Analyses offline¶
L’analyse offline consiste à exploiter les outils Tidal Tool Box à partir de fichiers de sortie de MARS (ou NEMO, Symphonie, ROMS...)
Note
- Pour utiliser les commandes TTB avec INTEL
il est nécessaire de charger les modules suivants:
module purge ; module load intel-comp/12.1.5 gsl/1.15-intel-12.1.5 proj/4.8.0-intel-12.1.5
et d’ajouter ce répertoire dans ces PATH:
setenv PATH /home1/caparmor/vgarnier/TOOLS/TTB/TTB_intel/bin:${PATH} ou setenv PATH /home1/caparmor/vgarnier/TOOLS/TTB/TTB_intel/tools/objects:${PATH}
Note
- Pour utiliser les commandes TTB avec GCC
il est nécessaire de charger les modules suivants:
module purge ; module load gcc/4.8.0 nco/4.4.2_gcc-4.8.0
et d’ajouter ce répertoire dans ces PATH:
setenv LD_LIBRARY_PATH /home3/caparmor/dallain/softs/gcc/proj-4.8.0/lib:${LD_LIBRARY_PATH} setenv PATH /home1/caparmor/vgarnier/TOOLS/TTB/TTB_gcc/tools/objects/:${PATH}
Warning
Pour les analyses offline, il est préférable d’utiliser la librairie TTB compilée avec gcc.
(Sinon, il y a un Bus error lors du detiding sauf si on précise setenv OMP_NUM_THREADS 1)
La documentation générale des outils d’analyse de Tidal Tool Box est disponible sous XXXX site internet et sous répertoire XXXX
Description des ondes¶
showarg
Temps de séparation entre deux ondes¶
showarg M2 "M(SK)2"
Création des atlas¶
Créer un atlas quand tous les records sont dans le même fichier:
comodo-detidor /temp/vgarnier/MANGAE2500/RSH4/S5/champs_V10.8_AGRIF.nc --variable-mask --only-atlases -a -v M2 K1 S2 O1 N2 P1 K2 Q1 L2 M4 MS4
Créer un atlas dans le cas d’un fichier par record (attention il faut la grille ou la spécifier dans les arguments):
comodo-detidor -l list_files.txt --variable-mask --only-atlases -a -v XE -d M2 K1 S2 O1
Warning
- Mettre la liste des ondes par ordre décroissant d’amplitude.
- Plus la durée d’analyse est courte moins on peut mettre d’ondes. Utiliser showarg pour voir quelles ondes peuvent être séparées en fonction de la durée d’analyse.
- La durée du jeu analysé doit être au moins deux fois supérieure au temps maximal de séparation des ondes.
Exemple, pour une analyse sur 11 jours, il ne faut traiter que les ondes suivantes: K1 O1 M2 S2 et surtout ne pas mettre N2 ou L2
Detiding¶
Detiding : élimination de différentes composantes de marée (à partir de la création d’un atlas).
Pour detider un champs et sortir un point de contrôle:
comodo-detidor -l list_files.txt --variable-mask -a -c control.dat -v XE -d M2 K1 S2 O1
avec le fichier control.dat précisant le nombre de points de contrôle et leur position (longitude,latitude):
1
-6 48
Cette commande fournit différents champs de sorties:
- detided-XE-PREVIMER_F1-MARS3D-MANGAE2500_20111010T2300Z.nc,...: champs détidé
- constants-XE-18840.txt: pour chaque onde, amplitude et phase du signal initial et détidé
- series-XE-18840.txt: champs initial et détidé en fonction du temps (jours)
- signal-fft-XE-18840.txt: signal fft pour chaque onde en fonction du temps (1/2 période d’analyse) du signal initial
- residuals-fft-XE-18840.txt: signal fft pour chaque onde en fonction du temps (1/2 période d’analyse) du champ résifuel
- control.gplt
La visualisation du signal détidé peut se faire via python (VACUMM):
import matplotlib
matplotlib.use('qt4agg')
import numpy as N
import matplotlib.pyplot as P
time,signal,residual = N.loadtxt('series-U-18839.txt', unpack=True)
P.figure()
P.plot(time,signal,time,residual)
P.show()
Warning
La commande comodo_detidor doit se terminer par l’argument -v WAVE
Prediction¶
L’outil predictor effectue une prédiction du niveau (ou du champs de vitesse barotrope) à partir des atlas marégraphiques.
predictor -p control.dat -a WAVE-XE-atlas.nc -v XE_a XE_G -s 01/01/2000 -f 01/02/2000 -w Q1 O1 P1 K1 N2 M2 S2 K2 L2 M4 MS4
avec le fichier control.dat précisant le nombre de points de contrôle et leur position (longitude,latitude):
1
-6 48
Admittance¶
L’outil admittance étend les atlas par la méthode des admittances.
comodo-admittance -a WAVE-XE-atlas.nc -v XE_a XE_G N2 M2 L2 K2
Le calcul des admittances passe par une interpolation linéaire, la fréquence désirée doit donc être encadrées par deux ondes (d’amplitude élevée ???) pour une meilleure précision.
Budget d’énergie¶
L’outil energy effectue un bilan d’énergie.
comodo-energy bathy_rank0.nc H0 WAVE-VAR-atlas.nc XE U V M2
Ellipse¶
- L’outil ellipse
- ellipse bathy_rank0.nc H0 WAVE-VAR-atlas.nc U V M2
Modification de la convention des longitudes des fichiers ATLAS¶
Pour passer de longitude 0:360 à -180:180
tides-converter /home11/caparmor/mars/DATA/TIDES/FES2012/M4.FES2012.elev.nc -xmin -180 -xmax 180 -o /home11/caparmor/mars/DATA/TIDES/FES2012/M4.FES2012.elev_180.nc
Concaténer des fichiers synchrones¶
Particulièrement utile pour les radars avec 144 records par jour
Spécifier les dates dans le scripts suivant:
#!/bin/sh
BIN=/home1/caparmor/vgarnier/TOOLS/TTB/TTB_intel/tools/objects
#-------------------------------------------------------------------------------
#
# concatenate radar frames in a per day file
#
#-------------------------------------------------------------------------------
FIRST=2011244
LAST=2011273
INPUT_DIR=/PATH
CMD=$BIN/concatenator
# CMD=echo
DAY=$FIRST
while (( DAY < LAST )) ; do
echo $DAY
$CMD $INPUT_DIR/$DAY*_BRE.nc ./${DAY}_VIG_TR_C2D_CRAD_FILT_BRE.nc
$CMD $INPUT_DIR/$DAY*_GAR.nc ./${DAY}_VIG_TR_C2D_CRAD_FILT_GAR.nc
(( DAY=DAY+1 ))
(( COUNT=COUNT+1 ))
done
Detiding des données de radar Garchine et Brezellec¶
#——————————————————————————-
# perform analysis
#——————————————————————————-
processing-a:
$BIN/radar-detidor –spectrum DEEP -s 01/09/2011 -f 30/09/2011 -c “YYYYNNN_VIG_TR_C2D_CRAD_FILT_GAR.nc YYYYNNN_VIG_TR_C2D_CRAD_FILT_BRE.nc” –reformat=yes
processing-b:
$BIN/radar-detidor –spectrum DEEP -s 01/09/2011 -f 30/09/2011 -c “YYYYNNN_VIG_TR_C2D_CRAD_FILT_GAR.nc YYYYNNN_VIG_TR_C2D_CRAD_FILT_BRE.nc” –reformat=yes -flag flag
processing-c:
$BIN/radar-detidor –spectrum COASTAL -s 01/09/2011 -f 30/09/2011 -c “YYYYNNN_VIG_TR_C2D_CRAD_FILT_GAR.nc YYYYNNN_VIG_TR_C2D_CRAD_FILT_BRE.nc” –reformat=yes -flag flag
processing-d:
$BIN/radar-detidor –spectrum DEEP -s 01/09/2011 -f 30/09/2011 -c “YYYYNNN_VIG_TR_C2D_CRAD_FILT_GAR.nc YYYYNNN_VIG_TR_C2D_CRAD_FILT_BRE.nc” –reformat=yes –min_reduction “30 30”
Etape I: (processée sauf si –analysis=no
- radar#1-2011.09.01-2011.09.30.nc: concatenation des fichiers netcdf d’entrée( –reformat=yes)
- radar#1-M2.nc : cst harmonique vitesse radiale
- radar#1-analysis.nc : stats et vitesse radiale detidée
- Etape II: recombinaison en vitesse 2D zonale et meridienne pour les harmoniques et le residual
- radar-M2.nc
- radar-detided.nc