Souchothèque de Bretagne

L'analyse de la diversité microbienne de divers environnements conduit souvent à cultiver et isoler un grand nombre de souches microbiennes. Seulement une petite fraction de ces souches est caractérisée sur le plan physiologique ou taxonomique. Un nombre encore plus restreint est décrit en détail et publié en tant que nouveau genre ou nouvelle espèce, et dans ce cas déposé comme souche type dans une collection internationale. En conséquence, la plupart des souches initiales demeure dans les laboratoires où elles ont été isolées, et leur conservation à long terme n'est pas toujours garantie. De plus, ces souches ne sont pas accessibles à la communauté scientifique, ou aux industriels.

Pour pallier ces difficultés, la Souchothèque de Bretagne (Brittany Microbe Culture Collection) a été mise en place par quatre laboratoires situés en Bretagne occidentale, avec les buts suivants :
*Assurer la préservation des souches isolées par les laboratoires participants
*Présenter sur un site web unique la liste des souches conservées, ainsi que toute information disponible les concernant (caractéristiques métaboliques, taxonomie, etc)
*Permettre aux microbiologistes (recherche académique ou industrielle) de rechercher les souches microbiennes possédant des particularités intéressantes, et de contacter les propriétaires institutionnels des micro-organismes sélectionnés en vue de les obtenir.

La Souchothèque de Bretagne rassemble actuellement 4 collections :
*La collection de Bacteria et Archaea (y compris des hyperthermophiles) isolées essentiellement de sources hydrothermales océaniques par le Laboratoire de Microbiologie et Biotechnologie des Extremophiles (LMME) sous la tutelle de L'IFREMER.
*La collection de Bacteria et Archaea (y compris des hyperthermophiles) isolées de sources hydrothermales océaniques par le Laboratoire de Microbiologie Marine, sous la tutelle de l'Université de Bretagne Occidentale et du CNRS.
Ces deux laboratoires ont désormais fusionné pour former le Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes (UMR 6197) sous la triple tutelle de l'IFREMER, du CNRS et de l'Université de Bretagne occidentale.
*La collection de bactéries, levures et champignons filamenteux établie par l'Ecole Supérieure de Microbiologie et Sécurité Alimentaire (ESMISAB) sous la tutelle de l'Université de Bretagne Occidentale.
*La collection de cultures de la Station Biologique de Roscoff (RCC, Roscoff Culture Collection), qui contient essentiellement des micro-algues et quelques protistes hétérotrophes, avec une emphase particulière sur les organismes planctoniques de très petite taille (picoplancton). Cette collection dépend du CNRS et de l'Université Pierre et Marie Curie (Paris VI).

L'extension future de la Souchothèque de Bretagne est encore à l'étude et pourrait inclure l'accueil de collection orpheline (suite à la cessation d'activité d'un laboratoire), de bibliothèques de clones, de virus, de plasmides où d'isolats obtenus suite à des projets d'isolements de micro-organismes par des plate-formes à haut débit.