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Biologie Moléculaire et détection des micro-algues toxiques

Les outils de biologie moléculaire sont devenus des moyens performants de plus en plus utilisés dans le diagnostic spécifique et même intra-spécifique des organismes. Ils reposent sur la connaissance du génome des organismes recherchés. Chaque organisme possède dans son génome des enchaînements de nucléotides dans un ordre bien spécifique qui permettent de définir des sondes oligonucléotidiques utilisées en détection.

Pour les espèces toxiques de phytoplancton, le développement de sondes oligonucléotidiques implique d’abord des études de génomique descriptive car les informations disponibles sur les génomes de ces micro-organismes sont insuffisantes. La recherche et l’analyse de séquences pertinentes pour la définition de sondes moléculaires dans le génome des micro-algues constituent donc une part importante de l’activité biologie moléculaire au sein du service ERT/IC. Pour la même raison la spécificité des marqueurs moléculaires identifiés ne peut se faire uniquement in silico (BLAST) du fait du manque de données comparatives et nécessite un contrôle expérimental par hybridation avec une collection de référence d’ADNs de microalgues. Chaque espèce doit être étudiée séparément. Ce travail exige de longs développements et de nombreux contrôles avant d’aboutir à des signatures spécifiques.

La recherche de marqueurs spécifiques est développée essentiellement dans le cadre d’un programme bio-capteur (projet ANR, HAB-SEACHIP). Des applications en laboratoire sont également expérimentées. Certains de ces marqueurs sont au point pour la détection d’espèce par PCR classique dans des prélèvements. Leur utilisation en PCR en temps réel fait l’objet de mises au point et devra permettre la mesure des concentrations cellulaires dans les prélèvements.

Mise en évidence d’Alexandrium catenella (SCAR 674) et de Pseudo-nitzschia calliantha (SCAR 431, 731 et 681) dans des échantillons d’eau de mer : 1, 2, 3, 4 (étang de Thau); 5, 6, et 7 (Concarneau).
(Bornet B. et al., 2005 , Journal of Phycology, 41, 704-711)