Les unités scientifiques et technologiques sont regroupées au sein de quatre départements scientifiques et de la direction de la flotte océanographique. La direction scientifique est responsable de l’animation transversale entre ces unités. Elle coordonne aussi la définition des orientations globales de l’Institut. La direction scientifique, les départements et la direction de la flotte océanographique définissent et mettent en œuvre la stratégie scientifique et technologique de l’Ifremer.

La direction scientifique est responsable de la politique doctorale, des dispositifs incitatifs, de l’engagement de l’Ifremer dans des grands programmes nationaux, des relations avec les agences et organismes de recherche et avec les universités et écoles d’ingénieurs. En lien avec la Direction des affaires européennes et internationales, elle est également responsable des partenariats scientifiques internationaux. Le service Information Scientifique et Technique – Bibliothèque La Pérouse est aussi rattaché à la direction scientifique.

La coordination de l’expertise en appui aux politiques publiques est chargée, auprès de la direction générale, de la supervision des diverses activités de surveillance et d’expertise scientifiques. Ces activités, ponctuelles ou récurrentes, sont menées en lien avec des administrations centrales ou services déconcentrés de l’État, comme avec les agences de l’Eau, l’Office français de la Biodiversité, la Commission européenne et les collectivités territoriales.

La direction du partenariat et du transfert pour l’innovation est responsable de l’ensemble des relations de l’Ifremer avec les entreprises. Ces relations prennent des formes variées : contrats de recherche, accueil de jeunes entreprises, soutien à la création et au développement d’entreprises qui collaborent avec l’Ifremer. Elle assure aussi une activité « amont » d’idéation et d’incubation de solutions fondées sur l’océan.

HISSEO Coordination et valorisation de l'Observation Halieutique  
SPM Délégation de Saint Pierre et Miquelon  
DOI Délégation océan Indien Voir le site
IHPE Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements Voir le site
MARBEC Marine Biodiversity Exploitation and Conservation Voir le site
ASIM Unité Adaptation et Santé des Invertébrés Marins Voir le site
BIODIVENV Unité Biodiversité et Environnement de La Martinique  
BIODIVHAL Unité Biodiversité Halieutique - La Guyane Voir le site
CCEM Unité Contamination Chimique des Ecosystèmes Marins Voir le site
EM Unité d'Economie Maritime Voir le site
EMMA Unité Expérimentale Mollusques Marins Atlantique Voir le site
BEEP Unité Biologie et Ecologie des Ecosystèmes marins Profonds Voir le site
GEOOCEAN Unité Géo-Océan Voir le site
RDT Unité Recherches et Développements Technologiques Voir le site
LOPS Laboratoire d'Océanographie Physique et Spatiale Voir le site
VIGIES Service Valorisation de l'Information pour la Gestion Intégrée et la Surveillance  
DYNECO Unité Dynamiques des Écosystèmes Côtiers Voir le site
LITTORAL Unité Littoral Voir le site
PHYTOX Unité Physiologie et Toxines des micro algues toxiques et nuisibles Voir le site
INGE Cellule Informatique de Gestion  
COA Coordination opérationnelle ARGO Voir le site
SEBIMER Service Bioinformatique d'Ifremer Voir le site
SISMER Service des Systèmes d'Informations Scientifiques pour la MER Voir le site
ISI Service Ingénierie des Systèmes d'Information  
RIC Service Ressources Informatiques et Communications  

La direction de la Flotte océanographique française est responsable de la programmation annuelle de cette très grande infrastructure de recherche qui est ouverte à l’ensemble de la communauté scientifique française. Elle est aussi chargée d’élaborer la politique de renouvellement des navires et équipements océanographiques, dans le contexte de la transition écologique et énergétique du secteur maritime. Elle assure le développement des engins sous-marins et des instruments scientifiques qui équipent ses navires et engins.