Comme précisé dans la Convention Cadre, le fonctionnement du programme Syscolag est organisé comme suit : Un comité de pilotage (co-présidence Ifremer – Région Languedoc-Roussillon)  : - choix et arbitrage des projets - administration de la Base de Connaissances Commune - validation des choix techniques (sur proposition du comité de coordination scientifique) Un comité de coordination scientifique (coordination Cépralmar) : - favoriser l’articulation entre les projets - organiser la discussion des orientations - analyser l’avancement du programme - suivre le déroulement des thèses vis-à-vis du programme Syscolag L’animation du programme est assurée par le Cépralmar : - organisation et animation des séminaires bi-annuels - organisation d’ateliers thématiques - secrétariat du comité de pilotage - animation du comité de coordination scientifique - mise en place d’outils de présentation et de valorisation du programme (plaquettes d’information, outils internet,…) Le bon fonctionnement du programme repose sur cette animation et sur les échanges d’expériences qui sont réalisés au cours de réunions très fréquentes.