Le laboratoire comprend une équipe d'une trentaine de chercheurs, ingénieurs et techniciens à laquelle s'ajoutent des doctorants, post-doctorants et stagiaires.

Il est équipé de moyens à la mer lui permettant des interventions, observations, mesures et prélèvements sur le terrain, notamment dans les lagunes, 

Il possède également des structures d'élevage (table ostréicole dans l'étang de Thau)

Cette unité opère 7 laboratoires : en chimie des polluants, en microbiologie, en phytoplancton & phycotoxines, en histologie, en écophysiologie, en biométrie et en instrumentation.

Enfin le LER/LR est équipé en moyens matériels et logiciels informatiques lui permettant d'effectuer des traitement et des archivages de données, de lancer des processus de cartographie numérique et d'analyse spatiale sous SIG, de développer et exploiter des modèles numériques hydrodynamiques et écologiques.