Note
Les tools box compilés avec intel sont utilisés avec MARS
Compilation sur Caparmor avec intel¶
module purge ; module load intel-comp/12.1.5 gsl/1.15-intel-12.1.5 proj/4.8.0-intel-12.1.5
# patch for gsl/1.15-intel-12.1.5 config bug
setenv CPATH ${CPATH}:$INCLUDE_PATH
set NETCDF_PATH=/home13/caparmor/previmer/op/bin/netcdf4.1.2
set CMAKE_LIBRARY_PATH = $LD_LIBRARY_PATH
- Compilation des poc-solvers
mkdir -p /home1/caparmor/vgarnier/TOOLS/TTB/TTB_intel/poc-solvers
cd /home1/caparmor/vgarnier/TOOLS/TTB/TTB_intel/poc-solvers
test icc:
d'après le README mkdir cmade cd cmade cmake ../../../SRC/poc-solvers/src ne marche pas donc on fait echo "void main(){umfpack_di_solve(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0);umfpack_zi_symbolic(0,0,0,0,0,0,0,0,0);umf_i_free(0);}" >test.c icc -c test.c -o test.o icc test.o -o test /appli/SuiteSparse/4.0.0-intel12.1.5/lib/lib{umfpack,amd,cholmod,colamd,suitesparseconfig,cxsparse}.a -lrtcreation des librairies:
set SRC=/home1/caparmor/vgarnier/TOOLS/TTB/SRC/poc-solvers/src foreach f (solver convert convertz read_mat) foreach? icc -DLAPACK -DUMFPACK -I/appli/SuiteSparse/4.0.0-intel12.1.5/include -o ${f}.o -c ${SRC}/${f}.c foreach? end mkdir lib ar cr lib/libpoc-solver.a solver.o convert.o convertz.o read_mat.o echo /appli/SuiteSparse/4.0.0-intel12.1.5/lib/lib{umfpack,amd,cholmod,colamd,suitesparseconfig,cxsparse}.a /appli/intel/Compiler/12.1.5/mkl/lib/intel64/libmkl_lapack95_ilp64.a -lmkl_rt -openmp -L$MKL_PATH -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lpthread -lm >lib/poc-solvers.LDFLAGS
- creation des includes::
- mkdir include cp -v $SRC/{cs.h,matrix_io.h,solverlib.h,UFconfig.h} include/
- Compilation des tools
cd /home1/caparmor/vgarnier/TOOLS/TTB/SRC/tools
autoreconf -si
mkdir -p /home1/caparmor/vgarnier/TOOLS/TTB/TTB_intel/tools
cd /home1/caparmor/vgarnier/TOOLS/TTB/TTB_intel/tools
../../SRC/tools/configure POCSOLVERBUILDDIR=/home1/caparmor/vgarnier/TOOLS/TTB/TTB_intel/poc-solvers/cmade CC=icc CXX=icpc FC=ifort LDFLAGS=-L$NETCDF_PATH/lib LIBS=”-lhdf5_hl -lhdf5 -lz” CPPFLAGS=”-I$NETCDF_PATH/include -I/home3/caparmor/dallain/softs/gcc/proj-4.8.0/include”
avec –prefix=/where/to/install si on veut et alors faire make install après la compilation
make -kj8 (plusieurs fois pour ne garder que les erreurs et pas grave si convert3d,mesh-topo ne compilent pas)
(-k permet de ne pas s’arrêter aux erreurs)(-j8 on compile en parallele sur 8 procs)pour accéder aux tools:: setenv PATH /home1/caparmor/vgarnier/TOOLS/TTB/TTB_intel/tools/objects:$PATH