless, PLM increased faster than POM so that the organic content (OC, %) of the TPM decreased progressively when wind speed increased. These TPM variations induced direct changes in feeding processes of P. margaritifera. CR (l h(-1)) averaged 22 l h(-1) for a pearl oyster of 1 g dry tissue weight and varied with POM, PLM and dry tissue weight (W, g) according to the following equation: CR = 26.96 (PIM-0.42POMW0.61)-W-0.96. This clearance activity appeared to be the highest of those mentioned for bivalve species in their natural habitats. Pseudofaecal (PF, mg h(-1)) production started for very low PIM load (i.e., 0.17 mg l(-1))and POM load (i.e., 0.28 mg l(-1))in water and followed the equation: PF = 32.6(POM - 0.28)(PIM - 0.17)W-0.77. In other bivalve species, PF are generally observed for higher PIM or POM levels. These PF were mainly constituted of mineral matter (more than 80% in weight). Faecal production (F, mg h(-1)) increased with seston load and reached progressively a plateau (i.e., maximal intestinal transit time) as shown by the equation describing the faecal biodeposition F = 20 W-0.49(1 - e(-0.66) (TPM)). The quantity and the composition of the faecal biodeposit were in a range commonly found in literature. This work confirms, by in situ experiments, previous results obtained in laboratory and especially that P. margaritifera has developed a trophic strategy which consists of processing large amounts of water to gain sufficient energy in poor waters. But this work also showed that meteorological conditions have indirect influences on feeding processes of pearl oyster by modifying significantly the concentration and the composition of seston. Elsevier2000textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2000/publication-382.pdfDOI:10.1016/S0044-8486(99)00215-Xhttps://archimer.ifremer.fr/doc/00000/382/Aquaculture (0044-8486) (Elsevier), 2000 , Vol. 181 , N. 1-2 , P. 91-113eng2000 Elsevier Science B.V. All rights reservedinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3832019-09-17GROUP:MANIOCGROUP:NEWCALEDONIALANGUE:ENAcquisition of susceptibility to Vibrio penaeicida in Penaeus stylirostris postlarvae and juvenilesGoarant, CyrilleRegnier, FranceBrizard, RaphaelMarteau, Anne-laurePenaeus stylirostrisVibrio sp.diseases and their control crustaceansVibriosis is a major disease problem in shrimp aquaculture, affecting all developmental stages, from larvae in hatchery tanks to juveniles and broodstock in growout ponds. However, bacterial strains responsible for vibriosis in the successive stages are usually considered to be different, and virulence specificity has been reported both at the species and at the stage levels. The so-called « Syndrome 93 » is a seasonal juvenile vibriosis caused by Vibrio penaeicida which affects Penaeus stylirostris in growout ponds and broodstock tanks in New Caledonia. This pathology does not cause any mortality in hatchery or nursery phases. An experimental infection design using balneation of postlarvae and early juveniles in V. penaeicida suspensions was used to evaluate the developmental stage at which shrimp become sensitive to this vibriosis. We demonstrated that the acquisition of susceptibility to this pathogen is very sudden and correlated with the acquisition of the definitive rostral formula, and from this draw conclusions regarding virulence mechanisms of V. penaeicida in P. stylirostris.
Elsevier Science Bv1998-12textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/1998/publication-383.pdfDOI:10.1016/S0044-8486(98)00380-9https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/383/Aquaculture (0044-8486) (Elsevier Science Bv), 1998-12 , Vol. 169 , N. 3-4 , P. 291-296eng1998 Elsevier Science B.V. All rights reservedinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3842010-04-01LANGUE:ENFishing strategy development under changing conditions: examples from the French offshore fleet fishing in the North AtlanticHolley, Jean-francoisMarchal, PaulSaitheMultivariate analysesMixed fisheriesFishing strategyFisheries dynamicsDeepwater speciesA typology is presented for the French offshore fleet fishing in the North Atlantic. The investigation was carried out separately for all years between 1985 and 2002. Two methods were combined: PCA and cluster analysis. In 1985, most vessels targeted saithe off western Scotland (vessels from Lorient) and in the northern North Sea (vessels from Boulogne and Fecamp). Then, probably because of the decline in biomass of saithe, some vessels started to target deepwater species from the early 1990s. In 2002, some vessels fished exclusively for saithe (>80%), while others targeted mainly deepwater species. In all, 12 fisheries are identified for the period 1985-2002. Results are given of a preliminary investigation trying to identify the external factors (stock biomass, catch limits, price) that may influence the shifts in fishing strategies. Elsevier2004-12textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-384.pdfDOI:10.1016/j.icesjms.2004.08.010https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/384/ICES Journal of Marine Science (1054-3139) (Elsevier), 2004-12 , Vol. 61 , N. 8 , P. 1410-1431eng2004 International Council for the Exploration of the Sea Published by Elsevier Ltd.info:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3852010-04-01LANGUE:ENTotal replacement of fish oil by soybean or linseed oil with a return to fish oil in Turbot (Psetta maxima) 2. Flesh quality propertiesRegost, ChristelleArzel, JacquelineCardinal, MireilleRosenlund, GretheKaushik, SadasivamSensory analysesTextureWashout periodVegetable oilsPsetta maximaThe aim of this study was to evaluate (1) the effects of replacement of fish oil by vegetable oils on flesh quality and (2) the effects of a washout with a return to fish oil on flesh quality of turbot. In a first period of 3 months, three isonitrogenous and isolipidic diets containing 9% of added marine fish oil (170), soybean oil (SO) or linseed oil (LO) were fed to triplicate groups of 25 marketable size turbot (initial body weight: 579 +/- 1 g) grown in sea water at the temperature of 17 degreesC. At the end of the first period, all groups of turbot were fed with the diet containing fish oil (diet FO) for a further period of 2 months. The gutted and fillet yields were not affected by the incorporation of vegetable oils. However, soybean or linseed oils significantly affected the organoleptic quality of flesh particularly odour, colour and texture. A more pronounced potatoes odour and a lower fat texture were observed in dorsal fillet of turbot fed soybean oil diet. During the washout period, the differences observed between treatments in first period on sensory attributes disappeared. This study showed that the changes in organoleptic properties occurring due to the intake of vegetable oils can be reduced with a return to a fish-oil-based diet. Elsevier2003-04textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2003/publication-385.pdfDOI:10.1016/S0044-8486(02)00655-5https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/385/Aquaculture (0044-8486) (Elsevier), 2003-04 , Vol. 220 , N. 1-4 , P. 737-747eng2003 Elsevier Science B.V. All rights reservedinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3862024-01-30LANGUE:ENTagging juvenile seabass and sole with telemetry transmitters: medium-term effects on growthBegout, Marie-laureCoves, DenisDutto, GilbertLaffargue, PascalLagardere, FrancoiseAquacultureTelemetryMarking techniquesJuvenile fishAdaptationThe effects of tagging with acoustic transmitters on the growth of juvenile seabass, Dicentrarchus labrax (L.) (initial mean mass +/- SD, 173 g +/- 23.4) in a 47 d tank experiment, and sole. Solea solea (L.) ( 103.2 g +/- 14.8) in a 72 d tank experiment and (104.0 g +/- 18.4) in a 58 d salt marsh mesocosm experiment were examined. Twenty externally tagged seabass grew more slowly than the 20 with surgically implanted tags, which reached the same mass as nine control fish. Movements of the external transmitter's harness caused abrasions of the skin and loss of the tag in 60% of the cases. We thus recommend implanting transmitters for telemetry studies of juvenile seabass weighing between 120 and 214 g and carrying a tag that represents 2.2-2.5% of body mass. Both tank and mesocosm experiments conducted on juvenile sole concluded that the externally attached tag retention rate was good, but at the expense of the fish growth rate. Elsevier2003-12textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2003/publication-386.pdfDOI:10.1016/S1054-3139(03)00135-8https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/386/ICES Journal of Marine Science (1054-3139) (Elsevier), 2003-12 , Vol. 60 , N. 6 , P. 1328-1334eng2003 International Council for the Exploration of the Sea. Published by Elsevier Science Ltdinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3872010-04-01LANGUE:ENMeasuring cultured fish swimming behaviour: first results on rainbow trout using acoustic telemetry in tanksBegout, Marie-laureLagardere, Jean-paulRainbow troutAquacultureSwimming activityFish welfareAcoustic telemetryAn experiment was conducted to measure swimming activity of rainbow trout (254.0 +/- 33.7 g) held in outdoor tanks under three culture conditions with stocking density used to generate differences: 27 (Culture Density 1, CD1), 80 (CD2) and 136 kg m(-3) (CD3). Fish were fed dry pellets at 1% of tank biomass from 9h00 to 13h00 with automatic feeders. Using acoustic telemetry, fish positions were monitored every 5 s during 48 h for nine fish (three in each treatment). Swimming behaviour was analysed in terms of trajectories: they varied between (i) holding position (high turning angles), (ii) chaotic trajectories (equal use of all turning angles) and (iii) circular swimming (average turning angle of 60degrees). Space utilisation differed for each culture condition: CD3 conditions induced a prolonged residence time in the central zone of the tank. Rainbow trout swimming activity patterns and levels differed depending on both day-night alternation and culture conditions. All fish reared at CD1 and one reared at CD2 were day-active. All the other fish showed high activity pattern variability and a higher swimming level was observed under CD3. These results illustrate that monitoring fish swimming activity is feasible even under high densities and provide relevant insights on fish activity which can lead to behavioural welfare indices in relation to constraints imposed by culture conditions. Elsevier2004-10textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-387.pdfDOI:10.1016/j.aquaculture.2004.02.019https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/387/Aquaculture (0044-8486) (Elsevier), 2004-10 , Vol. 240 , N. 1-4 , P. 175-186eng2004 Elsevier B.V. All rights reservedinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3882010-04-01LANGUE:ENImpact of rain cell on scatterometer data: 2. Correction of Seawinds measured backscatter and wind and rain flaggingTournadre, JeanQuilfen, YvesWind retrievalRainScatterometerIn October and early November 1999, the GOGP99 experiment collected hydrological, currentmeter, tide recorder, thermistor and drifting buoy data near the Strait of Hormuz. Data analysis provides the water mass structure in the Strait: Persian Gulf Water (PGW) core is banked against the Omani coast, while Indian Ocean Surface Water (IOSW) lies near the Iranian coast. These water masses are most often covered by a homogeneous surface layer. Thermohaline characteristics of the PGW core decrease substantially downstream, from the Persian/Arabian Gulf to the Gulf of Oman. PGW and IOSW thermohaline characteristics and distribution also exhibit notable changes at periods shorter than a month as shown by repeated hydrological sections. The tidal signal measured south of the Strait by moored ADCP and thermistor chains has predominant semi-diurnal M2 and S2 and diurnal K1 components and possesses a complex vertical structure. Tidal intensification near the surface pycnocline is associated with noticeable internal waves. At subtidal timescale, mooring recordings confirm the water mass variability observed in the repeated hydrological sections. The mixed layer also deepens substantially during the 1-month period. Finally, trajectories of surface buoys drogued at 15 m exhibit reversals over periods characteristic of changes in wind direction.American Geophysical Union2005-07textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/publication-388.pdfDOI:10.1029/2004JC002766https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/388/Journal of Geophysical Union - Research C - Oceans (0148-0227) (American Geophysical Union), 2005-07 , Vol. 110 , N. C7 , P. NIL_32-NIL_47eng2005 by the American Geophysical Unioninfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3892010-04-01LANGUE:ENHydrology and circulation in the Strait of Hormuz and the Gulf of Oman - Results from the GOGP99 experiment: 1. Strait of Hormuz - art. no. C12037Pous, StephaneCarton, XavierLazure, PascalOceanographyHydrologyHormuzIn October and early November 1999, the GOGP99 experiment collected hydrological, currentmeter, tide recorder, thermistor and drifting buoy data near the Strait of Hormuz. Data analysis provides the water mass structure in the Strait: Persian Gulf Water (PGW) core is banked against the Omani coast, while Indian Ocean Surface Water (IOSW) lies near the Iranian coast. These water masses are most often covered by a homogeneous surface layer. Thermohaline characteristics of the PGW core decrease substantially downstream, from the Persian/Arabian Gulf to the Gulf of Oman. PGW and IOSW thermohaline characteristics and distribution also exhibit notable changes at periods shorter than a month as shown by repeated hydrological sections. The tidal signal measured south of the Strait by moored ADCP and thermistor chains has predominant semi-diurnal M2 and S2 and diurnal K1 components and possesses a complex vertical structure. Tidal intensification near the surface pycnocline is associated with noticeable internal waves. At subtidal timescale, mooring recordings confirm the water mass variability observed in the repeated hydrological sections. The mixed layer also deepens substantially during the 1-month period. Finally, trajectories of surface buoys drogued at 15 m exhibit reversals over periods characteristic of changes in wind direction.American Geophysical Union2004-12textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-389.pdfDOI:10.1029/2003JC002145https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/389/Journal of geophysical research Oceans (0148-0227) (American Geophysical Union), 2004-12 , Vol. 109 , N. C12 , P. 42-56eng2004 by the American Geophysical Unioninfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3902010-04-01LANGUE:ENHydrology and circulation in the Strait of Hormuz and the Gulf of Oman - Results from the GOGP99 experiment: 2. Gulf of Oman - art. no. C12038Pous, StephaneCarton, XavierLazure, PascalPersian Gulf Water outflowRegional circulationGulf of OmanHydrological, ADCP, and drifting buoy data obtained during the GOGP99 Experiment in October and early November 1999 are analyzed to describe the Persian Gulf Water (PGW) core and the regional circulation in the Gulf of Oman. The warm and salty PGW core flows out of the Strait of Hormuz heading southeastward unto (25degrees20'N, 57degreesE), approximately. From there, it cascades down the continental slope, veers southwestward, and joins the Omani coast near (24degrees50'N, 56degrees50'E) to form a slope current. This PGW current has then thermohaline maxima on isopycnal sigma(0) = 26.5, near 220 m depth. Its thermohaline characteristics decrease along its progression to Ra's al Hadd ( and then offshore into the Arabian Sea) but maintain a sharp contrast with surrounding waters. Outflow variability at the Strait of Hormuz can be related to downstream fluctuations of the thermohaline maxima in the PGW core at gulf scale and over a 2- to 3-week period. Moreover, several mechanisms (baroclinic instability, flow intermittency, cape effects) are examined to explain the widening of this PGW core upstream and downstream of Ra's al Hamra. In the eastern part of the Gulf of Oman, the regional circulation is a cyclonic gyre. The circulation in the western part of the Gulf is more complex, with the outflow of PGW and southeastward currents in the upper 250 m near the Omani coast, and a recirculation of upwelled waters near Ra's Jagin (on the Iranian coast). The large cyclonic gyre occupies at least the upper 300 m of the water column and undergoes little variation over a month. The PGW outflow in the northern Arabian Sea is southward and located 50-100 km from the coast. It borders a shallower northward current located offshore.American Geophysical Union2004-12textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-390.pdfDOI:10.1029/2003JC002146https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/390/Journal of Geophysical Research Oceans (0148-0227) (American Geophysical Union), 2004-12 , Vol. 109 , N. C12 , P. NIL_57-NIL_78eng2004 by the American Geophysical Unioninfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3912010-04-01LANGUE:ENEffect of long-term feeding with a plant protein mixture based diet on growth and body/fillet quality traits of large rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)De Francesco, MatildeParisi, GiulianaMedale, FrancoiseLupi, PaolaKaushik, SadasivamPoli, BiancaSensory evaluationChemical composition qualityFleshBody traitsPlant proteinOncorhynchus mykissTwo diets based oil fish meal (FM) or oil a mixture of plant protein sources supplemented with free amino acids (PP) were fed to rainbow trout having a mean initial body weight of 162.5 g reared at 17 +/- 1 degreesC for 24 weeks to evaluate the effect of plant protein sources oil fish growth, morphological and body quality traits. At the end of the growth study, samples were withdrawn for chemical analyses as well as measurements of different parameters of quality.
Compared to the FM group, the trout fed diet PP had lower growth rates (mean final body weight 663 vs. 800 g), feed efficiency (0.95 vs. 1.07) and protein efficiency ratio (1.96 vs. 2.13). Trout fed diet PP were also characterised by a lower dressed weight (89.45% vs. 91.07%), hepato-somatic index (0.92% vs. 1.01%) and fillet lipid content (5.50% vs. 6.98%), but had a higher mesenteric fat (5.65% vs. 4.08%), viscero-somatic index (10.55% vs. 8.93%) and fillet crude protein content (20.53% vs. 19.93%). The muscle fatty acid composition reflected that of the diet with a higher level of polyunsaturated (n-6) fatty acids in trout fed diet PP and a higher content in polyunsaturated n-3 fatty acids and n-3/n-6 ratio in trout fed diet FM. Sensory analysis was carried out at 5 days post-mortem on microwave-cooked dorsal portions of fillets stored at 1 degreesC with ice covering. The results of the triangular test showed differences between groups (P<0.01) in organoleptic characteristics as well as in visual colour. Descriptive tests pointed out that fillets of trout fed diet PP exhibited higher hardness, less sweetness and less odour intensity than trout fed diet FM.
In summary, data show that long-term feeding a diet in which fish meal was totally replaced by a mixture of plant protein sources significantly affects growth and quality criteria such as morphometric traits, fat deposits, fillet chemical composition and organoleptic characteristics of large commercial size rainbow trout. Elsevier2004-06textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-391.pdfDOI:10.1016/j.aquaculture.2004.01.006https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/391/Aquaculture (0044-8486) (Elsevier), 2004-06 , Vol. 236 , N. 1-4 , P. 413-429eng2004 Elsevier B.V. All rights reservedinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3922010-04-01LANGUE:ENRegulation of feed intake, growth, nutrient and energy utilisation in European sea bass (Dicentrarchus labrax) fed high fat dietsBoujard, ThierryGelineau, AnneCoves, DenisCorraze, GenevieveDutto, GilbertGasset, EricKaushik, SadasivamPhosphorus excretionFeed intakeLipidDigestible energyEuropean sea bassDicentrarchus labraxThree practical isoproteic (54% protein) diets were formulated to contain graded levels of crude fat (diet L: 10%, diet M: 20% and diet H: 30%). Each diet was assigned unrestrictedly to three and restrictedly to two replicate groups of fish (IBW 243 g). In unrestricted groups, increasing the dietary lipid level led to a significant decrease in voluntary feed intake without affecting growth rate. In the feed-restricted groups, daily growth rates increased with increasing dietary fat levels. There was a significant and inverse effect of the dietary fat content on whole body moisture and fat levels, with highest lipid (ca. 20%) and lowest moisture (ca. 58%) contents in sea bass fed diet containing the highest lipid level; muscle lipid concentration was however not affected. Nitrogen retention was significantly increased by an increase in lipid concentration in the diets, with better efficiencies observed in unrestricted (ca. 31%) than in restricted groups (ca. 27%). Nitrogen loss was significantly affected by both the feeding level and the diet composition, with lowest values (ca. 60 g kg(-1)) in groups fed diet H unrestrictedly and highest values (ca. 90 g kg(-1)) in groups fed diet L at a restricted level. Soluble phosphorus excretion in H groups was less than half that in L groups, regardless of the feeding level.Elsevier2004-03textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-392.pdfDOI:10.1016/j.aquaculture.2003.11.010https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/392/Aquaculture (0044-8486) (Elsevier), 2004-03 , Vol. 231 , N. 1-4 , P. 529-545eng2004 Elsevier B.V. All rights reservedinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3932010-04-01LANGUE:ENProbiotic and formaldehyde treatments of Artemia nauplii as food for larval pollack, Pollachius pollachiusGatesoupe, JoelDrug resistanceBacterial genotypeDisinfectionProbioticArtemiaMarine fish larvaeFormaldehyde was used to disinfect Artemia cysts and nauplii, while introducing two probiotics in the enrichment process: Bactocell (Pediococcus acidilactici) and Levucell (Saccharomyces cerevisiae). The disinfectant was selected due to its potential compatibility with probiotics, since it was more effective against Gram-negative bacteria than against lactic acid bacteria and yeast. However, the presence of formaldehyde reduced the intake of P. acidilactici in Artemia. Consequently, the disinfection was stopped before Bactocell supplementation to the nauplii fed to pollack (Pollachius pollachius) larvae. The mean weight of pollack was higher with this probiotic treatment. Growth was even better with the combination of Levucell and Bactocell, but the yeast should be introduced circumspectly. A high bacterial load was found in the nauplii enriched with Levucell, but not treated with formaldehyde. In the absence of Bactocell, the discontinuation of disinfecting Artemia after Levucell enrichment caused poor growth of pollack. Resistant strains had emerged after 3 months of daily cyst incubation with 50 mg l(-1) formaldehyde, rising from 1.4 CFU per newly hatched nauplius before the experiments, up to 3.4 x 10(4) CFU nauplius(-1) by the end of 3 months. The phenotypes and genotypes of these opportunistic resistant strains were quite different from the initial resistant strains. Particular attention was paid to Vibrio alginolyticus-like isolates that were not detected before the experiments. These isolates were compared by amplified ribosomal DNA-restriction analysis (ARDRA) and RAPD to two reference strains previously isolated in turbot larvae, indicating some genotypic distance between the new isolates and the reference strains. Thus, the formaldehyde treatment cannot be recommended due to the risk of resistance spread. It was concluded that P. acidilactici is a promising probiotic for fish larvae. Its combination with S. cerevisiae may be valuable, but on the condition that a concentrated form that would not jeopardize the bacterial balance in the absence of disinfectant should be prepared. Elsevier2002-09textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2002/publication-393.pdfDOI:10.1016/S0044-8486(02)00138-2https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/393/Aquaculture (0044-8486) (Elsevier), 2002-09 , Vol. 212 , N. 1-4 , P. 347-360eng2002 Elsevier Science B.V. All rights reservedinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3942010-04-01LANGUE:ENTissue expression of two alpha-amylase genes in the Pacific oyster Crassostrea gigas. Effects of two different food rationsHuvet, ArnaudDaniel, Jean-yvesQuere, ClaudieDubois, SolenePrudence, MarieVan Wormhoudt, ASellos, DSamain, Jean-francoisMoal, JeanneOysterGene expressionFood regulationDigestive enzyme activityAlpha amylaseA semi-quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) assay was developed to estimate tissue-specific expression of two amylase genes in five different tissues of the Pacific oyster Crassostrea gigas and the experimental effects of food level on the cellular, enzymatic and gene expression changes of the digestive gland. Results indicated that both genes were transcribed at different levels depending on tissue type. A strong preferential expression of both amylase genes was observed in the digestive gland leading to high amylase activities, in accordance with the digestive function of this organ. Traces of gene expression and activity were observed in other analysed tissues. These appeared higher in labial palps than in other non-digestive tissues. After 4 weeks of feeding two groups of oysters on either a high or low food level, cellular growth of the digestive gland (+56%) and increase in the total activity of amylase enzymes and in specific amylase activity (+50%) were observed under high food conditions compared to low food conditions. A significant increase (+18%) in the expression of gene A was observed in the digestive gland of oysters fed the high ration compared to that of oysters fed on the low food level whereas no changes in the expression of gene B were observed. Gene A was expressed at a higher level than gene B in all tissues and at all conditions. A role of the amylase gene A in digestive processes and changes in its expression according to food availability is demonstrated in this study. The functional role of the a-amylase B gene remains to be elucidated. (C) 2003 Elsevier Science B.V. All rights reserved.Elsevier2003-12textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2003/publication-394.pdfDOI:10.1016/S0044-8486(03)00323-5https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/394/Aquaculture (0044-8486) (Elsevier), 2003-12 , Vol. 228 , N. 1-4 , P. 321-333eng2003 Elsevier B.V. All rights reservedinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3952010-04-01GROUP:MANIOCGROUP:NEWCALEDONIALANGUE:ENCombined effect of temperature and salinity on osmoregulation of juvenile and subadult Penaeus stylirostrisLemaire, PierretteBernard, EMartinez-paz, JChim, LietTemperatureSalinityOsmoregulatory capacityPenaeus stylirostrisShrimpIn New Caledonia, the "syndrome 93," which results in mass mortalities of farmed shrimp Penaeus stylirostris, occurs during the transitional and the cold seasons. The transitional season is characterized by an important fall in the average water temperature from 28 to 19 degreesC in 2 weeks. Besides this marked temperature fall, there are also nyctemeral temperature changes of up to 7 degreesC in 12 h. The cold season is characterized by an average water temperature of 19 degreesC with extreme lows of 14 degreesC. The objective of this study was to determine the effect of temperature and its variations on the osmoregulatory capacity of juvenile (7-10 g average weight) and subadult (25 g average weight) shrimps subjected to conditions of different salinity. A reduction in temperature level resulted in a decreased osmoregulatory capacity (OC) (defined as the difference between the osmolality of the haemolymph and that of sea water) at low salinity (hyper-CO) and at high salinity (hypo-CO), respectively, below and above the isoosmotic point (26.2 ppt). In subadult shrimps, the hyper-CO was affected when temperature dropped from 26 to 22 degreesC. The hypo-CO was modified only when temperature decreased down to 15 degreesC. Furthermore, the sensitiveness of osmoregulation to temperature changes was dependent on the developmental stage of the shrimp. Subadults were more sensitive than juvenile animals.
The value of the isoosmotic point, which did not depend on the shrimp developmental stage, increased when temperature decreased to 17 or 15 degreesC.
Our results provide an additional explanation of the "syndrome 93" and display the unfavourable influence of marked temperature drop on shrimp health. Our research could provide a possibility of seeking a nutritional and/or genetic solution to improve the capacity of the shrimps to maintain their homeostasis within a rearing medium with fluctuating temperatures. Elsevier2002-06textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2002/publication-395.pdfDOI:10.1016/S0044-8486(01)00756-6https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/395/Aquaculture (0044-8486) (Elsevier), 2002-06 , Vol. 209 , N. 1-4 , P. 307-317eng2002 Elsevier Science B.V. All rights reservedinfo:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3962012-03-27GROUP:MANIOCGROUP:NEWCALEDONIALANGUE:ENAge and growth of blackfin tuna (Thunnus atianticus) caught under moored fish aggregating devices, around Martinique IslandDoray, MathieuStequert, BernardTaquet, MarcThunnus atlanticusDaily incrementOtolithAgeDaily growth increments measured in the otolith of Thunnus atlanticus were used to estimate the age and growth of individuals. which were sampled from an artisanal fishery operating around fish aggregating devices (FADs) moored off Martinique Island. In this study, 76 otoliths were analysed for fish ranging from 20 to 68 cm fork lengths (FL). The fish were caught using trolling lines at depths ranging from 0 to 10 m. Counts were made, under a light microscope, on the external part of the transverse section of the sagittae, from the primordium to the ventral edge. The mean coefficient of variation of the age reading was 2.4%. To validate readings, the number of increments for 11 individuals was counted using both optic and scanning electron microscopes. The calculated relationship between readings of both methods was found to be linear, with a slope of 1.03 and R-2 = 0.99. Frequency of growth increment formation could not be validated. Growth rates derived from otolith readings were, however, compared to those obtained using a modal progression analysis, which was performed on the length-frequency distributions of the landings over a period of two months. The corroboration between the growth rates was good. One increment was assumed to represent one day. The parameters of the von Bertalanffy growth curve for both sexes were L-infinity = 71.4 cm FL, k = 0.002 day(-1) and tau(0) = -80 days. According to our results, there is no evidence that Martinican moored FADs act as ecological traps for blackfin tuna. Instead, young blackfin tuna probably leave the vicinity of Martinican moored FADs to undergo a trophic migration at 7 to 8 month-old, and then come back about 8 months later to breed in the Lesser Antilles area.Les microstructures présentes dans les otolithes de Thunnus atlanticus ont été utilisées pour estimer l'âge et la croissance des thons capturés par la pêcherie artisanale exploitant les dispositifs de concentrations de poissons (DCP) mouillés autour de la Martinique. Des thons de 20 à 68 cm de longueur à la fourche (LF) ont été capturés à la ligne de traîne de surface entre 0 et 10 m de profondeur. Les stries d'accroissement ont été comptées sur 76 otolithes en microscopie optique sur la partie externe des coupes transversales de la sagitta, du nucléus jusqu'à l'extrémité verticale de la coupe (coefficient de variations 2,4 %). Afin de vérifier qu'il n'y avait pas de sous-estimation du nombre de stries, nous avons effectué un comptage, en microscopie électronique à balayage, pour 11 individus. La relation établie entre ces deux méthodes de comptage est linéaire avec un pente égale à 1,03 et R2 = 0,99. La vitesse de croissance issue de l'analyse des otolithes a été comparée à celle estimée à partir de l'analyse en progression modale des distributions en fréquence de taille des débarquements sur une période de 2 mois. La corroboration entre les deux méthodes était bonne. Nous avons supposé que la formation des stries de croissance suivait un rythme journalier. Les paramètres de l'équation de croissance de von Bertalanffy pour les 2 sexes confondus sont: L-infinity = 71.4 cm FL, k = 0.002 day(-1) and tau(0) = -80 days. Les résultats de cette étude n'indiquent pas que les DCP ancrés martiniquais puissent agir comme des pièges écologiques pour les thons noirs. Les jeunes thons noirs semblent au contraire quitter la proximité des DCP et entreprendre une migration trophique lorsqu'ils atteignent 7 à 8 mois. Ils ne reviendraient ensuite dans la zone des Petites Antilles qu'environ 8 mois plus tard, manifestement pour se reproduire.EDP Sciences2004textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-396.pdfDOI:10.1051/alr:2004009https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/396/Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2004 , Vol. 17 , N. 1 , P. 13-18engEDP Sciences, IFREMER, IRD 2004info:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3972010-04-01LANGUE:ENMarine protected areas and artificial reefs: A review of the interactions between management and scientific studiesClaudet, JoachimPelletier, DominiqueMonitoringManagement actions objectivesManagementImpact assessmentFishArtificial reefsMarine protected areasInshore marine areas host key habitats for the biological cycle of many marine populations, but are subject to strong anthropogenic pressure. Uses of inshore areas are multiple and often give rise to conflicting interests. In this context. marine protected areas (MPAs) and artificial reefs (ARs) are increasingly regarded as interesting management measures, in that they contribute to ecosystem conservation, fisheries sustainability, and because they can be helpful in zoning coastal areas in order to reduce conflicts between users. Beyond these expected benefits, it is important to appraise whether MPAs and ARs meet managers' objectives. This review focuses on the interaction between ecological sciences and management in the purpose of establishing or monitoring MPAs and ARs. We first study how objectives have to be formalized through management plans, and which kinds of information need to be collected in this respect. We then report management objectives related to MPAs and ARs, and list corresponding observed effects. Finally, we discuss the present role of monitoring and scientific research in the management process and propose a few perspectives for scientific research.Les zones côtières abritent des habitats-clés pour le cycle biologique de nombreuses populations marines, mais sont soumis à une forte pression anthropique. Les usages de la bande côtière sont multiples et occasionnent souvent des conflits d'intérêts. Dans ce contexte, les aires marines protégées (AMP) et les récifs artificiels (RA) sont de plus en plus considérés comme des mesures de gestion pertinentes dans la mesure où ils contribuent à la conservation de l'écosystème, au maintien des pêcheries, et parce qu'ils peuvent être utiles pour allouer l'espace côtier entre usagés et pour réduire certains conflits. Au-delà de ces bénéfices attendus, il est important d'évaluer si les AMP et les RA satisfont les objectifs des gestionnaires. Dans cette synthèse bibliographique, nous nous intéressons, en particulier, aux interactions entre les sciences écologiques et la gestion concernant l'établissement ou le suivi des AMP et RA. Nous étudions, en premier lieu, comment les objectifs doivent être formalisés au travers des plans de gestion, et quels types d'information sont ainsi nécessaires à collecter. Nous présentons ensuite les objectifs de gestion en relation avec les AMP et les RA, et les effets observés correspondants. Enfin, nous discutons du rôle des suivis scientifiques et de la recherche dans le processus de gestion et proposons quelques perspectives de recherche.EDP Sciences2004-04textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-397.pdfDOI:10.1051/alr:2004017https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/397/Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2004-04 , Vol. 17 , N. 2 , P. 129-138engEDP Sciences, IFREMER, IRD 2004info:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3982010-04-01GROUP:MANIOCGROUP:NEWCALEDONIALANGUE:ENA step toward the definition of ecological indicators of the impact of fishing on the fish assemblage of the Abore reef reserve (New Caledonia)Amand, MarionPelletier, DominiqueFerrari, JocelyneKulbicki, MichelNew CaledoniaPLS regressionEcological indicatorsFishing impactCoral reefFishMarine Protected AreasMarine Protected Areas (MPA) are often contemplated as a tool for the sustainable management of exploited resources and ecosystem conservation. This paper proposes an approach to establish a statistical diagnostic of the effects of MPAs on fish assemblages, and define corresponding ecological indicators. This requires choosing relevant variables (abundance, diversity, demographic parameters..) and appropriate statistical methods. The study was based on data from the Abore reef Reserve in New Caledonia. Two sets of methods: 1-inferential linear models (ANOVA, GLM): 2- Partial Least Squares (PLS) methods of regression, were used to test the effects of this MPA. PLS enabled us to test simultaneously within a model, density, species richness, biomass and mean size variables of fish community to retain the most sensitive and relevant ones. Habitat variability was also taken into account in these models. Species were grouped according to several criteria: 1-feeding habit; 2- taxonomy; 3-mobility; 4-adult size; 5-demographic strategy. No significant effect of the opening of the Abore reef to fishing was found for mobility. Feeding habit was the only criterion for which the results from the inferential models and PLS showed a significant effect of reserve status for all variables. Species richness, density, and to a lesser extent mean size, were sensitive to the removal of reserve status. but not biomass. Results from ANOVA and PLS regression were consistent but the latter allows a more holistic approach as it integrates all variables within a single model.Les Aires Marines Protégées (AMP) sont de plus en plus considérées comme des mesures de gestion alternative permettant à la fois une gestion durable des ressources exploitées et la conservation des écosystèmes. Nous proposons une approche pour définir des indicateurs synthétiques et permettre un diagnostic statistique de l'effet des AMP sur les peuplements. Ce travail passe par le choix de variables pertinentes (abondance, richesse spécifique, paramètres démographiques, etc.) et de méthodes statistiques appropriées. Cette étude a été réalisée sur la réserve du récif Aboré en Nouvelle-Calédonie. Les données issues de deux campagnes scientifiques menées sur ce récif sont utilisées pour tester globalement l'effet des AMP grâce à des modèles linéaires inférentiels (ANOVA, GLM), et par des méthodes de régression PLS (Partial Least Squares). Ces dernières permettent de confronter dans un même modèle quatre variables (densité, richesse, biomasse et taille moyenne des poissons), afin de retenir les plus sensibles et les plus pertinentes pour l'évaluation de l'impact de la réserve. La variabilité de l'habitat est également prise en compte dans la modélisation. Les espèces sont regroupées selon plusieurs critères: 1- le régime alimentaire; 2- la taxonomie; 3- la mobilité; 4- des caractéristiques démographiques; 5- des caractéristiques de taille. Les espèces, quel que soit leur mobilité, n'apparaissent pas affectées par l'ouverture à la pêche du récif Aboré, qu'elles soient sédentaires ou très mobiles. Seul le critère trophique révèle un effet du changement de statut Réserve/Non Réserve pour toutes les variables, à la fois d'après les modèles inférentiels et les régressions PLS. Les résultats des modèles inférentiels et des régressions PLS montrent que la richesse spécifique et la densité sont les variables les plus sensibles à l'impact de l'ouverture à la pêche. La taille moyenne est également bien modélisée sur l'ensemble des résultats mais pas la biomasse. Les résultats d'ANOVA et de régression PLS sont cohérents mais la régression PLS permet d'intégrer toutes les variables dans un même modèleEDP Sciences2004-04textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-398.pdfDOI:10.1051/alr:2004022https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/398/Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2004-04 , Vol. 17 , N. 2 , P. 139-149engEDP Sciences, IFREMER, IRD 2004info:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:3992010-04-01LANGUE:ENApplication of a micro-respirometric volumetric method to respiratory measurements of larvae of the Pacific oyster Crassostrea gigasGoulletquer, PhilippeWolowicz, MaciejLatala, AdamBrown, CraigCragg, SimonCrassostrea gigasLeachateCCAVolumetric micro respirometryLarvaeMetabolismRespiratory rateThe application of a simple, fast and reliable volumetric microrespirometric method to assess respiration of bivalve larvae is discussed. As a model, C. gigas larvae of various sizes were used. Metabolic activity of veliger larvae was assessed by measuring respiratory rate for use in ecophysiological modelling. As an example of the application of this approach, additional measurements of veliger respiratory rates were carried out to assess the effect on larval metabolism of different concentrations of leachate from wood treated with chromated copper-arsenate (CCA). Veligers of Crassostrea gigas (length from 95 to 331 pm) were fed with a mixture of Isochrysis galbana) and Chaetoceros pumilum cells. Experiments were performed in a 20 degreesC constant seawater temperature. The wet and dry weight of four length (L in pm) classes of larvae were obtained from which the relationship between total dry weight and veliger length was derived {DW = e((3.27+Lx0.0154))} (R-2 = 99%). Moreover, tissue dry weight (TDW; in ng) was calculated according to Gerdes (1983). Since the mathematical model between larval length and respiratory rate explained 88% of the total variability. a more conservative approach using oyster larval dry meat weight (in ng) and respiratory rate (in mu\O-2 h(-1)) was developed to establish a linear model explaining 94.5% of the variability: Resp. = -3.849 x 10(-4) + 5.211 X 10(-6) X TDW. These experiments provided updated figures of C gigas larval respiratory rates for use in ecophysiological models. The relationship between tissue dry weight and respiratory rate was close to previous estimates obtained by Gerdes (1983) and Hoegh-Guldberg and Manahan (1995) at 25 degreesC and 20 degreesC respectively. Our experiments demonstrate that volumetric microrespirometry is suitable for assessing larval respiratory rate and therefore can be used to assess impacts Of Pollutants on an early larval stage. Oysters exposed to leachates from chromated copper arsenate (CCA) treated timber at 5 kg m(-3) showed initially highly variable respitory rates while those rates decreased drasctically for a 15 kg m(-3) CCA treatment exposure. Among bioindicators using physiological response to assess pollutant effects, swimming activity and respiratory rates can be compared, the later showing a significant response at a lower pollutant concentration.L'utilisation d'une méthode simple, rapide et fiable de micro-respiration volumétrique est discutée. Les larves de l'huître creuse C. gigas de différentes tailles sont utilisées en tant que modèle biologique. L'activité métabolique de larves véligères est estimée par une mesure de respiration afin d'être utilisée dans le cadre d'une modélisation en écophysiologie. A titre d'exemple, cette méthode est appliquée pour tester l'effet de différentes concentrations de lixiviats issus de bois traité sous pression au chrome-cuivre-arsenic (CCA) sur le métabolisme larvaire. Les véligères de Crassostrea gigas (taille de 95 à 331 m) sont nourries d'un mélange de cellules phytoplanctoniques d'Isochrysis galbana et de Chaetoceros pumilum. Les expérimentations sont conduites à une température d'eau de mer constante à 20 °C. Les poids frais et secs de 4 classes de taille ( L, en m) de larves sont mesurés afin d'établir un modèle [IMAGE] ( R2=99 %). Le poids de chair sec (TDW, en ng) est calculé selon Gerdes (1983). Le modèle mathématique entre la taille et le taux de respiration n'expliquant que 88 % de la variance totale, un modèle linéaire a été établi entre le taux de respiration (en l O 2 h -1) et le poids de chair sec de la larve (en ng), expliquant 94.5 % de cette variance : [IMAGE]. Ces expérimentations ont permis d'actualiser les taux de respiration larvaire de C. gigas pour le développement de modèles écophysiologiques. Le modèle obtenu est relativement proche des estimations obtenues par Gerdes (1983) et Hoegh-Guldberg and Manahan (1995), respectivement à des températures de 25 °C et 20 °C. Nos expérimentations montrent que la méthode de micro-respiration volumétrique est appropriée pour l'estimation du métabolisme respiratoire larvaire comme pour celle de l'impact de polluants aux premiers stades de développement. Des huîtres exposées à des lixiviats de bois traités sous pression au chrome-cuivre-arsenic (CCA) à 5 kg m -3 ont montré une augmentation de la variabilité de la réponse respiratoire, avec une forte réduction de celle-ci à des lixiviats issus d'un traitement CCA à 15 kg m -3. Parmi les bioindicateurs utilisant une réponse physiologique pour évaluer les effets de polluants, la mesure du métabolisme respiratoire montre une réponse significative à des teneurs plus faibles en contaminants comparée à une mesure d'activité natatoire.EDP Sciences2004-04textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-399.pdfDOI:10.1051/alr:2004018https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/399/Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2004-04 , Vol. 17 , N. 2 , P. 195-200engEDP Sciences, IFREMER, IRD 2004info:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:4002010-04-01LANGUE:ENParalytic shellfish poison outbreaks in the Penze estuary: Environmental factors affecting toxin uptake in the oyster, Crassostrea gigasLassus, PatrickBaron, RegisGaren, PierreTruquet, PhilippeMasselin, PierreBardouil, MicheleLeguay, DidierAmzil, ZouherExperimental contaminationOyster toxicityDinophyceaeToxinPSPSeveral experiments using a self-regulated system were conducted to define the factors likely to influence the uptake of paralytic shellfish poison (PSP) by oysters in the Penze estuary (France, Brittany). Each 4-day experiment was carried out in a recirculated sea water system using 15 Pacific oysters (Crassostrea gigas) separated from each other and supplied with unfiltered natural seawater containing alternatively toxic (Alexandrium minutum) or non-toxic (Skeletonema costatum) algal diets. The food supply and exposure times to toxic diets were determined according to field studies of the Upstream and downstream movement of patches containing A. minutum. The experimental parameters corresponded roughly to the hydrological conditions generally observed in June when tidal coefficients are lowest and blooms occur: (i) A. minutum concentrations in sea water of 200, 5000 and 10000 cell ml(-1) ; (ii) inorganic matter consisting of 5 and 15 mgL(-1) of calcinated muddy sediments; and (iii) low and high tide salinities of 25 and 35parts per thousand, respectively. Significant experimental contamination (greater than the 80 mug STX eqUiV. 100 g(-1) sanitary threshold) occurred after 4 days of exposure for the monospecific A. minutum diet (20-200 cell ml-1) and alternated A. minutum and S. costatum diets (5000 and 20 000 cell ml(-1), respectively). Contamination levels were less than the sanitary threshold for alternated A. minunon/S. costatum diets of 200 and 20 000 cell ml(-1), respectively, and for a monospecific A. minutum diet (1000-10000 cell ml(-1)). In the last case, the accumulation Late was quite low, possibly because of inhibition of the filtration rate related to a lower biodeposit production rate and decreased feeding time activity. The addition of inorganic matter appeared to play a significant role in the observed increase of toxin uptake, whereas salinity was not a determining factor for toxin accumulation rates. These last observations were corroborated by statistical analysis and stepwise multiple linear regressions integrating all or some of the experimental parameters.Afin de définir les facteurs favorisant la bioaccumulation de toxines paralysantes (PSP) par l'huître creuse, en estuaire de Penzé (Bretagne nord) des expérimentations ont été réalisées à partir d'un système automatisé. Chaque expérience de 4 jours, sur 15 huîtres, était effectuée en circuit fermé et en eau de mer naturelle. Les huîtres étaient soumises individuellement à une alternance de régimes alimentaires toxiques (Alexandrium minutum) et non toxiques (Skeletonema costatum) selon une fréquence et des temps d'exposition simulant les effets de la marée sur le déplacement des lentilles d'eau colorée à A. minutum. Les paramètres testés ont été successivement : la concentration cellulaire en A. minutum (200, 5000 et 10 000 cell ml -1), les matières minérales (5 et 15 mg L -1 de vase ne comprenant plus que les particules inorganiques) et les salinités à basse mer et pleine mer (25 et 35 °/°°), soit des conditions correspondant aux épisodes d'eau colorées généralement observées sur site en juin, aux plus faibles coefficients. Les résultats des essais font apparaître une contamination des huîtres, en 4 jours, supérieure au seuil sanitaire (80 g STX equiv. 100 g -1 de chair) pour un régime constitué uniquement d'A. minutum à 20-200 cell ml -1 et pour un régime mixte constitué d'une alternance : A. minutum à 5000 cell ml -1 et S. costatum à 20 000 cell ml -1. Les bioaccumulations sont inférieures en 4 jours au seuil sanitaire pour une alternance A. minutum 200 cellules ml -1 et S. costatum 20 000 cell ml -1 et pour un régime constitué exclusivement d'A. minutum à 1000-10 000 cell ml -1. Dans ce dernier cas, il semble que la très faible bioaccumulation soit le résultat d'une inhibition partielle de la consommation, attestée par une production moindre de biodépôts et une activité de filtration (FTA) plus faible. L'ajout de matière minérale aurait un effet positif sur les cinétiques de bioaccumulation tandis que la salinité n'aurait pas de rôle prépondérant dans l'accumulation des toxines. Ces dernières observations ont été vérifiées statistiquement en utilisant un modèle de régression linéaire multiple "pas à pas" intégrant l'un ou l'autre des paramètres testés.EDP Sciences2004-04textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-400.pdfDOI:10.1051/alr:2004012https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/400/Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2004-04 , Vol. 17 , N. 2 , P. 207-214engEDP Sciences, IFREMER, IRD 2004info:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:4012010-04-01LANGUE:ENContamination of the Bay of Biscay by polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) following the T/V "Erika" oil spillTronczynski, JacekMunschy, CatherineMoisan, KarineGuiot, NadegeTruquet, IsabelleOlivier, NathalieMen, SophieFuraut, AudreyThe "Erika" oil spillNorth East AtlanticMarine molluscsSedimentsSuspended particulate matterWaterChemical contaminationAn investigation was carried out into the PAH chemical contamination resulting from the "Erika" tanker fuel spillage of December 1999 along the French coast of the Bay of Biscay. A qualitative and quantitative assessment was conducted of this contamination in water, suspended particulate matter, sediments, and in intertidal molluscs. The chemical composition of PAHs in pre-spill and post-spill samples was determined and used to distinguish the "Erika's" fuel as the source of PAHs in the coastal environment of the Bay of Biscay. Changes in concentrations of PAHs were also assessed. The GC-MS analysis made it possible to identify and quantify parent unsubstituted PAHs, alkyl-substituted PAHs (C-PAH) and sulfur heterocycle unsubstituted and alkyl substituted compounds (SPAH and C-SPAH). The results of this study demonstrated that heavily oil-contaminated shorelines, including beaches, rocky coasts as well as sandy sediments apparently became reservoirs of spilled fuel and these continued to contaminate seawater, suspended particulate matter and mussels with PAHs. These conclusions were home out by the following observations: (1) the Pattern changes in PAH composition after the "Erika" oil spill were consistent in all contaminated compartments (water, suspended particulate matter SPM, intertidal sediments and molluscs), (2) the compositional patterns of PAHs after the "Erika" oil spill in contaminated water, SPM, intertidal sediments and molluscs constantly included alkyl-substituted phenanthrenes, pyrenes, chrysenes and sulfur heterocycle compounds in higher relative abundances than those in the pre-spill samples of these compartments, (3) the relative abundances of different suites of PAHs at contaminated sites were similar to those of weathered "Erika" fuel, (4) consistent and visible temporal decline in concentrations for water, SPM and molluscs, (5) the geographical contiguity of the stations with high concentrations of PAHs in molluscs matched the extent of the shoreline contamination by the spilled fuel. The increase in the contamination levels before and after the spill, together with the significant change in the pattern of PAH composition provide evidence of the intense and long-term chemical contamination of the "Erika's" fuel and of the damage to natural marine resources resulting from such contamination by toxic oil components.La contamination chimique par des hydrocarbures aromatiques polycycliques, HAP, issus du fioul déversé par le pétrolier "Erika" en décembre 1999, a été étudiée le long des côtes françaises du golfe de Gascogne. L'évaluation qualitative et quantitative de cette contamination a été effectuée dans l'eau, dans les matières en suspension (MES), les sédiments et les mollusques intertidaux. La composition chimique des HAP a été déterminée dans les échantillons collectés avant et après le naufrage et utilisée pour identifier des HAP en provenance du fioul de l'"Erika" dans l'environnement côtier du golfe de Gascogne. Les changements de concentrations des HAP ont été également déterminés. Les analyses par CPG-SM ont permis l'identification et la quantification des HAP parents non-substitués (HAP), leurs dérivés alkylés substitués (C-HAP), ainsi que des hétérocycliques soufrés et leurs homologues alkylés (SHAP et C-SHAP). Les nappes et les poches du fioul se sont répandues et enfouies sur les côtes maritimes fortement touchées, sur des sites tels que des plages, des côtes rocheuses ainsi que dans certains sédiments sablonneux. Celles-ci ont vraisemblablement constitué des réservoirs durables du fioul et les résultats de notre étude indiquent qu'ils ont continué, longtemps après le naufrage, à contaminer l'eau de mer, les matières en suspension et les mollusques par des HAP. Ces conclusions ont été obtenues suite aux observations suivantes : (1) après le naufrage de l'"Erika" les changements de la composition et des empreintes des HAP déterminés dans tous les compartiments contaminés (eau, MES, sédiments intertidaux et mollusques) ont été similaires, (2) après le naufrage de l'"Erika", on retrouve régulièrement dans tous les compartiments contaminés les phénanthrènes, pyrènes/fluoranthènes, et chrysènes alkylés ainsi que les hétérocycliques soufrés dans des proportions relatives plus importantes que dans les échantillons de même compartiment avant le naufrage, (3) sur les sites contaminés, les proportions relatives des différents groupes des HAP ont été similaires à celles caractéristiques du fioul de l'"Erika" vieilli dans l'environnement, (4) les tendances temporelles des niveaux en HAP concordantes ont été observées dans l'eau de mer, MES et mollusques, (5) les positionnements géographiques des stations avec forte contamination des mollusques par des HAP correspondent bien à l'intensité de la contamination des côtes par le fioul déversé. En conséquence, il apparaît qu'aussi bien l'augmentation des niveaux de la contamination que le changement significatif de la composition des HAP après le naufrage fournissent l'évidence d'une contamination chimique forte et de longe durée par le fioul de l'"Erika", et que la contamination par des composés toxiques du fioul entraîne des dommages aux ressources naturelles. EDP Sciences2004-07textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-401.pdfDOI:10.1051/alr:2004042https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/401/Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2004-07 , Vol. 17 , N. 3 , P. 243-259engEDP Sciences, IFREMER, IRD 2004info:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:4022010-04-01LANGUE:ENNickel and vanadium contamination of benthic invertebrates following the "Erika" wreckChiffoleau, Jean-francoisChauvaud, LaurentAmouroux, DavidBarats, AurélieDufour, AuréliePecheyran, ChristopheRoux, NathalieMonitoringScallop shellOysterMusselVanadiumNickelOil spillLevels of nickel and vanadium, trace metals found in high concentration in the oil spilled from the "Erika" tanker off Brittany (France) in December 1999 (41 +/- 1 and 87 +/- 3 mg kg(-1) respectively), have been monitored over a one-year period following this accidental event in several benthic invertebrates. Ni and V in mussels (Mytilus edulis) and oysters (Crassostrea gigas) soft tissues were analysed twice a month by graphite furnace atomic absorption spectrometry and a scallop (Pecten maximus) shell daily growth bands were sampled every three bands by laser ablation and analysed by ICP-MS for these two contaminants. Survey data for mollusc tissues were compared with reference data arising from the national monitoring database. Ni concentrations in dried tissues, comparable with reference data (1.8 +/- 0.9 mug g(-1) in mussels and 1.2 +/- 0.5 mug g(-1) in oysters) do not show any additional input during the whole period. Conversely, a sharp increase in vanadium concentrations (up to 4.6 and 3.2 mug g(-1d) for mussels and oysters respectively) is observed around May 2000, i.e. 5 months after the wreck, compared with the monitoring data (1.4 +/- 0.6 mug g(-1) in mussels and 1.3 +/- 0.6 mug g(-1) in oysters). Furthermore, no Ni peak is detectable in the time profiles of scallop shell growth bands where a V peak is observed also in May 2000. This study shows that although a "mussel-watch-type" network, based on the monitoring of vanadium concentration in mollusc tissues, is able to identify contamination due to oil spills, similar information might be obtained a posteriori by analysing daily growth bands of scallop shells.Les concentrations en nickel et en vanadium, métaux traces présents en quantité importante dans le fioul échappé du pétrolier "Erika" au large de la Bretagne (France) en décembre 1999 ( et mg kg -1 respectivement) ont fait l'objet d'un suivi d'un an après le naufrage chez quelques invertébrés benthiques. Ni et V ont été analysés deux fois par mois dans les tissus mous de moules (Mytilus edulis) et d'huîtres (Crassostrea gigas) par absorption atomique à four graphite et tous les trois jours dans les stries journalières de croissance des valves d'une coquille Saint-Jacques (Pecten maximus) par ICP-MS après ablation laser. Les données obtenues pour les tissus de mollusques ont été comparées avec les valeurs de références fournies par le programme national de surveillance. Durant toute la période d'étude, on n'observe pas d'apport occasionnel en nickel, dont les concentrations dans la chair séchée sont comparables aux valeurs de référence ( g g -1 chez les moules et g g -1 chez les huîtres). En revanche, une élévation importante des concentrations en vanadium (jusqu'à 4,6 et g g -1 chez les moules et les huîtres respectivement) comparées aux donnés de la surveillance ( g g -1 chez les moules et g g -1 chez les huîtres), est observée en mai 2000, soit 5 mois après le naufrage. De la même manière, aucun pic de nickel n'a été détecté dans les profils temporels de stries journalières de coquille de pectinidé alors qu'un pic de vanadium est observable en mai 2000. Cette étude montre qu'un réseau d'observation de type "mussel-watch" basé sur la surveillance des concentrations en vanadium dans les tissus de mollusques est apte à identifier une contamination due à une marée noire, et une information du même type pourrait être obtenue a posteriori en analysant les stries journalières des valves de coquilles Saint-JacquesEDP Sciences2004-07textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-402.pdfDOI:10.1051/alr:2004032https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/402/Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2004-07 , Vol. 17 , N. 3 , P. 273-280engEDP Sciences, IFREMER, IRD 2004info:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:4032010-04-01LANGUE:ENBiological effects of the "Erika" oil spill on the common mussel (Mytilus edulis)Bocquene, GillesChantereau, SebastienClerendeau, ChristelleBeausir, EmilieMenard, DominiqueRaffin, BernardMinier, ChristopheBurgeot, ThierryLeszkowicz, Annie PfohlNarbonne, Jean-françoisMytilus edulisMusselBiomarkersMonitoringSurveyPAHPolycyclic aromatic hydrocarbonOil spillA 3-year survey was made of several biological markers in mussels (Mytilus edulis) exposed in situ to the oil that came ashore after the wreck of the "Erika" tanker on the Brittany (France) coast in December 1999. The mussel response was assessed using a set of 7 biomarkers, most of them related to the metabolism of organic contaminants. After a series of validation tests, data was evaluated for only 5 biomarkers: acety1cholinesterase (AChE), glutathione S-transferase (GST), catalase (CAT), malondialdehyde (MDA) and deoxyribonucleic acid (DNA) adducts. No significant reductions in GST or CAT levels were observed, levels of DNA adducts and MDA were high during the 6 months immediately following the accident and levels of AChE were significantly lower during the first year of the survey suggesting a general stress. A simple multivariate graphic method, the integrated biomarker response index, was used to combine 4 of the 5 validated biomarkers and quantify the degree of impact on mussels at different sites. The results show that mussel populations were affected by the oil spill only during the first year after the event.Pendant trois ans, un suivi de plusieurs marqueurs biologiques a été engagé sur des populations de moules (Mytilus edulis) exposées au pétrole échoué après le naufrage de l'"Erika" sur les côtes bretonnes en décembre 1999. La réponse biologique du bivalve a été estimée à travers la mesure de 7 biomarqueurs qui, pour la plupart, sont issus des systèmes de métabolisation mis en place lors d'une exposition à ce type de contaminant. Après un exercice rigoureux de validation des données, les valeurs de glutathion S-transférases (GST), catalases (CAT), malondialdéhyde (MDA), adduits à l'ADN et d'activité acétylcholinestérase (AChE) ont été retenues pour l'établissement d'un bilan des effets. Aucune perturbation significative des activités GST et catalase n'a pu être mise en évidence alors que les niveaux d'adduits à l'ADN sont forts dans les premiers mois et que les teneurs en MDA sont élevées pendant les huit mois qui suivent l'accident. Les niveaux d'activité de l'acétylcholinestérase sont plus faibles la première année du suivi. En utilisant une méthode graphique intégrant les réponses multi-marqueurs, une échelle de couleurs a permis de quantifier l'impact biologique en fonction du temps. De manière générale, l'impact biologique du pétrole de l'"Erika" est faible et limité aux huit premiers mois du suivi. Face à ce type de contamination, les adduits à l'ADN et la mesure du niveau de MDA semblent deux marqueurs pertinents et informatifs. La base de données établie au cours de cette étude a valeur de référence. EDP Sciences2004-07textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-403.pdfDOI:10.1051/alr:2004033https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/403/Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2004-07 , Vol. 17 , N. 3 , P. 309-316engEDP Sciences, IFREMER, IRD 2004info:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:4042010-04-01LANGUE:ENLink between exposure of fish (Solea solea) to PAHs and metabolites: Application to the "Erika" oil spillBudzinski, HélèneMazeas, OlivierTronczynski, JacekDesaunay, YvesBocquene, GillesClaireaux, GuyGas chromatography mass spectrometryFishPAH metabolitesAn analytical method consisting in enzymatic deconjugation, solid phase extraction and purification, and gas chromatography/mass spectrometry analysis after derivatization was used in this study to quantify Polycyclic Aromatic Hydrocarbon (PAH) metabolites in the bile of fish. The method has been applied in a laboratory experiment studying the fate of pyrene in basin containing soles. This study has allowed the identification of 1-hydroxypyrene as the single metabolite in bile after enzymatic deconjugation. In a second time, 1-hydroxypyrene has been used as a biomarker of exposure in the case of the "Erika" oil spill. This biomonitoring was successful in demonstrating the exposure of juvenile soles to PAHs present in the "Erika" fuel oil.Dans cette étude, a été utilisée une méthode analytique, consistant en différentes étapes de déconjugaison enzymatique, d'extraction et de purification de la phase solide, et enfin d'analyse par chromatographie en phase gazeuse/spectrométrie de masse, après dérivation, pour quantifier les métabolites d'hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP) présents dans la bile de poisson. La méthode a été appliquée expérimentalement à l'étude du devenir du pyrène chez des soles maintenues en bassins. Cette étude a permis l'identification du 1-hydroxypyrène comme unique métabolite de la bile après déconjugaison enzymatique. Dans un second temps, le 1-hydroxypyrène a été utilisé chez la sole comme biomarqueur de l'exposition dans le cas de la marée noire de l'"Erika". Ce bio-suivi a démontré l'exposition des juvéniles de soles aux HAP présents dans le fioul de l'"Erika". EDP Sciences2004-07textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-404.pdfDOI:10.1051/alr:2004040https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/404/Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2004-07 , Vol. 17 , N. 3 , P. 329-334engEDP Sciences, IFREMER, IRD 2004info:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:4052010-04-01LANGUE:ENInfluence of oil exposure on the physiology and ecology of the common sole Solea solea: Experimental and field approachesClaireaux, GuyDesaunay, YvesAkcha, FaridaAuperin, BenoîtBocquene, GillesBudzinski, HélèneCravedi, Jean-pierreDavoodi, FaribaGalois, RobertGilliers, CamilleGoanvec, ChristelleGuerault, DanielImbert, NathalieMazeas, OlivierNonnotte, GuyNonnotte, LilianePrunet, PatrickSebert, PhilippeVettier, AuréliePhysiological ecologyCommon soleComplex system approachOil spillEvaluating the ecological impact of an oil spill is a complex issue requiring coherently articulated examination of the sequence of interactions that link the cell, where contaminants exert their effects, to the ecosystem, where interactions with human activities arise. This sequence of interactions traverses the frontiers between scientific disciplines (chemistry, toxicology, physiology, and fisheries ecology). Using the common sole (Solea solea L.) as a model species for the coastal habitats polluted by the "Erika" oil spill, our research project attempted to define indices of functional integrity that characterised the consequences of fuel exposure at the different biological levels. The coupling of field observations with experimental laboratory work revealed how functional alterations which are readily observable within individuals and their organs are progressively obscured as investigation progresses towards more complex organisational levels. Some of the approaches and indices are proposed as instruments for evaluating the impact of contamination by hydrocarbons.L'évaluation des conséquences écologiques d'une marée noire est un problème complexe qui requiert un examen articulé et cohérent de la chaîne d'interactions qui relie l'échelle cellulaire, à laquelle agit le contaminant, à l'échelle écosystémique, où se situent les interactions avec les activités humaines. Cette chaîne d'interactions traverse les frontières des disciplines scientifiques (chimie, toxicologie, physiologie, écologie halieutique). En prenant la sole (Solea solea L.) comme espèce cible - espèce caractéristique des habitats côtiers pollués par l'"Erika" - le programme de recherche ECTOPHY est une première tentative de mise en place d'une approche multidisciplinaire visant à définir, valider et mettre en relation des indicateurs d'intégrité fonctionnelle caractérisant les différents niveaux biologiques. Le couplage d'observations in situ avec des expositions en milieu contrôlé a montré que des pertes de fonctionnalité évidentes et durables à l'échelle de l'individu sont masquées à l'échelle de la population. Certaines des approches (in situ ou expérimentale) et certains des indicateurs testés peuvent être proposés comme instruments utilisables dans le cadre d'évaluation d'impact de pollutions par des hydrocarbures. EDP Sciences2004-07textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-405.pdfDOI:10.1051/alr:2004043https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/405/Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2004-07 , Vol. 17 , N. 3 , P. 335-351engEDP Sciences, IFREMER, IRD 2004info:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:4062019-09-17LANGUE:ENMarteiliosis in molluscs: A reviewBerthe, FranckLeroux, FrederiqueAdlard, RobertFigueras, AntonioParamyxean parasitesDiagnosisPathologyEpidemiologyTaxonomyAmong mollusc pathogens, paramyxeans are an important group of protistan parasites belonging to the genera Marteilia and Marteilioides. Martelia refringens and M. sydneyi are of particular concern given their potential impact on mollusc aquaculture world-wide. Aber disease and QX disease are currently listed by the OIE, the World Organisation for Animal Health. After more than thirty years of existence in the scientific literature, these organisms still pose questions and research challenges to investigators. This paper reviews current knowledge of the group and key references. The review was focused on taxonomy, epidemiology, pathology and potential control methods for these organisms in order to enhance understanding of paramyxean infection issues in mollusc aquaculture.Au nombre des agents pathogènes des mollusques, les paramyxéens, notamment les agents appartenant aux genres Marteilia et Marteilioides, sont des protistes parasites des plus importants. Marteilia refringens et M. sydneyi constituent un souci majeur compte tenu de leur impact potentiel sur la conchyliculture dans le monde. La maladie des Abers et la maladie du Queensland (QX) sont actuellement répertoriées par l'Office International des Epizooties. Après plus de trente années d'existence dans la littérature scientifique, ces organismes posent encore questions et défis aux investigateurs. Cet article fait l'état des connaissances sur le sujet en s'attachant plus particulièrement à la taxonomie, l'épidémiologie, la pathologie et les méthodes potentielles de contrôle de ces organismes dans l'optique d'une meilleure compréhension de la problématique des paramyxéens en conchyliculture.EDP Sciences2004-10textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-406.pdfDOI:10.1051/alr:2004051https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/406/Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2004-10 , Vol. 17 , N. 4 , P. 433-448engEDP Sciences, IFREMER, IRD 2004info:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:4072010-04-01LANGUE:ENBacterial disease in marine bivalves, a review of recent studies: Trends and evolutionPaillard, ChristineLeroux, FrederiqueBorrego, JuanDiagnostic toolsVirulence factorsPathogenicityPathogenesisEtiologyBivalve molluscVibriosisThe main microbial diseases affecting marine cultured bivalves have been revised on the basis of the etiologic agents, pathogenesis and pathogenicity. Several recent bivalve-interaction models have been studied, including Pecten larvae-Vibrio pectinicida, brown ring disease, juvenile oyster disease, Pacific oyster nocardiosis and summer mortalities of oysters. In addition, the taxonomy and phylogeny of new potential bivalve pathogens and their virulence factors have been established. Facing the difficulty of identifying bacterial strains associated with molluscan diseases (mainly vibriosis), polyphasic approaches have been developed to correlate the phenotype and genotype of potential pathogens. By evaluating likely virulence mechanisms, developing biotests to screen virulent strains and characterising the genes implicated in pathogenesis, a new generation of diagnostic tools, based on potential virulence, will be developed. Acquisition of pertinent diagnostic tools will be of major benefit in disease management, health surveillance and monitoring will contribute to maintaining sustainable aquaculture industries.Les principales maladies bactériennes affectant les bivalves marins aquacoles ont été synthétisées en se basant sur trois aspects, la démarche étiologique, l'étude de la pathogenèse et le mode d'action du pathogène. Plusieurs modèles d'interactions chez les bivalves ont été récemment étudiés, tels que Pecten-Vibrio pectinicida, la maladie de l'anneau brun chez les palourdes japonaises, la maladie des juvéniles d'huîtres américaines, la Nocardiose et les mortalités estivales chez les huîtres du pacifique. Ainsi, la taxonomie et la phylogénie de ces nouveaux pathogènes ont pu être établis et des facteurs de virulence identifiés. Face à la difficulté d'identification des souches bactériennes associées aux maladies des mollusques (principalement des vibrioses), une approche polyphasique a été développée afin de corréler le phénotype et le génotype des pathogènes potentiels. Des bio-tests utilisant toute une nouvelle génération d'outils sont en cours de développement afin de cribler les souches virulentes, d'évaluer les mécanismes potentiels de virulence et de caractériser les gènes impliqués dans la pathogenèse. L'acquisition de ces outils diagnostics permettra de mieux contrôler l'état sanitaire des bivalves aquacoles et contribuera ainsi à maintenir toute une filière industrielle conchylicole performante.EDP Sciences2004-10textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-407.pdfDOI:10.1051/alr:2004054https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/407/Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2004-10 , Vol. 17 , N. 4 , P. 477-498engEDP Sciences, IFREMER, IRD 2004info:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:4082019-09-17LANGUE:ENMicrocell parasites of oysters: Recent insights and future trendsCarnegie, RyanCochennec, NathalieMikrocytosBonamiaMicrocellOur understanding of the microcell oyster parasites of the genera Bonamia and Mikrocytos has expanded in recent years with the application of ultrastructural and especially molecular biological research approaches. Molecular phylogenetic analyses of SSU rRNA genes have united three species, Bonamia ostreae, Bonamia exitiosa, and Mikrocytos (now Bonamia) roughleyi, in a microcell clade within the Haplosporidia, supporting both early and recent ultrastructural observations. Ultrastructural and molecular phylogenetic evidence has emerged that Mikrocytos mackini, on the other hand, is a unique protist with unusual adaptations for a parasitic existence. DNA probes and polymerase chain reaction (PCR) assays promise new insights into the life cycles, transmission, and diversity of these organisms. The development of Ostrea edulis lines selected for B. ostreae resistance will increase the viability of aquaculture industries for this species and, combined with rapidly developing biotechnological approaches for studying host defenses and host-parasite interactions, will allow greater insight into the nature of phenomena such as resistance and tolerance to disease in oysters.EDP Sciences2004-10textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-408.pdfDOI:10.1051/alr:2004055https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/408/Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2004-10 , Vol. 17 , N. 4 , P. 519-528engEDP Sciences, IFREMER, IRD 2004info:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:4092010-04-01GROUP:MANIOCGROUP:NEWCALEDONIALANGUE:ENDesigning indicators for assessing the effects of marine protected areas on coral reef ecosystems: A multidisciplinary standpointPelletier, DominiqueGarcia Charton, JoseFerraris, JocelyneDavid, GilbertThebaud, OlivierLetourneur, YvesClaudet, JoachimAmand, MarionKulbicki, MichelGalzin, RenéCoastal managementCoral reef ecosystemsPluridisciplinaryEcological, economic and social indicatorsMarine Protected AreasThe present paper aims at identifying and assessing indicators of the effects of Marine Protected Areas (MPAs) in coral reef regions, based on a bibliography review in ecology, economics and social sciences. First the various effects Studied within each of these domains and the variables used to measure them were censused. Potential ecological indicators were assessed through their link with the question used (here termed "relevance") and their "effectiveness" which encompasses the issues of precision, accuracy and statistical power. Relevance and effectiveness were respectively measured by the frequency of use of each indicator and the proportion of significant results in the reviewed articles. For social and economic effects, the approach was not possible due to the low number of references: we thus discussed the issue of finding appropriate indicators for those fields. Results indicate: 1- the unbalance in literature between disciplines: 2- the need for protocols and methodologies which include controls in order to assess MPA effects: 3- an important proportion of ecological indicators with low effectiveness: 4- the large number of ecological effects still not studied or not demonstrated at present.Cet article vise à identifier des indicateurs de l'effet des aires marines protégées (AMP) en milieu corallien, sur la base d'une synthèse bibliographique dans les domaines écologiques, économiques et sociaux, et principalement en milieu corallien. Nous recensons d'abord les différents effets attendus des AMP pour chacun des domaines, et les variables retenues pour les étudier. Les indicateurs écologiques potentiels sont évalués au travers de leur lien avec l'effet étudié (ici appelé "pertinence") et de leur "efficacité" qui regroupe les notions de précision, justesse et puissance statistique. Pertinence et efficacité sont respectivement mesurées par la fréquence d'utilisation et la proportion de résultats significatifs trouvés dans les articles recensés. Pour les aspects économiques et sociaux, le faible nombre de références ne permet pas une approche comparable à celle utilisée pour les indicateurs écologiques, et nous discutons donc de la question de l'identification d'indicateurs, et suggérons quelques pistes de recherche. Les principales conclusions de ce travail sont: i) le décalage entre les nombres de publications entre disciplines; ii) la nécessité de protocoles et méthodologies incluant des situations de contrôle pour évaluer les effets des MPA; iii) la faible efficacité de nombreux indicateurs écologiques; et iv) le nombre élevé d'effets peu ou pas étudiés ou démontrés à l'heure actuelle.
EDP Sciences2005textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/publication-409.pdfDOI:10.1051/alr:2005011https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/409/Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2005 , Vol. 18 , N. 1 , P. 15-33engEDP Sciences, IFREMER, IRD 2005info:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
oai:archimer.ifremer.fr:4102010-04-01LANGUE:ENImpact of aquaculture on the genetic structure of Mediterranean populations of DicentrarchusBahri Sfar, LiliaLemaire, ChristopheChatain, BeatriceDivanach, PascalBen Hassine, Oum KalthoumBonhomme, FrancoisDicentrarchus labraxFarmed populationsEscapeesMolecular markerA phylogeographic analysis based on 6 polymorphic microsatellites was performed on 15 sea bass samples. five from Western Mediterranean, seven from Eastern Mediterranean and three coming from French aquaculture stocks. Among the eastern samples, three did not cluster according to their geographic origin but rather with the occidental group. Furthermore. a somewhat lower allelic diversity was observed within these particular samples, indicating that they originated from a limited number of progenitors of foreign origin. Among the aquaculture stocks, only one revealed a significant reduction of genetic variability, indicating that these stocks are largely outbred and open to wild fishes. The fact that the use of occidental fingerlings to seed broodstocks in the eastern basin facilities dates back to the early 80s at the latest poses the question of the biological mechanisms explaining the maintainance of fish from occidental origin within an oriental context for two or three generations.Une analyse phylogéographique de quinze échantillons de Dicentrarchus labrax dont cinq sont originaires de Méditerranée occidentale, sept de Méditerranée orientale et trois échantillons d'élevage en provenance de trois piscicultures françaises a été effectuée à partir du polymorphisme de six locus microsatellites. Parmi les échantillons orientaux, trois ne se regroupent pas en fonction de leur origine géographique, mais plutôt avec le groupe occidental. Ces échantillons présentent également une diversité allélique légèrement réduite, indiquant qu'ils proviennent d'un nombre limité de géniteurs d'origine occidentale. Parmi les stocks d'élevage, un seul montre une réduction significative de la variabilité génétique, ce qui indique que ces cheptels sont ouverts et font largement appel à des géniteurs sauvages. L'utilisation d'alevins d'origine occidentale pour ensemencer les premières fermes d'élevage du bassin oriental remonte au plus tard au début des années 80. Ceci soulève la question des mécanismes biologiques expliquant le maintien de poissons d'origine occidentale dans un contexte oriental pendant au moins deux ou trois générations.
EDP Sciences2005textArticleinfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://archimer.ifremer.fr/doc/2005/publication-410.pdfDOI:10.1051/alr:2005007https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/410/Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2005 , Vol. 18 , N. 1 , P. 71-76engEDP Sciences, IFREMER, IRD 2005info:eu-repo/semantics/openAccessrestricted use
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