Le centre de Nantes coordonne 6 départements scientifiques :
 
1. Le département Biogéochimie et Ecotoxicologie (BE) 

Il est organisé en laboratoires :

- Biogéochimie des contaminants organiques
- Biogéochimie des contaminants métalliques
- Ecotoxicologie
- coordination RNO
- Cellule ARC (Ifremer-INERIS)

35 personnes travaillent dans ce département, dont 26  à Nantes.


 
2. Le département Environnement, Microbiologie et Phycotoxines (EMP) 

Il est organisé en laboratoires :
- Microbiologie
- Phycotoxines et Nuisances
- Laboratoire National de Référence (LNR)
- coordination REMI et REPHY

32 personnes travaillent dans ce département, dont 23 à Nantes.


 
3. Le département  Ecologie et Modèles pour l’Halieutique (EMH)
 

Les 28 personnes de ce département travaillent  à Nantes.

 

 
4. Le département Biotechnologies et Ressources Marines (BRM)
 

Environ 80 personnes travaillent dans ce département composé de 3 laboratoires répartis sur les sites de Brest et Nantes.

 

 
5. Le département Amélioration Génétique, Santé Animale et Environnement (AGSAE)
 

57 personnes travaillent dans ce département, dont 3  à Nantes, 9 à Bouin, 15 à L'Houmeau et 30 à La Tremblade.

 

 
6. Le département Halieutique Gascogne Sud (HGS)
 

14 personnes travaillent dans ce département, dont 11 à La Rochelle et 3 à Anglet.

 

 
et deux services :
 
1. le Service Technique et Logistique (STL)
2. la bibliothèque scientifique


En outre, le centre de Nantes accueille des départements et des laboratoires administrés par d’autres centres Ifremer :
1. le département Dynamique de l’Environnement (DYNECO)
 

26 personnes travaillent dans ce département, dont 8 à Nantes.

 

 
2. le service Ressources Informatiques et Communication du département Informatiques et Données Marines (IDM/RIC)
 

27 personnes, travaillent dans ce service dont 2  à Nantes, plus 1 personne à la cellule web.

 

 
3. trois laboratoires Environnement – Ressources (LER) 

- LER Morbihan – Pays de la Loire
- LER Pertuis Charentais
- LER d’Arcachon

52 personnes travaillent dans ces laboratoires de surveillance, dont 9 à Nantes, 8 à Bouin, 21 à La Rochelle et à La Tremblade, 14 à Arcachon.


 
4. Les services administratifs 

- service « Ressources Humaines »,
- service « Administration Finances »,
- service « Affaires Juridiques »
- service « Communication »
- Agence Comptable Secondaire
 

ces services qui dépendent directement du siège à Issy les Moulineaux comptent une trentaine de personnes travaillant à Nantes.

 
et des structures externes :
 
1.  L'ARC, cellule d'Analyse des Risques Chimiques, Nantes
2. Le CEERAM, Centre Européen d'Expertise et de Recherche sur les Agents Microbiens