Pour mener à bien ses missions de recherche, d’expertise et d’innovation, pour les valoriser et les partager, l’Ifremer s’appuie sur quatre directions fonctionnelles. Aux côtés de la direction générale, ces directions fonctionnelles conduisent la politique administrative, juridique et financière de l'établissement, la gestion et le développement des ressources humaines, la communication et les relations de l’Ifremer avec les institutions, en France, en Europe et à l’international. 

Direction des affaires européennes et internationales : Jean-Marc Daniel (par intérim)
Direction de la communication et des relations institutionnelles : Géraldine Guillevic
Direction des ressources humaines : Elisabeth Etcheverry
Direction administrative, juridique et financière : Maureen Jacolot (par intérim)