L'application BIOCEAN est un ensemble de six logiciels et d'une base de données qui permet de centraliser les données scientifiques multidisciplinaires récoltées au cours des études sur les écosystèmes profonds. Deux des logiciels ("Alamer Campagne" et "Alamer Plongée") sont utilisés à bord des navires de recherche pour recenser les metadonnées, alors que les quatre autres ("EchangeTerre/Mer", "Gescol", "Bioclass", "Donenv") sont liés à la base de données et sont utilisés au laboratoire pour l'insertion et la saisie des données de post-traitement (biologie, chimie, physique).
Les nouveautés 2004 : Le logiciel DONENV est en fonction, il permet la saisie des données environnementales ; une publication a été soumise à la revue Marine Ecology Progress Series et l'application BIOCEAN a été présentée lors de la réunion internationale OBI (Ocean Biogeography Information) à Hamburg en Novembre 2004.
En 2004, un gros travail d'insertion de données a été effectué car six campagnes ont été traitées : Atos (17 plongées ROV), Arquipelago (récupération de 3 lignes de mouillages), Phare (20 plongées ROV), Biozaire 3 (158 opérations de surface), Nautinil (22 plongées Nautile), Nodinaut (14 plongées Nautile, 73 opérations de surface).
Depuis décembre 2004 la base de données est accessible sur Internet :