ECOTHAULe premier dentre eux a été le programme ECOTHAU (1986-1989, programme PIREN, Amanieu et al., 1989) qui a permis dexplorer la nature et la stabilité des structures spatio-temporelles de nombreuses variables caractéristiques des différents compartiments de lécosystème. Ces travaux ont tout dabord permis de renouveler les concepts et les solutions de léchantillonnage simultané de variables écologiques (Legendre et al., 1989). Le fonctionnement hydrodynamique de la lagune a été simulé pour la première fois (Millet 1989, Rosello-Tournoud 1991) et lemprise des processus physiques sur la structuration des processus biologiques a été mise en évidence (Jarry et al. 1990, Jouffre et al. 1991, Millet & Cecchi 1991, Troussellier et al. 1993). Cest aussi à lissue de ce programme que des premiers modèles statistiques ont été élaborés pour tenter danalyser les relations entre les variations de certaines variables clefs de lécosystème et celles de leur environnement (Legendre & Troussellier 1993). À cette approche exploratoire, multi-compartiments, a succédé une approche plus expérimentale dans le cadre du Programme National dOcéanographie Côtière (PNOC) et plus spécifiquement du programme OXYTHAU (1992-1995) (Deslous-Paoli et al. 1993, Deslous-Paoli 1998). Ce programme, axé sur létude des relations milieu-ressources, a principalement permis de faire un premier bilan biogéochimique des stocks et des flux dazote, de phosphore et doxygène dans la lagune (Deslous-Paoli et al. 1991, Tournier et Deslous-Paoli 1992, Pichot et al. 1994, Chapelle et al. 1995, Mazouni et al. 1996) et notamment dévaluer limpact de la conchyliculture dans ces bilans (Deslous-Paoli et al. 1998, Mazouni et al. 1998, Plante-Cuny et al. 1998). Un premier modèle décophysiologie des huîtres a été élaboré (Bacher et al. 1995). Dans la même période, et bien que ne participant pas à des travaux spécifiques sur Thau, le PNOC sera aussi le creuset dexpérimentations et de modélisation concernant le devenir des bactéries dintérêt sanitaire dans les eaux côtières (Troussellier et al. 1998, Martin et al. 1998).
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